ซอร์สโค้ดของโปรแกรมคอมพิวเตอร์ทำงานเบื้องหลังเพื่อแสดงหน้าจออินพุตและประมวลผลข้อมูล เมื่อพูดถึงโปรแกรมคอมพิวเตอร์มีโปรแกรมพื้นฐานสองประเภท: โปรแกรมเปิดและปิด โปรแกรมต้นฉบับแบบ Closed ไม่อนุญาตให้ผู้ใช้ปลายทางเห็นหรือแก้ไขรหัสที่ควบคุมโปรแกรม โดยทั่วไปโปรแกรมโอเพ่นซอร์สอนุญาตให้ทั้งสองให้อิสระแก่ผู้ใช้ปลายทางและมีความยืดหยุ่นในการปรับแต่งโปรแกรมให้ตรงกับความต้องการเฉพาะ โปรโตคอลฟรีเป็นโปรแกรมโอเพ่นซอร์สที่มาโดยไม่มีข้อ จำกัด สิทธิ์การใช้งาน ผู้ใช้ปลายทางสามารถนำออกใช้ใช้แก้ไขและแจกจ่ายโปรแกรมได้ตามที่เห็นสมควร
ข้อได้เปรียบหลักประการหนึ่งของการใช้โปรแกรมโปรโตคอลฟรีคือโลกกลายเป็นส่วนหนึ่งของวิวัฒนาการของโปรแกรม เมื่อเวลาผ่านไปผู้ใช้ที่เป็นนวัตกรรมของโปรแกรมจะแยกแยะปัญหาด้วยซอร์สโค้ดต้นฉบับแก้ไขมันเพื่อสร้างซอฟต์แวร์ต้นฉบับเวอร์ชันที่ดีขึ้นเร็วขึ้นและเชื่อถือได้มากขึ้น เมื่อเวลาผ่านไป "วิวัฒนาการ" ที่ดีที่สุดของโปรแกรมจะขึ้นไปอยู่ด้านบนตามธรรมชาติ ระบบปฏิบัติการLinux®เป็นตัวอย่างหนึ่งของสิ่งนี้; มีลินุกซ์ที่แตกต่างกันไม่กี่แบบให้ผู้ใช้ที่มีความรู้สามารถค้นหารุ่นที่เหมาะกับความต้องการของแต่ละบุคคล
ข้อเสียที่สอดคล้องกับความยืดหยุ่นโดยธรรมชาตินี้คือการเลือกเกินสร้างสถานการณ์ "การวิเคราะห์โดยอัมพาต" สำหรับผู้ใช้ที่มีความรู้ เนื่องจากโปรแกรมรุ่นต่าง ๆ มากมายสามารถครอบตัดเมื่อเวลาผ่านไปจึงเป็นเรื่องยากที่จะทราบว่าโปรแกรมใดดีที่สุดทำให้เสียเวลามากเมื่อผู้ใช้ปลายทางพิจารณาเวอร์ชันต่าง ๆ นอกจากนี้สิ่งนี้ยังสามารถตรึงผู้ใช้คอมพิวเตอร์ที่มีความรู้น้อยลงเนื่องจากความซับซ้อนในการเลือกระหว่างเวอร์ชันที่แตกต่างกันสามารถทำให้พวกเขาหลีกเลี่ยงตัวเลือกทั้งหมดได้
ปัญหาสำคัญอันดับที่สองที่มีโปรแกรมโปรโตคอลฟรีก็คือมีแนวโน้มว่าจะมีการละเมิด ผู้ใช้ที่ไร้จริยธรรมสามารถปรับเปลี่ยนโปรแกรมได้อย่างง่ายดายเช่นเดียวกับผู้ที่มีหัวใจที่ถูกต้องตามกฎหมาย โดยการแฮ็กซอร์สโค้ดผู้ใช้ที่ไร้จริยธรรมสามารถเขียนตัวเอง "แบ็คดอร์" เข้าสู่ระบบเกตเวย์ที่พวกเขาสามารถโจมตีหรือเข้าถึงคอมพิวเตอร์เครื่องใดก็ได้ที่ใช้ซอฟต์แวร์เวอร์ชั่นที่แก้ไข นี่เป็นข้อกังวลที่ร้ายแรงซึ่งควรอยู่ในใจของใครก็ตามในขณะที่ใช้โปรแกรมโปรโตคอลรุ่นดัดแปลงฟรี เนื่องจากวิธีเดียวที่จะรู้ว่ามีแบ็คดอร์อยู่คือการอ่านและทำความเข้าใจซอร์สโค้ดสิ่งนี้จะทำให้ผู้ใช้โปรแกรมไม่เป็นทางการมากขึ้น
