การกำจัดหูดที่อวัยวะเพศสามารถทำได้โดยการใช้ยาเช่น imiquimod และ podophyllin หรือโดยการผ่าตัด วิธีที่ง่ายที่สุดของการกำจัดหูดที่อวัยวะเพศในการผ่าตัดคือการตัดออกซึ่งทำภายใต้ยาชาเฉพาะที่ วิธีการรักษาหูดที่อวัยวะเพศแบบผ่าตัดอีกวิธีหนึ่งคือการรักษาด้วยการแช่แข็งการใช้ไนโตรเจนเหลวเพื่อตรึงหูดเพื่อที่แผลพุพองจะก่อตัวขึ้นรอบตัว อาจใช้เวลาหลายรอบ cryotherapy ก่อนการรักษาจะสำเร็จ หากหูดมีจำนวนมากหรือมีความต้านทานต่อวิธีการผ่าตัดอื่น ๆ แล้วแพทย์อาจพยายามรักษาด้วยเลเซอร์
หูดที่อวัยวะเพศประมาณหนึ่งในสามของทั้งหมดไม่ทำให้เกิดอาการและหายไปเอง อย่างไรก็ตามหูดที่อวัยวะเพศหลายชนิดก่อให้เกิดอาการเช่นความเจ็บปวดอาการคันและตกขาว หูดที่อวัยวะเพศเกิดจากเชื้อไวรัส human papillomavirus (HPV) ซึ่งเป็นไวรัสที่สามารถแพร่กระจายไปยังผู้อื่นได้ ใครก็ตามที่ค้นพบหูดที่อวัยวะเพศควรไปรับการรักษาและคำแนะนำจากแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ
หูดที่อวัยวะเพศบางตัวมีขนาดเล็กและอื่น ๆ ที่มีขนาดใหญ่ พวกมันเติบโตบนเนื้อเยื่ออ่อนนุ่มชื้นในบริเวณอวัยวะเพศและอาจปรากฏเป็นกลุ่มเดียวหรือเป็นกลุ่มก็ได้ หูดที่อวัยวะเพศหากไม่ได้รับการรักษาสามารถเจริญเติบโตอย่างรวดเร็ว บ่อยครั้งที่พวกเขามามีลักษณะคล้ายดอกกะหล่ำ
HPV ไม่สามารถกำจัดให้หมดไปได้ แต่มียาตามใบสั่งแพทย์ที่สามารถกำจัดหูดที่อวัยวะเพศได้ Imiquimod ครีมที่ทาลงบนผิวหนังโดยตรงช่วยให้ระบบภูมิคุ้มกันของผู้ป่วยต่อสู้กับหูด ยาอีกตัวหนึ่งคือ podophyllin ใช้กับหูดเองและโจมตีเนื้อเยื่อ Trichloroacetic acid ทำให้หูดที่อวัยวะเพศไหม้ การรักษาหูดที่อวัยวะเพศเหล่านี้ทั้งหมดจะต้องใช้ภายใต้การดูแลของแพทย์
ไม่ควรใช้ยาที่มีราคาตามเคาน์เตอร์เพื่อรักษาหูดตามปกติเพื่อกำจัดหูดที่อวัยวะเพศ ผิวหนังและเยื่อเมือกทั้งบนและใกล้อวัยวะเพศมีความไวสูงมาก การรักษาแบบใช้ยาตามเคาน์เตอร์ที่มีให้สำหรับหูดปกตินั้นเป็นวิธีที่ดีที่สุดในการรักษาหูดที่อวัยวะเพศและอาจทำให้อาการของผู้ป่วยแย่ลงด้วยการทำให้ผิวหนังและเยื่อหุ้มสมองได้รับผลกระทบมากขึ้น
หญิงตั้งครรภ์ต้องถอดหูดที่อวัยวะเพศออกก่อนคลอดหรืออาจส่งเชื้อ HPV ไปยังทารกในระหว่างการคลอด ในกรณีนี้อาจมีการระบุการผ่าตัดเอาหูดที่อวัยวะเพศออก ผู้ป่วยที่มีหูดที่ไม่ตอบสนองต่อยาตามใบสั่งแพทย์อาจต้องการได้รับการผ่าตัด
แม้หลังจากกำจัดหูดที่อวัยวะเพศสำเร็จลุล่วงแล้วหูดก็สามารถกลับมาได้ HPV เป็นโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ดังนั้นผู้ป่วยที่ได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นหูดที่อวัยวะเพศควรแจ้งคู่นอนของตน หูดไม่ได้เกี่ยวข้องกับ HPV เพียงอย่างเดียว ไวรัสบางชนิดเชื่อมโยงกับมะเร็งปากมดลูกในสตรี
