ในขณะที่ไม่มีวิธีการรักษา cryptosporidiosis เฉพาะที่เหมาะสมสำหรับผู้ป่วยทุกราย แต่มียาหลายชนิดที่อาจช่วยจัดการกับอาการในบางคน อาจให้ยาต้านปรสิตในความพยายามที่จะกำจัดปรสิตที่ก่อให้เกิดความเจ็บป่วย อาจมีการใช้ยาเพิ่มเติมเช่นยาปฏิชีวนะตัวแทนต่อต้านการเคลื่อนไหวหรือการรักษาด้วยยาต้านไวรัส retroviral ในบางกรณี ไฮเดรทที่เหลืออยู่นั้นมักจะถูกพิจารณาว่าเป็นวิธีการรักษาที่ดีที่สุดสำหรับ cryptosporidiosis เนื่องจากอาการมักจะหายไปเองหากไม่ได้รับการรักษา คำถามหรือข้อกังวลใด ๆ เกี่ยวกับวิธีการรักษา cryptosporidiosis ที่เหมาะสมที่สุดในแต่ละสถานการณ์ควรปรึกษาแพทย์หรือผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์อื่น ๆ
ยาต้านปรสิตอาจใช้เป็นรูปแบบหนึ่งของการรักษา cryptosporidiosis ยาเหล่านี้ออกแบบมาเพื่อโจมตีปรสิตที่รับผิดชอบในการทำให้เกิดโรคนี้ ผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันบกพร่องอาจได้รับยาปฏิชีวนะพร้อมกับยาประเภทนี้ ยาปฏิชีวนะมักจะไม่แนะนำสำหรับผู้ป่วยที่มีสุขภาพดีอย่างอื่นเนื่องจากมีแนวโน้มที่จะเพิ่มอาการเช่นท้องร่วง
การรักษา Cryptosporidiosis อาจเกี่ยวข้องกับการใช้สารต่อต้านการเคลื่อนไหว ยาเหล่านี้ใช้เพื่อเพิ่มการดูดซึมของเหลวและลดปริมาณการเคลื่อนไหวของลำไส้และทำงานเพื่อควบคุมอาการท้องเสีย ตัวแทนต่อต้านการเคลื่อนไหวมีทั้งที่มีและไม่มีใบสั่งยา ยาประเภทนี้อาจไม่แนะนำสำหรับการติดเชื้อปรสิตดังนั้นควรปรึกษาแพทย์ก่อนใช้ยาเหล่านี้ ด้วยการกำจัดของเสียที่ช้าลงกระบวนการกำจัดปรสิตที่รับผิดชอบต่อการเจ็บป่วยก็จะช้าลงเช่นกันซึ่งอาจยืดความทุกข์ทรมานของผู้ป่วยได้
การรักษาด้วยยาต้านไวรัส retroviral บางครั้งใช้เป็นรูปแบบของการรักษา cryptosporidiosis โดยเฉพาะอย่างยิ่งในผู้ที่ติดเชื้อเอชไอวีหรือเอดส์ รูปแบบของการรักษานี้ทำงานเพื่อฟื้นฟูการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันที่แข็งแรงและอาจช่วยร่างกายในการแก้ไขการติดเชื้อด้วยตัวเอง อาจมีผลข้างเคียงเชิงลบที่เกี่ยวข้องกับการรักษาประเภทนี้ดังนั้นความเสี่ยงที่อาจเกิดขึ้นควรปรึกษาแพทย์
ไฮเดรชั่ที่เหมาะสมเป็นองค์ประกอบสำคัญของการรักษา cryptosporidiosis มันเป็นสิ่งสำคัญที่จะต้องบริโภคของเหลวมาก ๆ เพราะท้องเสียที่เกี่ยวข้องกับสภาพนี้อาจนำไปสู่การขาดน้ำ น้ำผลไม้และซุปมักเป็นทางเลือกที่ดีเนื่องจากช่วยคืนค่าอิเล็กโทรไลต์ที่หายไปให้กับร่างกายนอกเหนือจากการป้องกันการขาดน้ำ หากเกิดภาวะขาดน้ำผู้ป่วยอาจต้องเข้ารับการรักษาในโรงพยาบาลเพื่อรับของเหลวทางหลอดเลือดดำและการดูแลอื่น ๆ ที่จำเป็น


