ในกรณีส่วนใหญ่การติดเชื้อในทางเดินอาหารจะหายไปเองหลังจากผ่านไปสองสามวันและไม่ต้องการการรักษาทางการแพทย์ใด ๆ การดื่มน้ำอย่างเพียงพอเป็นสิ่งสำคัญดังนั้นจึงควรดื่มน้ำมาก ๆ ระหว่างการฟื้นตัว อาจใช้ยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์หรือสั่งตามใบสั่งแพทย์เพื่อรักษาอาการคลื่นไส้ที่เกิดจากการติดเชื้อในทางเดินอาหารแม้ว่าจะไม่แนะนำให้ใช้ยาที่มีจุดประสงค์เพื่อรักษาอาการท้องร่วง ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับสาเหตุของการติดเชื้อยาปฏิชีวนะยาต้านไวรัสหรือยาต้านปรสิต คำถามหรือข้อสงสัยใด ๆ เกี่ยวกับตัวเลือกการรักษาโรคติดเชื้อระบบทางเดินอาหารที่ดีที่สุดสำหรับแต่ละสถานการณ์ควรปรึกษาแพทย์หรือผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์อื่น ๆ
การรักษาความชุ่มชื้นที่เหมาะสมเป็นหนึ่งในข้อกังวลหลักเมื่อมีการติดเชื้อในทางเดินอาหาร การดื่มน้ำมาก ๆ มักเพียงพอที่จะป้องกันภาวะขาดน้ำ นอกจากน้ำและน้ำผลไม้แล้วอาจแนะนำซุปหรือน้ำซุป โดยการรวมอาหารและเครื่องดื่มเหล่านี้ทั้งของเหลวและอิเล็กโทรไลจะถูกแทนที่ในร่างกาย หากเกิดภาวะขาดน้ำผู้ป่วยอาจต้องได้รับของเหลวทางหลอดเลือดดำในโรงพยาบาล
อาการคลื่นไส้และท้องเสียเป็นอาการที่พบบ่อยที่สุดที่เกี่ยวข้องกับการติดเชื้อในทางเดินอาหาร หากอาการคลื่นไส้รุนแรงและเป็นการยากที่จะหยุดการใช้ยาต้านอาการคลื่นไส้ตามใบสั่งแพทย์หรือยาตามใบสั่งแพทย์อาจเป็นประโยชน์ การใช้ยาที่ออกแบบมาเพื่อรักษาอาการท้องร่วงมักจะหมดกำลังใจเพราะจะทำให้การติดเชื้อช้าลง
ยาปฏิชีวนะมักไม่ได้กำหนดไว้สำหรับการติดเชื้อแบคทีเรียในทางเดินอาหารในคนที่มีสุขภาพดีเป็นอย่างอื่น ยาเหล่านี้มีแนวโน้มที่จะเพิ่มความรุนแรงของอาการเช่นท้องร่วง ผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแออาจได้รับยาปฏิชีวนะเนื่องจากประโยชน์จะมีมากกว่าความเสี่ยงที่อาจเกิดขึ้น อาจกำหนดยาต้านปรสิตได้หากพบว่ามีการติดเชื้อเกิดจากปรสิตหรืออาจใช้ยาต้านไวรัสสำหรับการติดเชื้อไวรัส
ตัวเลือกการรักษาที่ดีที่สุดในระหว่างการติดเชื้อในทางเดินอาหารมักจะมีปริมาณน้ำเพียงพอและพักผ่อน นี่เป็นความทุกข์ที่พบได้บ่อยและจะแก้ไขด้วยตัวเองภายในหนึ่งสัปดาห์ หากอาการยังคงอยู่หรือมีอาการรุนแรงควรปรึกษาแพทย์เพื่อรับการประเมินทางการแพทย์เพิ่มเติม อาจมีการให้ยาเพื่อบรรเทาอาการหรือพักรักษาตัวในโรงพยาบาลระยะสั้นหากมีภาวะขาดน้ำอย่างรุนแรงและไม่สามารถรักษาที่บ้านได้อย่างเพียงพอ มันเป็นการดีที่สุดเสมอที่จะได้รับการวินิจฉัยว่าติดเชื้อโดยแพทย์เนื่องจากเงื่อนไขทางการแพทย์ที่รุนแรงกว่านั้นอาจมีอาการคล้ายกัน
