ผลข้างเคียงหลักและที่ต้องการของการทำหมันคือการคุมกำเนิดเนื่องจากอัณฑะไม่ได้ส่งตัวอสุจิอีกต่อไปเนื่องจาก vasa deferentia ซึ่งเป็นพหูพจน์ของ vas deferens ถูกตัดออก บางคนเชื่อว่ากระบวนการนี้อาจทำให้เกิดต่อมลูกหมากอักเสบและเพิ่มความเสี่ยงต่อการเป็นมะเร็งต่อมลูกหมาก ผลข้างเคียงที่เป็นไปได้อื่น ๆ ของการทำหมันในต่อมลูกหมากคือความเครียดที่เพิ่มขึ้นและความดันเนื่องจากการบาดเจ็บเนื้อเยื่อที่เกิดจากการผ่าตัด
ต่อมลูกหมากมีขนาดประมาณวอลนัทและล้อมรอบท่อปัสสาวะ อยู่ด้านล่างและด้านหน้าของไส้ตรงและใต้กระเพาะปัสสาวะต่อมลูกหมากจะได้รับสเปิร์มจาก vasa deferentia ซึ่งติดอยู่ที่ปลายสุดของลูกอัณฑะ ต่อมลูกหมากจะผสมตัวอสุจิกับน้ำอัลคาไลน์ที่ช่วยกระตุ้นการไหลของน้ำอสุจิและให้อาหารแก่อสุจิ แม้ว่า vasa deferentia จะไม่ขนส่งอสุจิไปยังต่อมลูกหมากหลังจากทำหมัน แต่ต่อมลูกหมากยังคงผลิตและส่งผ่านของเหลวนี้ต่อไป
การผ่าตัดทำให้เกิดการบาดเจ็บที่เนื้อเยื่อทำให้เกิดอาการฟกช้ำและบวมซึ่งอาจส่งผลต่อต่อมลูกหมาก แม้ว่านี่จะเป็นการตอบสนองตามธรรมชาติต่อการทำหมัน แต่การบวมมากเกินไปอาจขัดขวางการไหลของปัสสาวะเนื่องจากอาการบวมอาจสร้างแรงกดดันภายในท่อปัสสาวะอุดตัน ผู้ให้บริการด้านสุขภาพมักจะแนะนำการไม่ทำอะไรเป็นเวลา 24 ถึง 48 ชั่วโมงหลังจากการทำหมันและตามด้วยกิจกรรมเบา ๆ เป็นเวลาหนึ่งสัปดาห์ หากความรู้สึกไม่สบายหรือบวมเพิ่มขึ้นหรือมีการระบายน้ำผิดปกติและความอบอุ่นที่บริเวณผ่าตัดผู้ป่วยควรได้รับการประเมินจากผู้ให้บริการด้านสุขภาพเพื่อหาการติดเชื้อ
ตามปกติร่างกายจะดูดซับสเปิร์มที่ติดอยู่ในต่อมลูกหมากและ vasa deferentia ที่ชำแหละ แต่บางครั้งสเปิร์มอาจก่อตัวเป็นกอเรียกว่า granulomas เมื่ออยู่ในต่อมลูกหมาก, granuloma อาจก่อให้เกิดการตอบสนองของภูมิคุ้มกันสร้างรูปแบบของต่อมลูกหมากอักเสบอ่อนโยน คิดว่าจะเป็นเงื่อนไขที่ไม่เป็นอันตรายโดยทั่วไปส่วนที่เหลือและยามักจะแก้ปัญหาได้
หากจุลินทรีย์ถูกนำเข้าสู่สนามผ่าตัดในระหว่างการทำหมันแบคทีเรียสามารถเดินทางขึ้นท่อผ่าและต่อมลูกหมาก ซึ่งอาจทำให้เกิดการติดเชื้อพร้อมกับอาการปวดบวมและมีไข้พร้อมกับปัสสาวะลำบาก แพทย์มักจะสั่งยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาความทุกข์นี้
แม้ว่ามะเร็งต่อมลูกหมากเป็นมะเร็งที่พบบ่อยที่สุดที่วินิจฉัยในผู้ชาย แต่นักวิจัยก็ยังรู้สึกกดดันอย่างหนักเพื่อค้นหาความสัมพันธ์ระหว่างโรคและการทำหมัน นักวิจัยไม่สามารถหาเหตุผลทางชีววิทยาเพื่อเพิ่มความเสี่ยงมะเร็งต่อมลูกหมาก อัณฑะและ vasa deferentia ได้รับผลกระทบโดยตรงหลังจากทำหมัน แต่ต่อมลูกหมากยังคงทำงานได้ตามปกติ
