โปรตีนอะไมเลสเป็นเอนไซม์ชนิดหนึ่งที่เกี่ยวข้องกับการย่อยคาร์โบไฮเดรตเชิงซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งมันแบ่งโมเลกุลของแป้งและไกลโคเจนออกเป็นน้ำตาลย่อย ๆ ของมอลโตสและกลูโคส โปรตีนอะไมเลสมีอยู่สามชนิดด้วยกันคืออัลฟาอะไมเลสเบต้าอะไมเลสและแกมมาอะไมเลส
สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมพืชเชื้อราและแบคทีเรียบางชนิดล้วนผลิตโปรตีนอะไมเลส โปรตีนอัลฟาอะไมเลสเป็นรูปแบบของอะไมเลสที่พบในมนุษย์และสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่น ๆ นอกจากนี้ยังพบได้ในพืชแบคทีเรียและเชื้อรา เบต้าอะไมเลสส่วนใหญ่ผลิตโดยแบคทีเรียเชื้อราและพืชในขณะที่แกมมาอะไมเลสพบได้ในสภาพแวดล้อมที่เป็นกรดสูงเท่านั้น
ภายในระบบย่อยอาหารของมนุษย์พบโปรตีนอะไมเลสภายในน้ำลายในปากและน้ำย่อยตับอ่อนที่หลั่งในลำไส้เล็กส่วนต้นของลำไส้เล็ก โปรตีนอะไมเลสที่พบในปากเรียกว่า ptyalin หรืออะไมเลสทำน้ำลาย มันเริ่มการย่อยแป้งในขณะที่อาหารอยู่ในปาก อะไมเลสทำน้ำลายแบ่งแป้งเป็นโมเลกุลขนาดเล็กโดยการทำลายพันธะเฉพาะที่พบในโมเลกุลของแป้ง
ในระหว่างการย่อยแป้งโดยน้ำลายอะไมเลสเอนไซม์จะทำลายพันธะชนิดหนึ่งที่เรียกว่าพันธะอัลฟาเชิงเส้น (1,4) glycosidic พันธบัตรประเภทนี้คือพันธะโควาเลนต์ที่เกิดขึ้นระหว่างโมเลกุลคาร์โบไฮเดรตเช่นกลูโคสและโมเลกุลอื่นซึ่งอาจจะใช่หรือไม่ใช่คาร์โบไฮเดรตก็ได้ ในกรณีนี้เอนไซม์ทำงานกับพันธะระหว่างคาร์บอนก้อนแรกของโมเลกุลหนึ่งกับคาร์บอนสี่ของอีกก้อนหนึ่ง สภาพแวดล้อมที่เป็นกรดของกระเพาะอาหารหยุดทำงานและทำลายโปรตีนอะไมเลสที่ทำน้ำลาย
ภายในกระเพาะอาหารจะรวมกับน้ำย่อยเพื่อผลิตเป็นครีมผสมที่เรียกว่า chyme มันผ่านจากกระเพาะอาหารสู่ลำไส้เล็กส่วนต้นของลำไส้เล็กเพื่อให้การย่อยสามารถดำเนินต่อไป การย่อยส่วนใหญ่เกิดขึ้นภายในลำไส้เล็กส่วนต้นดังนั้นอาหารจะถูกย่อยเป็นโมเลกุลขนาดเล็กที่สามารถดูดซึมเข้าสู่ร่างกายเมื่อมันผ่านเข้าไปในลำไส้เล็กของลำไส้เล็ก
เมื่อ chyme เข้าสู่ลำไส้เล็กส่วนต้นมันจะกระตุ้นการผลิตและปล่อยเอนไซม์ย่อยอาหาร มีเอนไซม์ย่อยอาหารหลายชนิดที่ทำในตับอ่อนรวมถึงโปรตีนอะไมเลสตับอ่อน เอนไซม์นี้ยังคงทำงานที่เริ่มต้นในปากโดยโปรตีนอะไมเลสทำน้ำลาย
อะไมเลสในตับอ่อนจะย่อยสลายโมเลกุลคาร์โบไฮเดรตที่มีขนาดใหญ่ขึ้นและเปลี่ยนเป็นมอลโตสซึ่งเป็นน้ำตาลชนิดหนึ่ง มอลโตสเป็นไดแซ็กคาไรด์หมายถึงมันมีโมเลกุลกลูโคสสองโมเลกุล มันทำหน้าที่โดย maltase เพื่อผลิตโมเลกุลกลูโคสสองโมเลกุล โมเลกุลเหล่านี้เป็นผลลัพธ์สุดท้ายของการย่อยคาร์โบไฮเดรตและถูกดูดซึมเข้าสู่กระแสเลือด
