สมองสัตว์เลื้อยคลานตามทฤษฎีคลาสสิกของวิทยาศาสตร์สมองมีโครงสร้างที่สอดคล้องกันในสมองของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมรวมถึงมนุษย์ ตามทฤษฎี“ สมองไตรภาคี” สมองของสัตว์เลื้อยคลานที่เกี่ยวข้องกับสัญชาตญาณและการอยู่รอดพัฒนาขึ้นเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์วิวัฒนาการ สัตว์เช่นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมพัฒนาโครงสร้างสมองที่ซับซ้อนมากขึ้นบนพื้นฐานของสมองสัตว์เลื้อยคลานทำให้เกิดความคิดอารมณ์และการรับรู้ตนเอง จากการศึกษาทางสมองแสดงให้เห็นว่าทฤษฎีสมองของ Triune นั้นมีความซับซ้อนที่สุด แม้กระนั้นมันก็ยังคงได้รับความนิยมจากสื่อและประชาชนทั่วไป
ในช่วงทศวรรษที่ 1960 นักวิจัยด้านประสาทวิทยาและแพทย์ Paul D. MacLean ได้ทำการวิจัยเกี่ยวกับโครงสร้างของสมองเปิดเผยว่าปมประสาทฐานซึ่งเป็นกลุ่มของโครงสร้างในฐานของสมองมนุษย์คล้ายกับสมองของกิ้งก่าและสัตว์เลื้อยคลานอื่น ๆ ควบคู่ไปกับความรู้ที่ว่าปมประสาทฐานมีส่วนเกี่ยวข้องอย่างมากในการทำงานของมอเตอร์ทำให้คลีนเชื่อว่าการพัฒนาสมองสอดคล้องกับการพัฒนาเชิงวิวัฒนาการ สัตว์เลื้อยคลานที่พัฒนาขึ้นครั้งแรกในประวัติศาสตร์วิวัฒนาการตามด้วยสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมและมนุษย์ดังนั้นเขาจึงให้เหตุผลว่าสมองสามารถแบ่งออกเป็นส่วน ๆ ตามความซับซ้อนของการพัฒนา
ในทฤษฎีของ MacLean ปมประสาทซึ่งเขาเรียกว่าสมองสัตว์เลื้อยคลานควบคุมสัญชาตญาณพื้นฐานเช่นความก้าวร้าวและอาณาเขตพฤติกรรมที่สามารถสังเกตได้ในสัตว์เลื้อยคลานเช่นเดียวกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมรวมทั้งมนุษย์ โครงสร้างสมองระดับกลางซึ่งเขาเรียกว่า“ ระบบลิมบิก” ควบคุมการทำงานที่สูงขึ้นซึ่งจำเป็นต่อการเลี้ยงดูเด็ก แต่ไม่จำเป็นในสัตว์เลื้อยคลานซึ่งโดยทั่วไปจะวางไข่แทนที่จะให้กำเนิดและเลี้ยงดูเด็กที่ยังมีชีวิตอยู่ นีโอคอร์เท็กซ์พบได้เฉพาะในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมชั้นสูงเท่านั้นที่อนุญาตให้มีการพัฒนาทางภาษาการใช้เหตุผลและความคิดที่ใส่ใจในมนุษย์
การค้นพบครั้งต่อไปในสมองและวิทยาศาสตร์สัตว์ได้แสดงให้เห็นว่าทฤษฎีสมองของทั้งสามคนนั้นไม่ใช่แบบจำลองที่แม่นยำ ยกตัวอย่างเช่นสัตว์เช่นนกมีความสามารถในการใช้เครื่องมือพื้นฐานและภาษาแม้ว่าพวกเขาจะไม่มี neocortex ฟังก์ชั่นสมองบางครั้งเชื่อว่าถูกควบคุมโดยสมองสัตว์เลื้อยคลานตั้งแต่นั้นมาพบว่าเกี่ยวข้องกับพื้นที่ต่างๆของสมอง การพัฒนาเชิงวิวัฒนาการนั้นไม่ได้ง่ายอย่างที่เคยคิดไว้การโต้แย้งรูปแบบการพัฒนาของ MacLean ต่อไป
สมองของ Triune และสมองของสัตว์เลื้อยคลานยังคงอยู่ในวัฒนธรรมสมัยนิยมและความเชื่อเกี่ยวกับการทำงานของสมอง นักฟิสิกส์ดาราศาสตร์ชื่อดัง“ The Dragons of Eden” นักดาราศาสตร์ยอดนิยมของคาร์ลเซแกนให้ทฤษฎีสมองทรีนีนในช่วงทศวรรษ 1970 ในนวนิยายกราฟฟิคที่ก้าวล้ำของเขา“ เอเลคตร้าแอสแซสซิน” ศิลปินการ์ตูนแฟรงก์มิลเลอร์ให้ตัวละครของเขาอีเลคตร้าสามารถใช้งานได้เฉพาะกับ“ สมองสัตว์เลื้อยคลาน” ของเธอเท่านั้น
