ผลข้างเคียงที่พบบ่อยที่สุดของการระเหยเยื่อบุโพรงมดลูก ได้แก่ ไข้ตะคริวและคลื่นไส้ทันทีหลังการผ่าตัด นอกจากนี้ยังไม่ใช่เรื่องแปลกสำหรับผู้หญิงที่เข้ารับการรักษาด้วยวิธีนี้เพื่อรับความเหนื่อยล้าและถ่ายปัสสาวะบ่อยครั้งในช่วงเวลาสั้น ๆ ซึ่งโดยปกติจะใช้เวลาเพียงไม่กี่วันหลังจากการผ่าตัดด้วยการระเหย ผู้ป่วยควรได้รับการแนะนำว่าการตั้งครรภ์หลังจากการระเหยของเยื่อบุโพรงมดลูกนั้นไม่น่าเป็นไปได้แม้ว่าจะเกิดขึ้น แต่ก็มีความเสี่ยงสูงต่อการแท้ง endometrial หรือมดลูก ablation มักจะดำเนินการสำหรับผู้หญิงที่มีรอบประจำเดือนผิดปกติโดดเด่นด้วยการสูญเสียเลือดจำนวนมากผิดปกติในระหว่างรอบ การผ่าตัดมักจะทำสำหรับผู้ป่วยที่มีเงื่อนไขเช่น endometriosis และจะทำเฉพาะหลังจากการรักษาแบบอนุรักษ์นิยมอื่น ๆ ล้มเหลว
ขั้นตอนการระเหย endometrial ถูกออกแบบมาเพื่อทำลายชั้นบาง ๆ ของเยื่อบุมดลูกมักจะทำให้เกิดภาวะมีบุตรยาก หลังจากลบเนื้อเยื่อชีวภาพรอบประจำเดือนของผู้ป่วยจะหยุดลงทั้งหมดหรือลดลงอย่างมากในระดับความรุนแรงและปริมาณเลือดที่สูญเสียไป มีวิธีการระเหยหลายวิธีและรวมถึงการแช่แข็งชั้นเยื่อบุการใช้ของเหลวอุ่นและการผ่าตัดด้วยเลเซอร์เป็นต้น
ผู้ป่วยส่วนใหญ่จะได้รับผลข้างเคียงจากการผ่าตัด endometrial ablation เช่นปวดตะคริวและคลื่นไส้ ในกรณีส่วนใหญ่อาการเหล่านี้มีอายุสั้นและมักมีอยู่ประมาณสี่วัน ไข้ต่ำมักมีประสบการณ์จากผู้ป่วยระเหยพร้อมกับความรู้สึกอ่อนเพลีย ผู้หญิงหลายคนสังเกตเห็นว่ามีน้ำมีเลือดบางในชั่วโมงและวันหลังจากการผ่าตัดเช่นกัน เช่นเดียวกับผลข้างเคียงอื่น ๆ ที่พบบ่อยจากการผ่าตัดเยื่อบุโพรงมดลูกผลข้างเคียงเหล่านี้มักจะไม่ติดทนนานและผู้ป่วยจะฟื้นตัวอย่างรวดเร็ว
ผู้หญิงที่แนะนำสำหรับการผ่าตัดด้วยเยื่อบุโพรงมดลูกควรได้รับการแนะนำในขั้นต้นว่ากระบวนการนี้จะทำให้เกิดภาวะมีบุตรยากแม้ว่าการตั้งครรภ์อาจเกิดขึ้นได้ยาก ในกรณีที่มีการตั้งครรภ์หลังจากการระเหยของเยื่อบุโพรงมดลูกการตั้งครรภ์ส่วนใหญ่จะยกเลิกโดยธรรมชาติหรือการแท้งบุตร แม้ในกรณีเหล่านี้อันตรายทางร่างกายต่อผู้หญิงก็น้อยมาก อย่างไรก็ตามแพทย์ส่วนใหญ่กังวลกับสุขภาพทางอารมณ์ของผู้ป่วย ด้วยเหตุนี้แพทย์บางคนแนะนำให้ผู้ป่วยระเหยใช้รูปแบบอื่นของการควบคุมการเกิดเพื่อป้องกันการตั้งครรภ์หลังจากการกู้คืนจากขั้นตอน
ในขณะที่ผู้ป่วยส่วนใหญ่ฟื้นตัวจากการผ่าตัดด้วยความยากลำบากเพียงเล็กน้อยถึงไม่มีเลยก็มีหลักฐานว่ามีผลข้างเคียงที่รุนแรงมากขึ้นจากการผ่าตัดเยื่อบุโพรงมดลูก ผู้ป่วยบ่นว่ามีอาการปวดประจำเดือนเช่นตะคริวอ่อนเพลียและปวดหลังที่เกิดขึ้นหลายเดือนหลังจากทำหัตถการ ความเสี่ยงที่เป็นไปได้อื่น ๆ แต่มีความเสี่ยงน้อยมากที่อาจเกิดขึ้นได้จากการผ่าตัดด้วยเยื่อบุโพรงมดลูกรวมถึงการติดเชื้อทั้งจากการผ่าตัดและในระยะยาว
