ภาวะแทรกซ้อนของการใส่สายสวนขึ้นอยู่กับพื้นที่ของร่างกายที่ใส่สายสวนและใส่สายสวนในระยะเวลาสั้น ๆ หรือระยะยาว รายการของภาวะแทรกซ้อนที่พบบ่อยของการใส่สายสวนรวมถึงการติดเชื้อการบาดเจ็บของเนื้อเยื่อการอุดตันความเสียหายต่อหลอดเลือดพิษของเลือดและการแพ้ การติดเชื้อเป็นภาวะแทรกซ้อนสากลของประเภทของสายสวนที่อยู่ภายใน
สายสวนทางเดินปัสสาวะจะถูกแทรกเข้าไปในท่อปัสสาวะหรือวางไว้ภายนอกรอบอวัยวะเพศเพื่อระบายกระเพาะปัสสาวะ สำหรับสายสวนที่อยู่ภายในภาวะแทรกซ้อนที่พบบ่อยที่สุดของการใส่สายสวนคือการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะการอุดตันและการบาดเจ็บของเนื้อเยื่อ การอุดตันเกิดจากเกลือแร่ที่ผลิตโดยจุลินทรีย์ที่มีปฏิกิริยากับตะกอนของปัสสาวะและอาจทำให้รู้สึกไม่สบาย สายสวนที่อาศัยอยู่สามารถทำให้เกิดพิษเลือดการติดเชื้อในไตและไตถูกทำลายได้แม้ว่าผลข้างเคียงเหล่านี้จะหายากขึ้น น้ำยางในสายสวนที่พันรอบอวัยวะเพศชายสามารถทำให้เกิดอาการแพ้ในผู้ป่วยบางราย
สายสวนยังเสียบเข้าไปในระบบหลอดเลือดดำเพื่อส่งของเหลวและยารักษาโรค สายสวนสามารถใส่เข้าไปในระบบหลอดเลือดดำส่วนปลายเช่นในมือเพื่อถ่ายโอนของเหลวทางหลอดเลือดดำหรือยา สายสวนยังสามารถเป็นสายสวนหลอดเลือดดำส่วนกลางซึ่งวางไว้ในเส้นเลือดใหญ่ใกล้หรือในหัวใจ ภาวะแทรกซ้อนที่พบบ่อยที่สุดของการแทรกหลอดเลือดดำส่วนกลางคือการติดเชื้อการก่อตัวของลิ่มเลือดและการอุดตันของหลอด สายสวนหลอดเลือดดำส่วนปลายประสบปัญหาเช่นเดียวกับสายสวนหลอดเลือดดำส่วนกลาง แต่มีแนวโน้มที่จะทำให้เกิดหนาวสั่นอักเสบของหลอดเลือดดำมากกว่าสายสวนหลอดเลือดดำส่วนกลาง
สายสวนยังสามารถเกลียวผ่านหลอดเลือดเข้าไปในหัวใจ ในกรณีนี้แพทย์อาจทำให้เกิดอาการปวดและมีเลือดออกเมื่อใส่ท่อ ในขณะที่ความเจ็บปวดอาจจะเบาตามปกติ แต่ก็อาจเป็นผลมาจากความเสียหายของหลอดเลือดโดยไม่ตั้งใจ - ความเสียหายที่อาจเกิดขึ้นได้มากเท่ากับหลุมที่ถูกเจาะเข้าไปในหลอดเลือดเมื่อแพทย์ทำการเคลื่อนสายสวนผ่านทางหัวใจ ผู้ป่วยอาจแพ้สีย้อมที่ใช้ในขั้นตอนการสวนหัวใจ
ทารกสามารถใส่สายสวนสายสะดือได้หากเขาต้องการของเหลวที่มีคุณค่าทางโภชนาการยาหรือหากแพทย์ของเขาต้องการตัวอย่างเลือดเป็นประจำ การติดเชื้อเป็นหนึ่งในภาวะแทรกซ้อนที่พบบ่อยที่สุดของการใส่สายสวนในสถานการณ์เช่นนี้ สายสวนสายสะดืออาจ จำกัด การไหลเวียนของเลือดไปยังแขนขาหรืออวัยวะของทารก ลิ่มเลือดยังสามารถก่อตัวในหลอดและอาจเป็นอันตรายถึงชีวิต
