โดยทั่วไปแล้วโรคของทารกในครรภ์แอลกอฮอล์ไม่สามารถรักษาให้หายขาดได้ แต่อาการบางอย่างสามารถรักษาได้โดยเฉพาะอย่างยิ่งหากตรวจพบตั้งแต่อายุยังน้อย ตัวอย่างเช่นข้อบกพร่องของหัวใจที่มักจะมีรูหรือบ่นอาจได้รับการรักษาด้วยการผ่าตัด อาการทางกายภาพอื่น ๆ เช่นการสูญเสียการได้ยินและการมองเห็นสามารถรักษาได้ด้วยเครื่องช่วยฟังและแว่นตา แน่นอนว่ามักมีปัญหาด้านจิตใจที่เกี่ยวข้องกับการดื่มระหว่างตั้งครรภ์เช่นการชะลอการบกพร่องทางการเรียนรู้และความยากลำบากในการใช้เหตุผล การรักษาโดยทั่วไปสำหรับอาการของโรคของทารกในครรภ์แอลกอฮอล์เช่นนี้รวมถึงการเรียนพิเศษในโรงเรียนเช่นเดียวกับบริการสังคมในช่วงต้น
หนึ่งในอาการที่พบบ่อยที่สุดของซินโดรมของทารกในครรภ์แอลกอฮอล์เป็นข้อบกพร่องของหัวใจ ซึ่งอาจรวมถึงเสียงพึมพำซึ่งเป็นความผิดปกติเล็กน้อยที่เด็กบางคนมีสุขภาพดี ในทางกลับกันทารกบางคนที่มีอาการแอลกอฮอล์ในครรภ์อาจประสบกับข้อบกพร่องของผนังกั้นหัวใจห้องล่างซึ่งอธิบายถึงช่องโหว่ในผนังระหว่างช่องทางขวาและช่องซ้าย ปัญหาที่เป็นไปได้อีกประการหนึ่งที่เกี่ยวข้องกับกลุ่มอาการของโรคติดสุราในทารกคือข้อบกพร่องของผนังกั้นหัวใจห้องบนซึ่งผนังกั้นระหว่างห้องชั้นบนไม่ปิด ข้อบกพร่องดังกล่าวอาจแก้ไขได้ด้วยการผ่าตัด แต่การรักษาประเภทนี้สำหรับปัญหากลุ่มอาการติดสุราในครรภ์มักถือว่าซับซ้อนและไม่ประสบความสำเร็จเสมอไป
ยังมีวิธีรักษาอาการทางกายของทารกในครรภ์ที่มีอาการทางกายภาพอื่น ๆ เช่นกัน ตัวอย่างเช่นหูอาจมีรูปร่างผิดปกติตั้งแต่แรกเกิดทำให้สูญเสียการได้ยินในช่วงวัยทารก สามารถแก้ไขได้ด้วยเครื่องช่วยฟังเช่นเดียวกับการทำศัลยกรรมพลาสติกเพื่อเปลี่ยนรูปลักษณ์ของหูหากจำเป็น การสูญเสียการมองเห็นเป็นอาการที่พบได้ทั่วไปของโรคนี้ซึ่งมักจะต้องใช้แว่นตาตั้งแต่อายุยังน้อย ในขณะที่มีการรักษาอาการทางกายของทารกในครรภ์แอลกอฮอล์อาการเหล่านี้มักจะไม่สามารถแก้ไขได้เช่นหัวหรือร่างกายที่ผิดปกติเล็ก ๆ
อาการที่น่าเป็นห่วงที่สุดของโรคนี้บางอย่างเป็นปัญหาทางจิต ตัวอย่างเช่นปัญญาอ่อนความล่าช้าในการพูดและภาษาและความบกพร่องทางการเรียนรู้เป็นเพียงปัญหาหลักสองสามข้อ สิ่งเหล่านี้มักต้องการการรักษาเป็นเวลาหลายปีตั้งแต่อายุยังน้อยเช่นการฝึกการจัดการพฤติกรรมและการให้คำปรึกษาเกี่ยวกับวิธีจัดการกับความเครียด นอกจากนี้เด็ก ๆ ควรได้รับการรักษาตามอาการของแอลกอฮอล์ในครรภ์เมื่อเริ่มเข้าโรงเรียนเนื่องจากพวกเขามักจะต้องการชั้นเรียนพิเศษเพื่อที่จะไปถึงเหตุการณ์สำคัญตามอายุ ชั้นเรียนการศึกษาพิเศษสามารถอนุญาตให้พวกเขาประสบความสำเร็จในโรงเรียนได้แม้จะมีความบกพร่องทางการเรียนรู้สมาธิสั้นและไม่สามารถให้เหตุผลได้ตามปกติ
