ในขณะที่ระบบต่อมไร้ท่อเกี่ยวข้องกับการผลิตฮอร์โมนระบบย่อยอาหารเกี่ยวข้องกับอาหารแปรรูป แม้ว่าทั้งสองระบบจะดูแตกต่างกันมาก แต่ความจริงแล้วลำไส้เป็นอวัยวะต่อมไร้ท่อที่ใหญ่ที่สุดของร่างกายทำให้ระบบต่อมไร้ท่อและระบบย่อยอาหารเชื่อมโยงอย่างใกล้ชิด ภายในลำไส้เซลล์ลำไส้ปกติจะถูกสลับกับเซลล์ต่อมไร้ท่อแต่ละตัวซึ่งประกอบกันเป็นสิ่งที่เรียกว่าระบบต่อมไร้ท่อในลำไส้ ระบบนี้ผลิตฮอร์โมนมากกว่า 30 ชนิดซึ่งควบคุมกระบวนการที่ซับซ้อนในการย่อยอาหารดูดซึมและรวมตัวกันเข้าสู่เซลล์ ต่อมไร้ท่อเป็นสาขาของยาที่เกี่ยวข้องกับระบบต่อมไร้ท่อในขณะที่สาขาที่เกี่ยวข้องกับระบบย่อยอาหารเรียกว่าระบบทางเดินอาหาร
สรีรวิทยาของการย่อยอาหารเกี่ยวข้องกับความร่วมมืออย่างใกล้ชิดระหว่างระบบประสาทระบบต่อมไร้ท่อและระบบย่อยอาหาร เช่นเดียวกับการมีระบบต่อมไร้ท่อของตัวเองลำไส้ยังมีระบบประสาทที่เรียกว่าระบบประสาทลำไส้ซึ่งเชื่อมโยงกับระบบประสาทส่วนกลาง เส้นประสาทช่วยควบคุมการเคลื่อนไหวของอาหารการไหลเวียนของเลือดในลำไส้และการเคลื่อนที่ของสารทั่วผนังลำไส้ ฮอร์โมนของระบบต่อมไร้ท่อในลำไส้ควบคุมการหลั่งสารในลำไส้, การหดตัวของกล้ามเนื้อและปัจจัยต่าง ๆ เช่นความหิวและการเผาผลาญไขมัน
แม้ว่าทางเดินอาหารจะได้รับผลกระทบจากฮอร์โมนจากต่อมไร้ท่ออื่น ๆ แต่ก็มีการควบคุมอย่างเข้มงวดจากฮอร์โมนของตัวเอง ฮอร์โมน Gastrin เป็นหนึ่งในคนแรกที่ได้รับการปล่อยตัวในระหว่างกระบวนการย่อยอาหารและเซลล์ที่ผลิต gastrin หรือที่รู้จักกันในชื่อ G เซลล์ตั้งอยู่ในเยื่อบุกระเพาะอาหาร เมื่ออาหารเข้าสู่กระเพาะอาหารเซลล์ G จะปล่อยแกสทรินเข้าสู่กระแสเลือด แกสทรินจับกับตัวรับในสิ่งที่เรียกว่าเซลล์ข้างขม่อมในเยื่อบุกระเพาะอาหารและกระตุ้นให้พวกเขาหลั่งกรด เป็นผลมาจากการเชื่อมต่อระหว่างระบบต่อมไร้ท่อและระบบย่อยอาหารนี้จุลินทรีย์ที่เป็นอันตรายจำนวนมากที่เข้าสู่กระเพาะอาหารด้วยอาหารสามารถทำให้เป็นกลาง
เมื่อกรดถูกปล่อยออกจากกระเพาะเข้าไปในลำไส้เล็กสิ่งนี้จะช่วยกระตุ้นเซลล์ในเยื่อบุลำไส้เพื่อสร้างฮอร์โมนที่เรียกว่า secretin Secretin ทำให้อวัยวะย่อยอาหารที่รู้จักกันในชื่อตับอ่อนปล่อยของเหลวอัลคาไลน์ซึ่งเข้าสู่ลำไส้เล็กและทำให้กรดในกระเพาะเป็นกลาง เซลล์ในท่อน้ำดีซึ่งยื่นออกมาจากถุงน้ำดีก็ถูกกระตุ้นให้ปล่อยไบคาร์บอเนต การทำงานร่วมกันระหว่างระบบต่อมไร้ท่อและระบบย่อยอาหารนี้ช่วยป้องกันลำไส้เล็กจากการเผาผลาญกรด เมื่อลำไส้มีความเป็นด่างมากขึ้นการผลิต secretin จะถูกปิด
