Progesterone และรอบประจำเดือนมีความสัมพันธ์กันอย่างใกล้ชิดเนื่องจากการมีประจำเดือนไม่สามารถเกิดขึ้นได้หากไม่มีฮอร์โมนนี้ โปรเจสเทอโรนทำงานร่วมกับสโตรเจนเพื่อทำให้เยื่อบุมดลูกหนาขึ้นและฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนตกอย่างกะทันหันทำให้หลั่งในระหว่างมีประจำเดือนหากไม่มีการตั้งครรภ์ ฮอร์โมนนี้ก็มีความสำคัญเช่นกันเมื่อมีการตั้งครรภ์เนื่องจากฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนในระดับสูงช่วยให้แน่ใจว่าทารกในครรภ์มีการพัฒนาที่เหมาะสม นอกจากนี้ความไม่สมดุลระหว่างฮอร์โมนและฮอร์โมนสามารถนำไปสู่โรค premenstrual (PMS) ผู้หญิงบางคนใช้ความสัมพันธ์ระหว่างฮอร์โมนและรอบเดือนเพื่อประโยชน์ของพวกเขาเพราะฮอร์โมนนี้สามารถป้องกันและปรับปรุงการตั้งครรภ์เมื่อจำนวนที่แตกต่างกันอยู่
ในระหว่างมีประจำเดือนระดับของฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนและเอสโตรเจนค่อนข้างต่ำ แต่จะเพิ่มขึ้นหลังจากนั้นในช่วงระยะฟอลิเคิล การเพิ่มขึ้นของฮอร์โมนในช่วงสองสัปดาห์แรกของรอบประจำเดือนทำให้เยื่อบุมดลูกหนาขึ้นในกรณีที่มีการตั้งครรภ์เนื่องจากตัวอ่อนไม่สามารถฝังในเยื่อบุบางได้อย่างถูกต้อง นอกจากนี้ระดับฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนยังอยู่ในระดับสูงเพื่อให้ทารกในครรภ์พัฒนาและให้เลือดไหลเวียนภายในมดลูกได้อย่างเหมาะสม งานอีกอย่างของฮอร์โมนนี้ในระหว่างตั้งครรภ์คือการสร้างปลั๊กเมือกที่ป้องกันทารกในครรภ์จากแบคทีเรียที่เข้าสู่มดลูก การขาดฮอร์โมนนี้อาจส่งผลให้เกิดการแท้งบุตรซึ่งเป็นสาเหตุที่โปรเจสเตอโรนและรอบประจำเดือนมีความสำคัญต่อผู้หญิงที่ต้องการพาลูกน้อยไปสู่ระยะ
เมื่อไม่สามารถตั้งครรภ์ได้ระดับฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนจะลดลงอย่างกะทันหันทำให้เยื่อบุมดลูกหลั่งในระหว่างมีประจำเดือน ก่อนที่จะมีฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนลดลงผู้หญิงหลายคนต้องทนทุกข์ทรมานจาก PMS ซึ่งเป็นผลมาจากความไม่สมดุลของฮอร์โมน ระดับฮอร์โมนมักจะแหลมที่จุดนี้ซึ่งสามารถทำให้ผู้หญิงรู้สึกหิวกว่าปกติ ผู้หญิงหลายคนยังบ่นเรื่องท้องอืดก่อนมีประจำเดือนเนื่องจากแนวโน้มของโปรเจสเตอโรนที่จะทำให้ไตเก็บทั้งน้ำและเกลือ นอกจากนี้ผู้หญิงมักสังเกตเห็นเต้านมที่ใหญ่และกระชับขึ้นเนื่องจากเนื้อเยื่อขยายตัวเนื่องจากฮอร์โมนนี้ซึ่งเป็นฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนอีกวิธีหนึ่งและวงจรการทำงานของประจำเดือนจะทำงานร่วมกันแม้ว่าจะไม่เกิดการตั้งครรภ์ก็ตาม
ผู้หญิงบางคนใช้ประโยชน์จากความสัมพันธ์ระหว่างฮอร์โมนและรอบประจำเดือนโดยเพิ่มฮอร์โมนเพศหญิงนี้ให้กับร่างกายของพวกเขาเพื่อให้ได้ผลลัพธ์ที่หลากหลาย ตัวอย่างเช่นผู้หญิงบางคนสามารถช่วยป้องกันการแท้งบุตรที่เกิดจากระดับโปรเจสเทอโรนต่ำโดยการกินยาฉีดหรือเหน็บที่มีฮอร์โมนนี้ ผู้หญิงคนอื่นพยายามป้องกันการตั้งครรภ์ให้ใช้ยาคุมกำเนิดแบบฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนเท่านั้นซึ่งอาจทำให้มูกปากมดลูกข้นขึ้นดังนั้นจึงยากสำหรับสเปิร์มที่จะไปถึงปากมดลูก นอกจากนี้ยังสามารถทำให้เยื่อบุมดลูกบางลงเนื่องจากการเพิ่มขึ้นของฮอร์โมนนี้ตามมาด้วยการลดลงอย่างกะทันหันทำให้เยื่อบุนั้นหนาเกินไป ยาคุมกำเนิดที่มีฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนมีผลข้างเคียงน้อยกว่ายาเม็ดคุมกำเนิดที่มีเอสโตรเจนซึ่งทำให้ผู้หญิงบางคนน่าสนใจ
