มีความแตกต่างหลักประการหนึ่งระหว่างระบบประสาทร่างกายและระบบประสาทอัตโนมัติ ระบบประสาทโซมาติกรวมถึงการทำงานทั้งหมดของร่างกายที่ทำโดยสมัครใจเช่นการขยับขาหรือนิ้ว ระบบประสาทอัตโนมัติรวมถึงการทำงานทั้งหมดของร่างกายที่ไม่ได้ตั้งใจทำเช่นการหายใจหรือกระพริบตา
ระบบประสาทของร่างกายแบ่งออกเป็นระบบประสาทส่วนปลายและระบบประสาทส่วนกลาง ระบบประสาทส่วนกลางประกอบด้วยสมองและไขสันหลังพร้อมกับเส้นประสาทสมอง ระบบประสาทส่วนปลายประกอบด้วยเส้นทางประสาททั้งหมดที่ไหลไปทั่วส่วนอื่น ๆ ของร่างกาย ทั้งระบบประสาทร่างกายและระบบประสาทอัตโนมัติเป็นส่วนหนึ่งของระบบประสาทส่วนปลายซึ่งหมายความว่าพวกเขาประกอบด้วยพื้นที่ของระบบประสาทที่ไม่รวมสมองหรือไขสันหลัง
ระบบประสาทโซมาติกมีหน้าที่รับผิดชอบต่อการกระทำโดยสมัครใจผ่านทางแรงกระตุ้นเส้นประสาทที่เชื่อมต่อจากระบบประสาทส่วนปลายเข้ากับกล้ามเนื้อของร่างกายซึ่งทำหน้าที่ตามความต้องการของคนส่วนใหญ่ นอกจากนี้ยังมีหน้าที่ในการป้อนข้อมูลของความรู้สึก เมื่อมีรสนิยมหรือสัมผัสอะไรบางอย่างเส้นประสาทโซมาติกจะควบคุมข้อมูลที่ถูกส่งไปยังสมองเพื่อทำการตีความ
ระบบประสาทอัตโนมัติควบคุมการเคลื่อนไหวของร่างกายโดยไม่สมัครใจเช่นอัตราการเต้นของหัวใจและเหงื่อ ภายในระบบนี้มีสองสาขาคือระบบประสาทกระซิกและระบบประสาทขี้สงสาร ระบบประสาทกระซิกช่วยควบคุมการทำงานของร่างกายเมื่อมีการพักรวมถึงน้ำลายไหลการย่อยอาหารและการเร้าอารมณ์ทางเพศ ระบบประสาทที่เห็นอกเห็นใจควบคุมการกระทำ "ต่อสู้หรือหนี" ซึ่งเป็นการกระทำที่ไม่สมัครใจที่เกิดขึ้นในช่วงเวลาที่มีความเครียดหรือเมื่อร่างกายไม่ได้พักผ่อน
มีอีกประเภทหนึ่งของระบบประสาทอัตโนมัติที่เรียกว่าระบบลำไส้ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของระบบประสาทกระซิก ระบบนี้ควบคุมทุกแง่มุมของการย่อยอาหารจากหลอดอาหารไปจนถึงลำไส้ใหญ่ มันเป็นส่วนหนึ่งของระบบประสาทอัตโนมัติเพราะมันเป็นหน้าที่ของการย่อยอาหารโดยไม่สมัครใจ
มีเซลล์ประสาทสองประเภทที่แตกต่างกันภายในระบบประสาทร่างกายและระบบประสาทอัตโนมัติที่ส่งสัญญาณไปยังและจากสมอง ขั้นแรกให้เซลล์ประสาทรับความรู้สึกส่งแรงกระตุ้นเส้นประสาทไปยังสมองและไขสันหลังและเซลล์ประสาทยนต์จะส่งแรงกระตุ้นเส้นประสาทออกไปจากสมองและไขสันหลัง เซลล์ประสาทรับความรู้สึกเรียกว่าเซลล์ประสาทอวัยวะและเซลล์ประสาทยนต์จะเรียกว่าเซลล์ประสาทออกมา
