เอสโตรเจนเป็นฮอร์โมนที่ควบคุมส่วนที่หนึ่งของรอบประจำเดือนในเพศหญิงในขณะที่ฮอร์โมนมีแนวโน้มที่จะครองส่วนที่สองหลังจากการตกไข่ ฮอร์โมนทั้งสองจะต้องถูกเก็บไว้อย่างสมดุลเพื่อให้สามารถตั้งครรภ์ได้ซึ่งเป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดผลเสียต่อฮอร์โมนเอสโตรเจนที่น้อยเกินไปหรือมากเกินไปต่อความอุดมสมบูรณ์ การมีฮอร์โมนนี้น้อยเกินไปอาจทำให้เยื่อบุมดลูกเล็กเกินไปที่จะตั้งครรภ์และยังสามารถหยุดการตกไข่ได้อีกด้วย เอสโตรเจนมากเกินไปอาจทำให้ความใคร่ลดลงและอาจนำไปสู่ปัญหาการเจริญพันธุ์เช่น PCOS หรือ endometriosis ผลของเอสโตรเจนต่อความอุดมสมบูรณ์นั้นสามารถสังเกตได้ในผู้ชายเช่นกันเนื่องจากบางชนิดมีฮอร์โมนนี้มากเกินไป
ในช่วงครึ่งแรกของรอบประจำเดือนนั้นควบคุมโดยเอสโตรเจนซึ่งช่วยให้ร่างกายสามารถตกไข่ไปทางกลางของวงจรได้ หากมีฮอร์โมนเอสโตรเจนไม่เพียงพอร่างกายจะไม่ตกไข่หรือปล่อยไข่ ผู้หญิงมักจะบอกได้ว่าเธอไม่ตกไข่เป็นประจำเมื่อเธอไม่สังเกตเห็นมูกปากมดลูกจำนวนมากตลอดวัฏจักรของเธอและยังหยุดรับประจำเดือนของเธอทุกเดือนซึ่งทำให้เห็นได้ชัดว่ามีเอสโตรเจนไม่เพียงพอต่อภาวะเจริญพันธุ์ นอกจากนี้เธออาจมีอาการร้อนวูบวาบเหงื่อออกตอนกลางคืนและปวดหัว ระดับฮอร์โมนเอสโตรเจนต่ำมักเกิดจากการผอมเกินไปออกกำลังกายมากเกินไปหรือมีอาการป่วยที่ไม่สามารถปล่อยไข่ได้
ในขณะที่เอสโตรเจนน้อยเกินไปมีผลต่อการเจริญพันธุ์อย่างเห็นได้ชัดก็เป็นที่ทราบกันว่าเอสโตรเจนมากเกินไปสามารถทำให้ภาวะเจริญพันธุ์แย่ลงเช่นกัน ประมาณครึ่งทางผ่านวงจรหลังจากตกไข่ฮอร์โมนฮอร์โมนควรใช้เวลาและวงจรจะสิ้นสุดในการตั้งครรภ์หรือการสลายของเยื่อบุมดลูกผ่านการมีประจำเดือน ฮอร์โมนเอสโตรเจนมากเกินไปอาจนำไปสู่โปรเจสเตอโรนน้อยเกินไปและอาจทำให้เกิดปัญหาทางการแพทย์ที่ไม่เอื้อต่อการตกไข่เป็นประจำเช่น endometriosis, PCOS, เนื้องอกในมดลูกและมะเร็งมดลูก นอกจากนี้ฮอร์โมนเอสโตรเจนสามารถลดความใคร่ลงได้อย่างมากซึ่งมักนำไปสู่การมีเพศสัมพันธ์น้อยลงและมีโอกาสน้อยลงที่จะตั้งครรภ์ สโตรเจนที่มากเกินไปนั้นมักเกิดจากการมีน้ำหนักตัวมากเกินไปการทานอาหารไม่ดีและประสบกับความเครียดมากเกินไป
ผู้ชายมีฮอร์โมนเอสโตรเจนจำนวนเล็กน้อยในร่างกายมักมีความสมดุลของฮอร์โมนเทสโทสเตอโรนจำนวนมาก ผู้ชายบางคนทำฮอร์โมนนี้มากเกินไปหรือใช้เทียมเพื่อแก้ปัญหาทางการแพทย์บางอย่าง น่าเสียดายที่เอสโตรเจนมีผลเสียต่อการเจริญพันธุ์ในผู้ชายเช่นความใคร่ต่ำและจำนวนอสุจิต่ำ ดังนั้นจึงเป็นสิ่งสำคัญที่จะได้รับการแก้ไขปัญหานี้เพื่อให้ความคิดมีแนวโน้ม
