การรักษาโรคติดเชื้อแบคทีเรียในกระเพาะอาหารให้ประสบความสำเร็จนั้นสามารถรักษาได้หลายวิธีโดยไม่คำนึงถึงชนิดของแบคทีเรีย การฆ่าแบคทีเรียเป็นกุญแจสำคัญ แต่กระเพาะอาหารเป็นอวัยวะที่มีความสมดุลที่ละเอียดอ่อน ดังนั้นจึงเป็นประโยชน์ในการใช้ยาชั่วคราวซึ่งจะช่วยลดกรดในกระเพาะอาหารในขณะที่กระเพาะอาหารรักษาและคืนสมดุลนั้น
โรคกระเพาะและลำไส้อักเสบเป็นการติดเชื้อแบคทีเรียที่พบบ่อยในกระเพาะอาหารซึ่งเกิดขึ้นเมื่อแต่ละคนกินอาหารที่ไม่ดีหรือดื่มน้ำที่ปนเปื้อน หนึ่งในวิธีที่สำคัญที่สุดในการรักษาสภาพนี้คือการกินน้ำแข็งและดื่มของเหลวเช่นน้ำผลไม้เพื่อทดแทนสารอาหารที่จำเป็นและของเหลวที่สูญเสียไปในระหว่างการท้องเสียที่ติดเชื้อ อาหารที่อร่อยเช่นขนมปังปิ้งและมันฝรั่งก็จะช่วยให้อิ่มท้อง หากผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์สามารถระบุได้อย่างชัดเจนว่าแบคทีเรียชนิดใดก่อให้เกิดความทุกข์ในทางเดินอาหารอาจมีการสั่งยาปฏิชีวนะ อย่างไรก็ตามในกรณีส่วนใหญ่ของเหลวและอาหารธรรมดาก็เพียงพอที่จะรับความเจ็บป่วยจากบุคคลในขณะที่มันวิ่ง
แผลบางประเภทเกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรียในกระเพาะอาหาร แผลในกระเพาะอาหารเป็นภาวะที่เจ็บปวดซึ่งแบคทีเรียเริ่มกินผ่านเยื่อบุกระเพาะอาหาร ยาปฏิชีวนะมักจะถูกกำหนดให้ฆ่าแบคทีเรียและยาชนิดอื่น ๆ ยังสามารถใช้ในการจัดการอาการและให้โอกาสในการรักษากระเพาะอาหาร บิสมัทที่มีบิสมัทสามารถนำมาใช้ในการสร้างการเคลือบป้องกันให้การป้องกันกรดในกระเพาะอาหารเป็นพิเศษ สามารถใช้ยาที่คล้ายกับที่ป้องกันอาการอิจฉาริษยาและกรดไหลย้อนและสิ่งเหล่านี้จะช่วยลดปริมาณกรดในกระเพาะอาหารที่ผลิตได้
ยาบางชนิดสามารถเสื่อมสภาพได้ในเยื่อบุทำให้มีความเสี่ยงต่อความเสียหายที่เกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรียในกระเพาะอาหาร โดยทั่วไปจะแนะนำให้หลีกเลี่ยงแอสไพรินในขณะที่การกู้คืนจากการติดเชื้อดังกล่าว แอลกอฮอล์และการสัมผัสกับควันบุหรี่สามารถยืดอายุการเจ็บป่วยและทำให้เอาชนะการติดเชื้อได้ยากขึ้น
ในทางกลับกันอาหารบางชนิดอาจมีผลต่อคนที่ติดเชื้อแบคทีเรียในกระเพาะอาหาร โยเกิร์ตโดยเฉพาะประเภทที่เสริมด้วยโปรไบโอติกสามารถช่วยบรรเทาอาการปวดท้องได้ วิตามินบางชนิดสามารถช่วยให้ร่างกายต่อสู้กับการติดเชื้อแบคทีเรียในกระเพาะอาหารโดยการเพิ่มระบบภูมิคุ้มกัน การเพิ่มปริมาณวิตามินเอในอาหารหรือการทานอาหารเสริมสามารถช่วยให้ระบบภูมิคุ้มกันโจมตีผู้บุกรุกจากแบคทีเรียได้
