วิธีการกำจัดขยะในโรงพยาบาลนั้นแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับประเภทของขยะในโรงพยาบาลที่พิจารณา โดยธรรมชาติแล้วโรงพยาบาลเป็นแหล่งของขยะหลากหลายประเภทตั้งแต่วัสดุที่ย่อยสลายได้ทางชีวภาพจนถึงวัสดุที่มีความคมและเป็นพิษ เช่นของเสียจากโรงพยาบาลมักจะถูกจัดกลุ่มตามประเภทและรวมถึงวัสดุที่ติดเชื้อรวมถึงของที่ไม่ถือว่าติดเชื้อ แต่ยังคงเป็นอันตราย สันนิษฐานว่ามีการจัดตั้งระบบการจัดการขยะในลักษณะที่ขยะที่เกิดขึ้นในโรงพยาบาลจะถูกแยกออกจากจุดผลิตไปสู่ถังขยะที่เหมาะสมสำหรับการกำจัดต่อไปในลักษณะที่เหมาะสม
ประเทศต่าง ๆ มีกฎระเบียบที่เข้มงวดเกี่ยวกับการกำจัดขยะในโรงพยาบาลเริ่มจากการให้ถังขยะที่มีรหัสสีสำหรับขยะประเภทต่างๆและกฎที่แน่นอนว่าควรจัดการขยะอย่างไร ตัวอย่างเช่นของมีคมเช่นใบมีดผ่าตัดและเข็มต้องอยู่ในถังขยะแยกต่างหากจากขยะประเภทอื่น ขยะที่ถูกพิจารณาว่าติดเชื้อมักจะอยู่ในภาชนะที่ระบุของตัวเองพร้อมรายละเอียดที่แน่นอนเกี่ยวกับวิธีจัดการกับวัสดุดังกล่าว กฎระเบียบเกี่ยวกับวิธีการกำจัดของเสียจากโรงพยาบาลมักจะใช้กับสิ่งของเช่นเรื่องใด ๆ จากกายวิภาคของมนุษย์ที่อาจเกิดจากการผ่าตัดหรือขั้นตอนอื่น ๆ ที่นำไปสู่การตัดออกจากส่วนต่าง ๆ ของร่างกายจากผู้ที่มีโรคติดเชื้อ
วัสดุประเภทอื่น ๆ ในกระบวนการกำจัดขยะในโรงพยาบาลรวมถึงยาที่อาจผ่านวันหมดอายุหรือยาที่อาจปนเปื้อนด้วยสารอื่นทำให้ไม่สามารถใช้งานได้ หลังจากที่แยกขยะออกเป็นหมวดหมู่ต่าง ๆ ของพวกเขาในระหว่างกระบวนการกำจัดขยะในโรงพยาบาลจะถูกรวบรวมตามหมวดหมู่และจะถูกกำจัดตามลำดับ ตัวอย่างเช่นของเสียที่ติดเชื้ออาจถูกเผาในขณะที่วัตถุมีคมอาจถูกเผาหรือการบำบัดด้วยสารเคมีที่เฉพาะเจาะจงเป็นครั้งแรกก่อนที่จะใช้วิธีอื่นใดเป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการกำจัดขยะในโรงพยาบาล รายการอื่น ๆ ยังถูกสร้างขึ้นจากโรงพยาบาลที่ไม่ได้อยู่ในหมวดหมู่ใด ๆ ที่ระบุข้างต้น ตัวอย่างเช่นโรงพยาบาลยังสร้างขยะในครัวเรือนตามปกติในรูปแบบของเศษอาหารรวมทั้งวัตถุเช่นกระดาษและพลาสติกที่อาจทิ้งในลักษณะปกติสำหรับขยะในครัวเรือน
