ร้านขายยาโรงพยาบาลเป็นร้านขายยาที่ทำงานภายในโรงพยาบาล บางครั้งร้านขายยาในโรงพยาบาลอาจเป็นเจ้าของโดยโรงพยาบาลและบางครั้งร้านขายยาอาจเป็นเจ้าของโดย บริษัท ภายนอกที่ให้เช่าพื้นที่จากโรงพยาบาล หลายคนพบว่าร้านขายยาของโรงพยาบาลทั่วไปสะดวกในการใช้อย่างไม่น่าเชื่อเพราะพวกเขาสามารถรับใบสั่งยาได้ทันทีหลังจากการนัดหมายหรืออยู่โรงพยาบาลโดยไม่ต้องออกจากอาคารและขับรถไปที่ร้านขายยาแยกต่างหากหลายไมล์ แม้ว่ามันอาจจะไม่ใช่ทุกกรณี แต่การสั่งยาจากร้านขายยาในโรงพยาบาลอาจมีราคาสูงกว่าใบสั่งยาจากร้านขายยาประเภทอื่น ๆ แม้จะมีความจริงที่ว่าราคาอาจสูงขึ้นที่ร้านขายยาของโรงพยาบาลผู้ป่วยจำนวนมากยินดีที่จะจ่ายส่วนต่างราคาเนื่องจากทำเลที่สะดวก
มีความแตกต่างเล็กน้อยระหว่างร้านขายยาโรงพยาบาลและร้านขายยาแบบดั้งเดิม เภสัชกรในร้านขายยาโรงพยาบาลมักจะทำงานโดยตรงกับแพทย์และพยาบาลเมื่อกรอกใบสั่งยามากกว่าการใช้ใบสั่งยาที่เขียนขึ้นจากผู้ป่วยเพื่อกรอกตามคำขอ หากผู้ป่วยต้องการใช้ร้านขายยาของโรงพยาบาลเธอมักจะบอกให้แพทย์ของเธอส่งใบสั่งยาไปที่ร้านขายยาของโรงพยาบาลโดยตรงแทนที่จะให้ยาพาเธอไปที่อื่น ในบางครั้งเภสัชกรโรงพยาบาลมักทำในโรงพยาบาลในลักษณะเดียวกับที่แพทย์และพยาบาลทำเพื่อช่วยให้ผู้ป่วยเข้าใจคำแนะนำการใช้ยาของใบสั่งยารวมถึงการตอบคำถามหรือข้อสงสัยใด ๆ ที่ผู้ป่วยอาจเกี่ยวข้องกับยาของพวกเขา
ไม่ใช่เรื่องผิดปกติสำหรับร้านขายยาของโรงพยาบาลที่จะจ้างเภสัชกรในการฝึกอบรม หลายคนที่กำลังจะไปโรงเรียนเพื่อเป็นเภสัชกรสามารถเข้ารับการฝึกงานที่ร้านขายยาของโรงพยาบาลเพื่อช่วยให้พวกเขาเรียนรู้การค้าของพวกเขาได้ดีขึ้น ร้านขายยาของโรงพยาบาลอาจเป็นสภาพแวดล้อมที่สมบูรณ์แบบสำหรับเภสัชกรในการฝึกอบรมเพราะเธอสามารถทำงานได้ไม่เพียง แต่กับเภสัชกรที่ผ่านการฝึกอบรมเท่านั้น แต่ยังมีแพทย์และพยาบาลที่ต้องออกจากร้านขายยาทุกวัน นักเรียนหลายคนที่กำลังฝึกฝนเพื่อเป็นเภสัชกรมักเลือกที่จะทำงานในโรงพยาบาลต่อไปแทนที่จะออกไปทำงานที่ร้านขายยาภายนอกเพราะพวกเขาได้รับประโยชน์อย่างมากจากการสื่อสารโดยตรงกับแพทย์และผู้ป่วยในโรงพยาบาล
ผู้ป่วยที่เข้ารับการรักษาในโรงพยาบาลมักจะได้รับยาส่วนใหญ่จากร้านขายยาของโรงพยาบาลเพราะร้านขายยาเหล่านี้สะดวกที่สุดสำหรับพยาบาลแพทย์และเจ้าหน้าที่โรงพยาบาลอื่น ๆ ความสะดวกสบายของร้านขายยาโรงพยาบาลเป็นบางครั้งช่วยชีวิตสำหรับผู้ป่วยที่มีชีวิตอยู่ในอันตราย มักจะมีสถานการณ์ที่เป็นอันตรายที่จะยืดอายุการใช้ยาเฉพาะและการมีร้านขายยาโดยตรงภายในโรงพยาบาลหมายความว่าผู้ป่วยจะได้รับยาที่เขาต้องการทันทีที่เขาต้องการ


