คำว่า "Embedded Linux®" สามารถใช้เพื่ออธิบายความแตกต่างของระบบปฏิบัติการLinux®แบบโอเพ่นซอร์สที่ทำงานบนระบบคอมพิวเตอร์ฝังตัว - อุปกรณ์หรือแพลตฟอร์มที่ขับเคลื่อนด้วยวัตถุประสงค์รวมเข้ากับผลิตภัณฑ์โดยรวมขนาดใหญ่เช่นอุปกรณ์หรือชิ้นส่วนอิเล็กทรอนิกส์สำหรับผู้บริโภค ของอุปกรณ์ สถาปัตยกรรมแบบแยกส่วนของเคอร์เนลLinux®พร้อมด้วยการสนับสนุนไมโครโปรเซสเซอร์และฮาร์ดแวร์ประเภทอื่น ๆ ทำให้ระบบเป็นที่นิยมในด้านการประมวลผลแบบฝัง อย่างไรก็ตาม Linux อาจประสบปัญหาข้อด้อยด้านประสิทธิภาพในบางสถานการณ์เนื่องจากต้องการซอฟต์แวร์เพิ่มเติมเพื่อใช้เป็นระบบปฏิบัติการแบบเรียลไทม์ (RTOS) ซึ่งเป็นข้อกำหนดสำหรับระบบฝังตัวบางตัว แม้จะมีสิ่งนี้การแจกแจงลินุกซ์ที่กำหนดเองที่หลากหลายได้ถูกนำมาใช้สำหรับระบบฝังตัวตั้งแต่โทรศัพท์มือถือไปจนถึงอุปกรณ์ทดสอบ avionics
คอมพิวเตอร์ฝังตัวนั้นแตกต่างจากคอมพิวเตอร์ส่วนบุคคล (PC) ซึ่งระบบฝังตัวนั้นได้รับการออกแบบหรือสร้างขึ้นเพื่อวัตถุประสงค์เฉพาะอย่างน้อยหนึ่งอย่างในขณะที่พีซีนั้นใช้สำหรับฟังก์ชั่นที่หลากหลาย คอมพิวเตอร์ฝังตัวสามารถออกแบบได้ด้วยจำนวนประสิทธิภาพขั้นต่ำที่จำเป็นเพื่อให้บรรลุเป้าหมายเฉพาะทำให้แพลตฟอร์มคอมพิวเตอร์มีน้ำหนักเบาและมีประสิทธิภาพสูง หมวดหมู่ครอบคลุมอุปกรณ์คอมพิวเตอร์หลากหลายประเภทตั้งแต่อุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์สำหรับผู้บริโภคไปจนถึงอุปกรณ์อิเลคทรอนิคส์ไปจนถึงรถแลนด์โรเวอร์และยานอวกาศที่สำรวจระบบสุริยะ อย่างไรก็ตามเช่นเดียวกับคอมพิวเตอร์เครื่องอื่น ๆ ฮาร์ดแวร์ของระบบสมองกลฝังตัวนั้นไร้ประโยชน์หากไม่มีแพลตฟอร์มซอฟต์แวร์และในหลายกรณีแพลตฟอร์มซอฟต์แวร์ที่เลือกนั้นเป็น Linux ฝังตัวบางรูปแบบ
Linux®ได้รับความนิยมในด้านการประมวลผลแบบฝังตัวเนื่องจากมีความสามารถในการปรับแต่งและความยืดหยุ่นในระดับสูงพร้อมด้วยการสนับสนุนฮาร์ดแวร์ที่หลากหลาย เคอร์เนลLinux®มีสถาปัตยกรรมแบบโมดูลาร์ซึ่งหมายความว่าผู้ออกแบบหรือวิศวกรสามารถเลือกไดรเวอร์และซอฟต์แวร์ระดับสูงที่จำเป็นสำหรับระบบเฉพาะเท่านั้น การสนับสนุนสถาปัตยกรรมไมโครโปรเซสเซอร์ที่แตกต่างหลากหลายยังเป็นข้อได้เปรียบที่สำคัญที่นำเสนอโดย Embedded Linux®เนื่องจากระบบฝังตัวอาจใช้ไมโครโปรเซสเซอร์ที่ค่อนข้างแตกต่างจากที่พบในพีซี ในฐานะที่เป็นโครงการโอเพนซอร์ซซอฟต์แวร์Linux®ยังสามารถใช้งานได้โดยไม่มีข้อ จำกัด และค่าลิขสิทธิ์ที่อาจมีอยู่ในข้อเสนอเชิงพาณิชย์
ระบบสมองกลฝังตัวมักต้องการระบบปฏิบัติการแบบเรียลไทม์ซึ่งเป็นระบบปฏิบัติการที่สามารถตอบสนองต่อเหตุการณ์ได้ภายในเวลาอันสั้น เนื่องจากเคอร์เนลLinux®ไม่ได้ถูกออกแบบโดยคำนึงถึงประสิทธิภาพแบบเรียลไทม์ดังนั้นจึงต้องเรียกใช้ซอฟต์แวร์เพิ่มเติมที่ด้านบนของเคอร์เนลเพื่อใช้งานฟังก์ชันนี้ นี่เป็นข้อเสียที่อาจเกิดขึ้นกับการใช้Linux®ในตัวเนื่องจากซอฟต์แวร์เพิ่มเติมนี้ใช้ทรัพยากรมากกว่า
Linux บางรุ่นที่ฝังตัวอาจถูกสร้างขึ้นเกือบจะเป็นรอยขีดข่วนในขณะที่บางรุ่นเป็นรุ่นดิสทริบิวชันที่มีอยู่เล็กน้อย ทั้งในเชิงพาณิชย์และที่ไม่ใช่เชิงพาณิชย์เสนอการกระจายที่สร้างไว้ล่วงหน้าของตัวเองโดยมีเป้าหมายที่ผู้ผลิตและ บริษัท ออกแบบ ยกตัวอย่างเช่นโทรศัพท์มือถือและเครื่องเล่นสื่อมักใช้ลินุกซ์ฝังตัวที่มีอยู่ในตัว การคำนวณซุ้มหรือเครือข่ายอุปกรณ์อาจใช้การกระจายเดสก์ท็อปลินุกซ์เพียงเวอร์ชั่นที่แก้ไขเล็กน้อย
ในสาขาที่มีความต้องการแบบเรียลไทม์หรือประสิทธิภาพที่มีความต้องการสูงผู้ใช้มักมีส่วนเกี่ยวข้องอย่างมากกับการออกแบบระบบ ตัวอย่างเช่น National Aeronautics and Space Administration (NASA) ได้รับซอฟต์แวร์Linux®จากผู้ขายภายนอก แต่กำหนดแนวทางให้ผู้ขายปฏิบัติตาม องค์กรอื่น ๆ เช่น บริษัท ที่ผลิตอุปกรณ์ทดสอบ avionics อาจเลือกที่จะพัฒนารสชาติของตัวเองจากLinux®
