การผ่าตัดปลูกถ่ายชนิดใดก็มีความเสี่ยงและการผ่าตัดปลูกถ่ายตาก็ไม่ต่างกัน มีการถ่ายโอนกระจกตาเท่านั้นในระหว่างการผ่าตัด แต่ร่างกายของผู้รับยังคงสามารถปฏิเสธมันได้ตลอดเวลาซึ่งเป็นภัยคุกคามที่เกิดจากการใช้สเตียรอยด์ ความเสี่ยงอีกอย่างที่มักจะป้องกันได้คือการติดเชื้อซึ่งแพทย์หลายคนช่วยให้ผู้ป่วยหลีกเลี่ยงโดยการสั่งยาปฏิชีวนะหลังการปลูกถ่ายตา ต้อหินต้อกระจกและจอประสาทตาออกมีความเสี่ยงอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการผ่าตัดปลูกถ่ายชนิดนี้ แต่ผู้ป่วยส่วนใหญ่จะรอดพ้นจากปัญหาดังกล่าวเพราะความเสี่ยงที่เกี่ยวข้องกับการผ่าตัดนี้หายาก
หนึ่งในความเสี่ยงที่รู้จักกันดีที่สุดของการปลูกถ่ายตาคือการปฏิเสธของกระจกตา สิ่งนี้อาจเกิดขึ้นหลายสัปดาห์หลังการผ่าตัดหรืออาจใช้เวลาหลายปี ไม่ว่าจะด้วยวิธีใดก็สามารถป้องกันได้โดยใช้สเตียรอยด์ที่แพทย์สั่ง อย่างไรก็ตามวิธีการป้องกันนี้ไม่สามารถหยุดการปฏิเสธตาผู้บริจาคได้เสมอซึ่งหมายความว่าการผ่าตัดอาจต้องทำซ้ำสำหรับผู้ป่วยบางราย อาการบางอย่างที่บ่งบอกว่าร่างกายกำลังปฏิเสธกระจกตาผู้บริจาคซึ่งรวมถึงการมองเห็นที่ลดลงตาแดงและความเจ็บปวด ในหลายกรณีดวงตาจะไวต่อแสงมากเกินไปทำให้ผู้ป่วยแทบไม่สามารถรักษากระจกตาใหม่ได้
ความเสี่ยงอีกอย่างที่สามารถมากับการปลูกถ่ายอวัยวะก็คือการติดเชื้อ กระจกตาไม่ปกติมีหลอดเลือดซึ่งมักจะหมายความว่ามันไม่สามารถรักษาได้เร็วเท่ากับส่วนอื่น ๆ ของร่างกาย ในบางกรณีแบคทีเรียสามารถใช้ประโยชน์จากกระบวนการเยียวยาช้าซึ่งติดเชื้อที่กระจกตาไม่นานหลังจากการปลูกถ่ายตา นี่คือเหตุผลที่แพทย์หลายรายเสนอให้ผู้ป่วยยาหยอดตายาปฏิชีวนะแม้กระทั่งก่อนที่การติดเชื้อจะเริ่มต้น
มีความเสี่ยงอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการปลูกถ่ายตาและหลายคนอาจเกิดขึ้นได้โดยไม่ต้องผ่าตัดประเภทนี้โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อผู้ป่วยอายุ ตัวอย่างเช่นโรคต้อหินเป็นภาวะที่ของเหลวส่วนเกินในตาเกิดความกดดันซึ่งมักนำไปสู่การมองเห็นที่ลดลงตาแดงและลักษณะของเส้นขอบรัศมีเมื่อมองไปที่แสง ความเสี่ยงที่เป็นไปได้อีกอย่างหนึ่งของการปลูกถ่ายตาคือการเริ่มต้นของต้อกระจกซึ่งมีแนวโน้มที่จะสร้างเมฆเหนือตาดังนั้นการมองเห็นไม่ชัดแสงจ้าและความสามารถในการลดการมองเห็นในเวลากลางคืนเป็นอาการที่เป็นไปได้ทั้งหมด ผู้ที่เลือกใช้การปลูกถ่ายกระจกตาก็มีความเสี่ยงต่อการปลดม่านตาซึ่งจอประสาทตาหลุดออกจากตำแหน่งที่อยู่ด้านหลังของตาทำให้มองเห็นลดลง
