มีหลายวิธีในการกำจัดไวรัสโทรจันจากระบบคอมพิวเตอร์ที่ติดเชื้อและความล่าช้าในส่วนของผู้ใช้จะทำให้ข้อมูลส่วนบุคคลของเขาตกอยู่ในความเสี่ยง บางทีเส้นทางที่ตรงที่สุดสำหรับคนทั่วไปคือการติดตั้งโปรแกรมป้องกันไวรัสแบบครอบคลุมที่สามารถลบโทรจันโดยอัตโนมัติ แต่ก็จะมีบางครั้งที่ภัยคุกคามที่ไม่รู้จักไม่ปรากฏขึ้นและจะต้องถูกลบออกด้วยตนเอง บางครั้งสิ่งนี้สามารถทำได้ง่ายเพียงแค่ลบโปรแกรมที่เสียหายออกจากระบบที่ติดเชื้อผ่านทางแผงควบคุม แต่ในกรณีอื่น ๆ อาจต้องค้นหาไวรัสโทรจันจริง ๆ และทำการลบออกอย่างถาวรจากที่ติดตั้ง
วิธีที่มีประสิทธิภาพที่สุดในการกำจัดไวรัสโทรจันคือการมีซอฟต์แวร์ที่สามารถตรวจพบไวรัสแบบเรียลไทม์ซึ่งหมายถึงทันทีที่มันถูกดาวน์โหลดและโปรแกรมป้องกันไวรัสที่หยุดและกำจัดมัน สแกนเนอร์ป้องกันไวรัสจำนวนมากรวมถึงรุ่นฟรีให้การป้องกันแบบเรียลไทม์ แต่จะต้องเปิดใช้งาน หากไอคอนโปรแกรมไม่ปรากฏขึ้นที่มุมล่างขวาแสดงว่ามันไม่ได้ทำงานอยู่ หากสงสัยว่ามีไวรัสโทรจันหรือมัลแวร์ประเภทใด ๆ ให้เรียกใช้การสแกนแบบเต็มรูปแบบบนคอมพิวเตอร์ที่ติดเชื้อและกักกันหรือลบไฟล์ใด ๆ ที่พบ แน่นอนว่าโปรแกรมป้องกันไวรัสนั้นไม่มีค่าใด ๆ หากไม่ได้ปรับปรุงอย่างเต็มที่ดังนั้นอย่าลืมเปิดการอัพเดทอัตโนมัติและเยี่ยมชมเว็บไซต์ของผู้ผลิตบ่อยครั้งเพื่อตรวจสอบเวอร์ชั่นที่ใหม่กว่า
หากโปรแกรมป้องกันไวรัสล้มเหลวในการกำจัดไวรัสโทรจันก็จะต้องถูกปิดใช้งานโดยอัตโนมัติ บนระบบWindows®ใด ๆ ที่เก่ากว่า Windows 7®ให้เลือก“ start” จากนั้น“ run” และในช่องชนิดของ“ msconfig” ถัดไปคลิกที่แท็บเริ่มต้นและเรียกดูรายการที่แสดงรายการค้นหาชื่อหรือพา ธ ใด ๆ ที่ไม่ได้เป็นของโปรแกรมที่สำคัญ จดบันทึกแต่ละรายการที่สงสัยและทำการค้นหาทางเว็บเพื่อระบุว่าแต่ละรายการนั้นคืออะไรและปิดใช้งานรายการที่น่าสงสัย สำหรับระบบ Windows 7®สามารถเข้าถึงบริการเดียวกันนี้ได้จากแผงควบคุมภายใต้แท็บ“ โปรแกรม”
เมื่อระบุโปรแกรมที่น่าสงสัยทั้งหมดที่โหลดเมื่อเริ่มต้นแล้วให้เขียน“ ตำแหน่ง” ของไฟล์และค้นหาและลบออกจากระบบด้วยตนเอง วิธีอื่นในการกำจัดไวรัสโทรจันคือทำการค้นหาเว็บเพิ่มเติมที่มีชื่อไฟล์และ "ลบ" ในข้อความ โอกาสที่คนอื่น ๆ ประสบปัญหาเดียวกันและคำแนะนำทีละขั้นตอนอาจแสดงอยู่ในฟอรัมหรือเว็บไซต์แอนตี้ไวรัส วิธีสุดท้ายในการกำจัดไวรัสโทรจันคือการดาวน์โหลดและติดตั้งโปรแกรมป้องกันไวรัสที่แยกจากกันอย่างสมบูรณ์เนื่องจากแม้แต่คนที่ดีที่สุดไม่สามารถจับไวรัสโทรจันได้ 100% แต่วิธีนี้ต้องการโปรแกรมป้องกันไวรัสปัจจุบัน ถอนการติดตั้งก่อน
ตัวเลือกเสียงอื่น ๆ คือการนำตัวเลือกการกู้คืนของระบบปฏิบัติการไปใช้ แต่เนื่องจากข้อมูลใด ๆ ที่สร้างขึ้นหลังจากจุดคืนค่านั้นจะหายไปจึงไม่แนะนำให้ใช้เว้นแต่จำเป็น เมื่อทุกอย่างล้มเหลวระบบยังสามารถฟอร์แมตใหม่ด้วยการติดตั้งระบบปฏิบัติการใหม่ทั้งหมด คอมพิวเตอร์ของคุณกลับคืนสู่สภาพเดิม
