การรักษาที่เหมาะสมสำหรับการติดเชื้อแฝงนั้นขึ้นอยู่กับประเภทของการติดเชื้อที่ผู้ป่วยมี ในหลายกรณีการรักษาอาจได้รับก็ต่อเมื่อมีอาการวูบวาบ เงื่อนไขอื่น ๆ ต้องการการรักษาระยะยาวเพื่อช่วยป้องกันการติดเชื้อจากอาการ บางครั้งแม้โรคร้ายแรงที่อาจเกิดขึ้นอาจไม่ได้รับการรักษา แต่ต้องได้รับการตรวจสอบอย่างรอบคอบเพื่อให้แน่ใจว่าพวกเขาจะไม่ทำให้เกิดปัญหากับผู้ป่วย ไวรัสแบคทีเรียและจุลินทรีย์ต่าง ๆ สามารถซ่อนเร้นอยู่ภายในร่างกายของผู้ป่วย
ในบางกรณีการรักษาสำหรับการติดเชื้อแฝงจะรวมถึงการใช้ยาในระยะยาว ยาเหล่านี้ได้รับการออกแบบมาโดยเฉพาะเพื่อต่อสู้กับการติดเชื้อที่ซ่อนเร้นและเพื่อป้องกันไม่ให้เกิดอาการ การรักษาประเภทนี้เป็นเรื่องปกติเมื่อผู้ป่วยมีโรคเริมการติดเชื้อไวรัสที่สามารถหยุดอยู่กับที่เป็นเวลานาน แม้ว่าการรักษาเหล่านี้จะไม่ประสบความสำเร็จเสมอไปในบางกรณีพวกเขาสามารถลดความถี่หรือความรุนแรงของการติดเชื้อเมื่อมันลุกเป็นไฟ
การติดเชื้อชนิดอื่นอาจต้องการการรักษาแบบก้าวร้าวเพื่อกำจัดโอกาสที่จะติดเชื้อได้ วัณโรคแฝงแฝงเป็นเงื่อนไขที่พบบ่อยที่มักจะได้รับการรักษาอย่างจริงจังเมื่อพบ การติดเชื้อเหล่านี้ไม่ได้ใช้งานอยู่เสมอโดยทำใน 5 ถึง 10 เปอร์เซ็นต์ของผู้ติดเชื้อ อย่างไรก็ตามโรคนี้สามารถแพร่กระจายได้ง่ายจากคนสู่คนดังนั้นแพทย์จะพยายามกำจัดการติดเชื้อแฝงก่อนที่จะมีโอกาสที่จะใช้งาน
เงื่อนไขส่วนใหญ่ที่มีเฟสแฝงจะได้รับการปฏิบัติเป็นระยะ ๆ เท่านั้น ตัวอย่างเช่นการติดเชื้อ papillomavirus หรือมาลาเรียของมนุษย์จะได้รับการรักษาเฉพาะเมื่อการติดเชื้อนั้นออกจากระยะแฝงและกลายเป็นอาการ ยาอาจถูกใช้เพื่อหยุดการแพร่กระจายของการติดเชื้อที่มีการใช้งานหรือในกรณีของ papillomavirus มนุษย์แผลอาจถูกเอาออกเพื่อหยุดการแพร่กระจาย
สำหรับผู้ป่วยบางรายการรักษาเชื้อที่แฝงอยู่อาจเป็นกระบวนการที่เกิดขึ้นตลอดชีวิต ไม่ใช่เงื่อนไขเหล่านี้ทั้งหมดที่รักษาได้ แต่อาการของพวกเขามักจะสามารถจัดการได้ ผู้ป่วยรายอื่นอาจต้องรักษาด้วยการติดเชื้อแฝงจนกว่าจะถูกกำจัด แม้ว่ามันจะเป็นไปไม่ได้ที่จะตรวจสอบอย่างแน่ชัดว่าโรคที่มีระยะเวลาแฝงถูกทำลายได้สำเร็จหรือไม่ แต่หลายคนก็จะถูกฆ่าอย่างสมบูรณ์หลังจากสองสามปี ผู้ป่วยควรขอคำแนะนำจากแพทย์เมื่อพยายามรักษาโรคติดเชื้อที่แฝงอยู่เนื่องจากเงื่อนไขเหล่านี้เป็นไปไม่ได้ที่จะประเมินโดยไม่ต้องใช้การตรวจเลือด
