โรคแพ้ภูมิตัวเองทำให้ระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายโจมตีเซลล์และเนื้อเยื่อที่มีสุขภาพซึ่งผิดปกติสำหรับเนื้อเยื่อที่เป็นโรคหรือเซลล์ที่เป็นอันตราย โรคภูมิต้านตนเองมีหลายประเภทและมักจะต้องใช้วิธีการรักษาที่แตกต่างกัน ส่วนใดของร่างกายที่ได้รับผลกระทบจากโรคช่วยให้แพทย์ทราบว่าวิธีการรักษาแบบใดจะดีที่สุด ส่วนของร่างกายที่ได้รับผลกระทบมากที่สุด ได้แก่ ไทรอยด์ตับอ่อนกล้ามเนื้อผิวหนังหลอดเลือดและข้อต่อ การรักษาโรคภูมิต้านตนเองอาจรวมถึงยาภูมิคุ้มกัน, ฮอร์โมน, อาหารเสริม, การถ่ายเลือดและการบำบัดทางกายภาพ
ยาภูมิคุ้มกันถูกใช้ในแผนการรักษาโรคภูมิต้านตนเองหลายแห่ง ยาเหล่านี้ลดการโจมตีของระบบภูมิคุ้มกันในอวัยวะข้อต่อกล้ามเนื้อและเนื้อเยื่ออื่น ๆ ยาเสพติดภูมิคุ้มกันอาจทำให้เกิดผลข้างเคียงที่รุนแรงในผู้ป่วยบางรายดังนั้นควรดำเนินการอย่างถูกต้องตามที่กำหนดและผู้ป่วยที่รับประทานยาเหล่านี้ควรได้รับการตรวจสอบอย่างรอบคอบโดยแพทย์เพื่อหาสัญญาณของปัญหาไตหรือตับ ผู้ป่วยที่ใช้ยาภูมิคุ้มกันเพื่อรักษาโรคภูมิต้านตนเองอาจมีแนวโน้มที่จะติดเชื้อรุนแรงดังนั้นพวกเขาควรใช้ความระมัดระวังเพื่อสุขภาพที่ดีและไปพบแพทย์ของพวกเขาหากพวกเขากำลังป่วยหรือพัฒนาแผลติดเชื้อ
ฮอร์โมนและอาหารเสริมสามารถช่วยทดแทนข้อบกพร่องอันเนื่องมาจากโรคแพ้ภูมิตัวเอง ขึ้นอยู่กับชนิดของโรคผู้ป่วยอาจต้องการอาหารเสริมต่อมไทรอยด์ฉีดอินซูลินหรืออาหารเสริมวิตามินเป็นส่วนหนึ่งของการรักษาโรคแพ้ภูมิตัวเอง ผู้ป่วยโรคแพ้ภูมิตัวเองไม่ควรรับประทานอาหารเสริมสมุนไพรหรือวิตามินเว้นแต่แพทย์จะแนะนำให้ทำเพราะสารเหล่านี้อาจเปลี่ยนการทำงานของอวัยวะและการทำงานของระบบภูมิคุ้มกัน
ผู้ป่วยที่ได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นโรคแพ้ภูมิตัวเองซึ่งมีผลต่อเลือดอาจต้องได้รับการถ่ายเลือดเป็นประจำ โรคบางชนิดทำให้ระบบภูมิคุ้มกันโจมตีเซลล์เม็ดเลือดแดงของร่างกายซึ่งขนส่งออกซิเจนไปทั่วร่างกาย การถ่ายเลือดอาจทำให้เกิดภาวะแทรกซ้อนรวมถึงการแพร่กระจายของความเจ็บป่วยที่เกิดจากเลือดปฏิกิริยาการแพ้และการสะสมของธาตุเหล็กซึ่งสามารถทำลายตับและหัวใจ การบำบัดด้วยยาขับคีเลชั่นซึ่งกำจัดเหล็กส่วนเกินอาจจำเป็นต้องใช้ร่วมกับการถ่ายเลือดเพื่อรักษาโรคภูมิต้านทานเนื้อเยื่อในผู้ป่วยบางราย
การบำบัดทางกายภาพสามารถช่วยลดความเจ็บปวดและอาการบวมและยังเพิ่มความคล่องตัวในผู้ป่วยที่เป็นโรคที่มีผลต่อกล้ามเนื้อและข้อต่อ ยาต้านการอักเสบ Nonsteroidal เช่น ibuprofen และ naproxen ยังสามารถช่วยลดการอักเสบที่เกี่ยวข้องกับการโจมตีของระบบภูมิคุ้มกันในเนื้อเยื่ออ่อนเหล่านี้ ผู้ป่วยโรคแพ้ภูมิตัวเองหลายคนต้องพบแพทย์ที่มีความเชี่ยวชาญในบางพื้นที่ของร่างกายเพื่อรับการรักษาเช่นโรคไขข้ออักเสบสำหรับข้อต่อและกล้ามเนื้อหรือต่อมไร้ท่อสำหรับต่อมไทรอยด์และตับอ่อนที่เกี่ยวข้องกับโรคภูมิต้านตนเอง
