การบำบัดพฤติกรรมทางปัญญาในโรงเรียนมักได้รับการออกแบบมาเพื่อสอนเทคนิคที่ช่วยให้เด็กมีสมาธิดีขึ้นในการเรียนในชั้นเรียนแก้ไขพฤติกรรมก่อกวนหรือพัฒนาทักษะทางสังคม เพื่อใช้เทคนิคที่มีประสิทธิภาพและจัดการปัญหาตามนั้นนักบำบัดอาจทำการประเมินบุคลิกภาพเพื่อพิจารณาการวินิจฉัยที่เหมาะสมเช่นสมาธิสั้นสมาธิสั้น (ADHD) วิธีการบำบัดพฤติกรรมทางปัญญาอาจเกี่ยวข้องกับเทคนิคการออกกำลังกายสำหรับเด็กที่มีความบกพร่องทางการเรียนรู้เช่น dyslexia หรือการให้คำปรึกษาสำหรับนักเรียนที่มีความผิดปกติทางด้านจิตใจ เด็กที่กำลังรับการรักษาโรคออทิสติกสเปกตรัมเช่นโรค Asperger's อาจได้รับการบำบัดพฤติกรรมทางปัญญาที่เกี่ยวข้องกับการมีปฏิสัมพันธ์ที่ออกแบบมาเพื่อพัฒนาทักษะทางสังคม การบำบัดพฤติกรรมทางปัญญาในโรงเรียนบางครั้งสอนเทคนิคการสื่อสารที่ไม่ใช่ทางวาจาเช่นการสบตาและยิ้ม
เมื่อครูหรือนักจิตวิทยาสงสัยว่าเด็กอาจได้รับผลกระทบจากความผิดปกติทางจิตวิทยาหรือความยากลำบากในการเรียนรู้ที่อาจส่งผลกระทบต่อการเรียนในชั้นเรียนของเขาอาจแนะนำให้ใช้ Cognitive Behavioral Therapy (CBT) เป้าหมายคือการฝึกอบรมหรือย้อนกลับรูปแบบพฤติกรรมบางอย่างเพื่อให้เด็กสามารถพัฒนาทักษะทางสังคมของเขาเอาชนะความวิตกกังวลหรือมุ่งเน้นในห้องเรียน นักจิตอายุรเวทที่ผ่านการฝึกอบรมหรือแพทย์อาจให้การแทรกแซงและสอนเทคนิคต่าง ๆ
ก่อนเริ่มการบำบัดพฤติกรรมทางปัญญาในโรงเรียนนักเรียนที่เข้าร่วมอาจได้รับการประเมินบุคลิกภาพเพื่อประเมินความรู้สึกหรือปฏิกิริยาต่อสถานการณ์ต่างๆ แบบสอบถามสำหรับนักเรียนที่มีอายุมากกว่าอาจให้คำตอบแบบหลายตัวเลือกที่เกี่ยวข้องกับตัวเองและคนรอบข้าง เขาอาจถูกถามว่าเขาจะตอบสนองอย่างไรในสถานการณ์ที่กำหนดหรืออะไรทำให้เขาเป็นกังวลมากที่สุด
นักเรียนบางคนที่มีสมาธิสั้นผิดปกติอาจมีปัญหาในการเรียน การบำบัดพฤติกรรมทางปัญญาสำหรับนักเรียนที่มีภาวะซนสมาธิสั้นอาจเกี่ยวข้องกับเทคนิคที่กำหนดขึ้นหรือการบำบัดแบบทดลอง การบำบัดอาจเกี่ยวข้องกับการประชุมรายวันหรือรายสัปดาห์ยาวนานเป็นระยะเวลาหลายสัปดาห์หลายเดือนหรือหลายปี เพื่อควบคุมความคิดชั่วคราวที่ขัดจังหวะการเรียนรู้ในนักเรียนที่มีสมาธิสั้นนักจิตวิทยาการศึกษาอาจใช้ระบบรางวัลเพื่อยกย่องเด็กเล็กที่ตอบสนองต่อทิศทางได้ดีในขณะที่คนอื่นอาจมอบหมายงานต่าง ๆ ให้กับนักเรียน
นักเรียนที่มีความผิดปกติของการเรียนรู้อาจได้รับการบำบัดพฤติกรรมทางปัญญาในโรงเรียนที่จัดให้มีการศึกษาพิเศษ การบำบัดพฤติกรรมทางปัญญาในโรงเรียนสำหรับเด็กออทิสติกมักจะมีเกมแบบโต้ตอบและกิจกรรมที่ออกแบบโดยนักจิตวิทยาหรือนักบำบัด เกมเล่นตามบทบาทอาจได้รับการออกแบบเพื่อการบำบัดโรค การแทรกแซงต่างๆได้รับการออกแบบมาเพื่อส่งเสริมความเป็นอิสระและพัฒนาทักษะทางสังคม
แพทย์หรือนักจิตวิทยาอาจแนะนำให้ CBT รักษาความผิดปกติทางจิตวิทยาที่มีผลต่อเด็กวัยเรียน ความผิดปกติของความหวาดกลัวอาจได้รับการรักษาด้วยเทคนิคการบำบัดพฤติกรรมทางปัญญา การรักษาอาจเกี่ยวข้องกับการสัมผัสและเทคนิคการตอบสนองที่ออกแบบมาเพื่อทำให้เด็กไม่รู้สึกตัว เทคนิคมักจะดำเนินการภายใต้คำแนะนำอย่างระมัดระวังของนักจิตอายุรเวทที่ได้รับการฝึกฝน
