แม้ว่าการผ่าตัดผ่านกล้องทำให้เกิดความเสียหายเนื้อเยื่อน้อยกว่าการผ่าตัดแบบเปิดเช่นเดียวกับขั้นตอนการผ่าตัดใด ๆ มีความเสี่ยงของภาวะแทรกซ้อน แม้ว่าภาวะแทรกซ้อนเหล่านี้ส่วนใหญ่จะน้อยและสามารถจัดการได้อย่างง่ายดาย แต่เกิดขึ้นในอัตราร้อยละ 1-5 ของการผ่าตัดผ่านกล้องทั้งหมดและอัตราการเสียชีวิตสำหรับภาวะแทรกซ้อนจากการส่องกล้องมีประมาณร้อยละ 0.05 ภาวะแทรกซ้อนที่พบบ่อยที่สุดบางอย่างเกิดขึ้นจากปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ต่อการระงับความรู้สึกซึ่งอาจรวมถึงภาวะแทรกซ้อนทางเดินหายใจและหัวใจเต้นผิดจังหวะ ภาวะแทรกซ้อนทางส่องกล้องทั่วไปอื่น ๆ ได้แก่ การติดเชื้อปอดบวมหลอดลมอักเสบเลือดออกมากเกินไปและการก่อตัวของเนื้อเยื่อแผลเป็น ภาวะแทรกซ้อนเหล่านี้สามารถเกิดขึ้นได้หลังจากการผ่าตัดแบบเปิดหรือการผ่าตัดผ่านกล้อง แต่จะมีน้อยกว่าปกติหลังจากการส่องกล้อง
การผ่าตัดผ่านกล้องผ่านกล้องอาจส่งผลให้เกิดการบาดเจ็บของลำไส้อวัยวะในช่องท้องเส้นเลือดและหลอดเลือดแดง ศัลยแพทย์ที่ไม่มีประสบการณ์อาจเจาะลำไส้หรือส่วนอื่น ๆ ของระบบทางเดินอาหารโดยไม่ได้ตั้งใจซึ่งใช้เครื่องมือผ่าตัดที่มีความยาวและแหลม แม้ว่าการบาดเจ็บเหล่านี้จะผิดปกติพวกเขาสามารถนำไปสู่สภาพที่อาจเป็นอันตรายที่เรียกว่าเยื่อบุช่องท้องซึ่งเป็นการอักเสบของเยื่อบุช่องท้อง ในบางกรณีการผ่าตัดเพิ่มเติมโดยใช้แผลขนาดใหญ่จำเป็นต้องซ่อมแซมเนื้อเยื่อที่เสียหายหรือหยุดเลือด
ผู้ป่วยยังสามารถทนทุกข์ทรมานจากการเผาไหม้ไฟฟ้าที่ไม่ได้สังเกตเห็นซึ่งเกิดจากขั้วไฟฟ้าที่ส่งผ่านกระแสไฟฟ้าไปสู่เนื้อเยื่อรอบ การเผาไหม้เหล่านี้สามารถนำไปสู่การเยื่อบุช่องท้องอักเสบ การตรวจสอบอิเล็กโทรดแบบแอคทีฟช่วยลดความเสี่ยงของการเกิดไฟไหม้จากภายในโดยไม่ตั้งใจ
ผู้ป่วยที่มีความผิดปกติของการแข็งตัวของเลือดหรือมีการพัฒนาเนื้อเยื่อแผลเป็นอันเป็นผลมาจากการผ่าตัดก่อนหน้านี้มีความเสี่ยงมากขึ้นสำหรับภาวะแทรกซ้อนการส่องกล้อง ผู้ป่วยที่มีดัชนีมวลกายต่ำกว่าค่าเฉลี่ยก็มีความเสี่ยงเช่นกัน ศัลยแพทย์ของพวกเขาอาจเลือกที่จะทำการผ่าตัดแบบเปิดแทนเพราะปัจจัยเหล่านี้
ก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ที่ใช้ในการขยายช่องท้องในระหว่างการผ่าตัดยังสามารถทำให้เกิดภาวะแทรกซ้อนผ่านกล้อง ก๊าซเย็นและแห้งอาจทำให้เกิดภาวะอุณหภูมิต่ำและการบาดเจ็บทางช่องท้อง ความเสี่ยงนี้ลดลงเนื่องจากความชื้นและทำให้ก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์อุ่นขึ้น
ผู้ป่วยที่มีความผิดปกติของระบบทางเดินหายใจอาจไม่สามารถทนต่อการขยายตัวของช่องท้องโดยใช้ก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ซึ่งจำเป็นต้องผ่าตัดเปิดแทน ภาวะแทรกซ้อนต่อไปเกิดจากก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ที่เหลืออยู่ในช่องท้องหลังการผ่าตัด แก๊สในช่องท้องอาจเพิ่มขึ้นและกดกับไดอะแฟรมทำให้เกิดอาการปวดเมื่อผู้ป่วยหายใจ นี่เป็นอาการชั่วคราวที่จะบรรเทาเมื่อเนื้อเยื่อของร่างกายดูดซับก๊าซส่วนเกิน
ภาวะลำไส้แปรปรวนเป็นอีกภาวะแทรกซ้อนที่อาจเกิดจากการส่องกล้องซึ่งเป็นผลมาจากการปิดเว็บไซต์ของพอร์ตที่มีขนาดใหญ่กว่า 0.4 นิ้ว (10 มม.) อย่างไม่เหมาะสมที่ใช้เพื่อแนะนำเครื่องมือผ่าตัดในระหว่างการผ่าตัด จำเป็นอย่างยิ่งที่ต้องปิด Fascia อาการของลำไส้หมอนรวมคลื่นไส้และอาเจียนเป็นระยะ ๆ
การติดเชื้อเป็นภาวะแทรกซ้อนที่พบบ่อยในการส่องกล้องทั่วไป ในกรณีของการติดเชื้อยาปฏิชีวนะมักจะบริหาร เพื่อหลีกเลี่ยงภาวะแทรกซ้อนจากการส่องกล้องศัลยแพทย์บางคนสั่งให้ยาปฏิชีวนะล่วงหน้าก่อนการผ่าตัดเมื่อมีความเสี่ยงสูงต่อการติดเชื้อเนื่องจากการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันของผู้ป่วยไม่เพียงพอ
