เอนไซม์โปรตีโอไลติกหมายถึงกลุ่มของเอนไซม์ที่ทำลายโมเลกุลยาวของโปรตีนออกเป็นชิ้นสั้น ๆ จนกลายเป็นกรดอะมิโนในที่สุด เอนไซม์เหล่านี้ทำงานเพื่อช่วยร่างกายในการย่อยโปรตีน เอนไซม์โปรตีโอไลติกนั้นผลิตขึ้นตามธรรมชาติในตับอ่อน แต่อาจพบได้ในอาหารบางชนิด อาจมีการใช้อาหารเสริมที่มีเอ็นไซม์เหล่านี้เพื่อแก้ไขปัญหาสุขภาพที่หลากหลาย
มะละกอและสับปะรดผลิตโบรมีเลนและปาเปนในปริมาณที่สูงตามธรรมชาติซึ่งเป็นเอนไซม์โปรตีโอไลติก เอนไซม์เหล่านี้พบได้ตามธรรมชาติในตับอ่อน แต่หากมีปัญหาทางเดินอาหารเกิดขึ้นอาจช่วยได้ในการเพิ่มสับปะรดและมะละกอลงในอาหาร หากร่างกายกำลังประสบปัญหาการขาดเอนไซม์โปรตีโอไลติกอาการอาจรวมถึงอาหารไม่ย่อยแก๊สท้องอืดในช่องท้องและอาหารที่ไม่ได้ย่อยผ่านทางอุจจาระ
หากปัญหาการย่อยอาหารมีความคงที่และรุนแรงอาจเป็นประโยชน์ในการซื้อโบรมีนและปาเปนในรูปแบบของอาหารเสริมเม็ด อาหารเสริมเหล่านี้พบว่ามีประโยชน์ในการรักษาการขาดเอนไซม์ แต่ไม่จำเป็นต้องพิจารณาว่ามีประโยชน์ในการรักษาอาการอาหารไม่ย่อยทั่วไป ควรใช้ความระมัดระวังกับอาหารเสริมเหล่านี้และควรปรึกษาแพทย์ก่อนพยายามรับประทานอาหารเสริม
การใช้เอนไซม์โปรตีโอไลติกสำหรับการรักษาอื่น ๆ นอกเหนือจากปัญหาทางเดินอาหารเช่นอาการปวดเฉียบพลันได้เกิดขึ้นในบางกรณี แต่ยังมีการวิจัยเพิ่มเติมเพื่อพิจารณาประสิทธิภาพของมัน การทดลองสุ่มตัวอย่างแบบ double-blind ดำเนินการในประเทศเยอรมนีในปี 1996 โดยดร. เอช. ทิลเชอร์ซึ่งพบว่าส่วนผสมของเอนไซม์โปรตีนช่วยลดอาการปวดคอเรื้อรัง
การทดลองแบบ double-blind ในญี่ปุ่นในปี 2508 โดยดร. ตันมูราตะพบว่าผลลัพธ์ที่ได้นั้นเป็นที่น่ายินดีโดยใช้เอนไซม์โปรตีโอไลติคในการรักษาผู้หญิงที่ทุกข์ทรมานจากการคัดเต้านมหลังคลอด เอนไซม์ช่วยลดอาการไม่สบายเต้านมในสตรีที่ให้นมบุตร ผู้หญิงบางคนที่อยู่ในสภาพหลังคลอดโดยทั่วไปอาจพบว่าการใช้เอนไซม์ที่เป็นประโยชน์ในการบรรเทาอาการที่เกี่ยวข้องกับเงื่อนไข
ผู้ประกอบการแพทย์ทางเลือกบางคนอ้างว่าเอนไซม์โปรตีนอาจเป็นประโยชน์ต่อผู้ที่เป็นโรคไขข้ออักเสบลูปัสหรือโรคแพ้ภูมิตัวเองอื่น ๆ เอ็นไซม์ที่เพิ่มเข้ามานั้นมีความคิดที่จะรักษาปฏิกิริยาของระบบภูมิคุ้มกันที่เกิดจากโปรตีนทั้งเส้นที่รั่วซึมเข้าสู่กระแสเลือด มีการทดลองควบคุมน้อยมากที่ดำเนินการเพื่อสนับสนุนการอ้างสิทธิ์เหล่านี้
ผู้ประกอบการทางเลือกอื่นอาจกำหนดอาหารเสริมของเอนไซม์สำหรับผู้ที่แพ้อาหาร ทฤษฎีคือเอนไซม์ทำงานเพื่อให้แน่ใจว่าอาหารนั้นย่อยได้อย่างสมบูรณ์และเหมาะสมปล่อยให้เศษอาหารเหลือน้อยเพื่อให้ปฏิกิริยาการแพ้ลดลงหรือหยุดลง อีกครั้งยังไม่มีการศึกษาที่ควบคุมเพื่อสนับสนุนทฤษฎีของเอนไซม์ที่ควบคุมปฏิกิริยาการแพ้อาหาร
