ผลข้างเคียงของการฉีดวัคซีนภูมิคุ้มกันอาจแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับการรักษาที่เฉพาะเจาะจง การบำบัดนี้เกี่ยวข้องกับการใช้ยาที่กระตุ้นหรือยับยั้งระบบภูมิคุ้มกัน ผู้ป่วยที่ได้รับการกระตุ้นภูมิคุ้มกันมักจะมีอาการหนาวสั่นมีไข้และปฏิกิริยาบริเวณที่ฉีด ผลข้างเคียงที่พบบ่อยของการระงับภูมิคุ้มกันโดยทั่วไป ได้แก่ - แต่ไม่ จำกัด เพียง - การระคายเคืองที่ผิวหนัง, ความเหนื่อยล้าและการติดเชื้อ
การรักษาเพื่อเปิดใช้งานระบบภูมิคุ้มกันรวมถึงการฉีดวัคซีนและการรักษาโรคมะเร็งต่อสู้ การบำบัดด้วยการฉีดวัคซีนเกี่ยวข้องกับการบริหารโรคที่ใช้งานหรือไม่ได้ใช้งานเพื่อสร้างภูมิต้านทานต่อสารที่ก่อให้เกิดโรคโดยเฉพาะ แม้จะมีประโยชน์มากมาย แต่วัคซีนก็มีความสัมพันธ์กับผลข้างเคียงที่พบบ่อยและร้ายแรง
ผลข้างเคียงจากการฉีดวัคซีนที่พบบ่อย ได้แก่ อาการปวดและบวมบริเวณที่ฉีด ผลข้างเคียงที่พบได้น้อย ได้แก่ ความเหนื่อยล้าปวดเมื่อยกล้ามเนื้อและมีไข้ ขึ้นอยู่กับปริมาณและชนิดของวัคซีนที่ใช้อาการจะคงอยู่ตั้งแต่สองสามชั่วโมงจนถึงหลายวัน ผลข้างเคียงจากการฉีดวัคซีนภูมิคุ้มกันที่ร้ายแรงอาจรวมถึงอาการแพ้อย่างรุนแรงอาการชักและแม้แต่สมองถูกทำลาย
ภูมิคุ้มกันโรคมะเร็งช่วยกระตุ้นร่างกายของผู้ป่วยในการโจมตีเซลล์มะเร็งร้าย ภูมิคุ้มกันโรคมะเร็งที่พบบ่อยที่สุดอย่างหนึ่งเกี่ยวข้องกับการใช้โมโนโคลนอลแอนติบอดีซึ่งช่วยระบบภูมิคุ้มกันในการโจมตีเซลล์เนื้องอก ผลข้างเคียงที่เกี่ยวข้องกับการรักษาแอนติบอดีนี้รวมถึงผื่นที่ผิวหนังอาการคล้ายไข้หวัดใหญ่และความดันโลหิตต่ำ ผลข้างเคียงที่พบน้อย ได้แก่ ปัญหาเลือดออกอิเล็กโทรไลต์ต่ำและโรคหัวใจอย่างรุนแรงรวมถึงภาวะหัวใจล้มเหลว
การใช้ภูมิคุ้มกันในการปราบปรามนั้นใช้ในการรักษาภาวะต่าง ๆ รวมถึงโรคภูมิแพ้โรคภูมิต้านทานผิดปกติและการปฏิเสธการปลูกถ่ายอวัยวะ ในกรณีของโรคภูมิแพ้ตัวแทน desensitizing ภูมิคุ้มกันมักจะฉีดเข้าไปในร่างกายของผู้ป่วยด้วยความตั้งใจที่จะลดอาการแพ้ ผลข้างเคียงที่พบบ่อยที่สุดกับการรักษาด้วยภูมิแพ้คืออาการบวมแดงและปวดบริเวณที่ฉีด บางคนพบปฏิกิริยาที่รุนแรงมากขึ้นเช่นลมพิษหายใจดังเสียงฮืดและความหนาแน่นหน้าอก
การฉีดวัคซีนเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการปลูกถ่ายอวัยวะและรูปแบบที่รุนแรงของความผิดปกติของภูมิต้านทานผิดปกติเนื่องจากพลังทำลายล้างของระบบภูมิคุ้มกัน ร่างกายอาจเห็นอวัยวะที่ถูกปลูกถ่ายเป็นตัวแทนจากต่างประเทศที่ต้องถูกทำลาย ในทำนองเดียวกันความผิดปกติของภูมิต้านทานอัตโนมัติเช่น systemic lupus erythematosus (SLE) เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันที่โอ้อวดที่เป้าหมายโจมตีและทำลายเนื้อเยื่อรูปแบบกล้ามเนื้อหรืออวัยวะใด ๆ ตัวแทนระงับภูมิคุ้มกันเช่น cyclosporines และ corticosteroids ปราบตัวแทนบางอย่างที่รับผิดชอบในการปฏิเสธอวัยวะและความผิดปกติของภูมิต้านทานผิดปกติ
ตัวแทนปราบปรามเหล่านี้ได้รับการยกย่องในการยืดอายุของอวัยวะที่ปลูกถ่ายและลดความเสียหายของอวัยวะในโรคภูมิต้านทานผิดปกติ แต่ยามักจะมีผลข้างเคียงที่รุนแรง ผลข้างเคียงทั่วไปของยาเหล่านี้คือความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของการติดเชื้อ ในผู้ป่วยที่ระบบภูมิคุ้มกันถูกระงับการติดเชื้ออาจก่อให้เกิดอันตรายร้ายแรงต่อสุขภาพ ผลข้างเคียงอื่น ๆ ที่พบได้บ่อยคือการรักษาอาการคลื่นไส้และอ่อนเพลีย นอกจากนี้ผลข้างเคียงที่เกิดจากการใช้ยาภูมิคุ้มกันในระยะยาว ได้แก่ มะเร็งและความผิดปกติของอวัยวะ
