โครงสร้างของระบบปัสสาวะนั้นเหมือนกันทั้งในเพศชายและเพศหญิงถึงแม้ว่าส่วนประกอบบางอย่างจะแตกต่างกันเล็กน้อยระหว่างเพศ ระบบจะกรองของเสียที่เป็นของเหลวออกจากเลือดเพื่อนำไปปล่อยเป็นปัสสาวะ ปัสสาวะจากคนที่มีสุขภาพมักจะปลอดเชื้อ แม้ว่าจะมีผลิตภัณฑ์ของเสียออกจากร่างกาย แต่ก็ไม่มีสิ่งเป็นพิษหรือสิ่งแปลกปลอมใด ๆ เช่นแบคทีเรียไวรัสหรือเชื้อรา เนื่องจากปัสสาวะเป็นหมัน "เคล็ดลับการเอาชีวิตรอด" ที่ใคร ๆ ก็สามารถดื่มได้จริงสำหรับคนที่มีสุขภาพ แต่เนื่องจากมันมีของเสียจากเซลล์มันจึงไม่ดีต่อร่างกาย
การทำงานที่สำคัญของระบบปัสสาวะเกือบทั้งหมดทำโดยไต Nephrons ซึ่งเป็นโครงสร้างของห้างสรรพสินค้าในไตมีหน้าที่ในการกรองของเสียจากเลือด เหล่านี้มีเครือข่ายของหลอดเลือดที่มีพื้นที่ผิวขนาดใหญ่ดังนั้นของเสียและเกลือส่วนเกินสามารถผ่านออกจากเลือดเพื่อการกำจัด กำจัดเกลือส่วนเกินพร้อมกับขยะเซลล์ช่วยให้ตรวจสอบองค์ประกอบของเลือดอย่างแน่นหนา โครงสร้างของระบบทางปัสสาวะช่วยปรับกระบวนการนี้ให้เหมาะสมเพื่อให้การเปลี่ยนแปลงใด ๆ ที่ไม่เอื้ออำนวยสามารถแก้ไขได้อย่างรวดเร็ว
จากไตปัสสาวะไหลเข้าสู่ท่อไตซึ่งเป็นท่อบาง ๆ ที่ไหลลงสู่กระเพาะปัสสาวะ ท่อไตหนึ่งอันยื่นออกมาจากไตแต่ละข้างและไม่เคยข้ามหรือมีปฏิสัมพันธ์กัน กล้ามเนื้อในผนังของท่อไตผลักปัสสาวะลงไปที่กระเพาะปัสสาวะดังนั้นการเคลื่อนไหวสามารถดำเนินต่อไปได้แม้ในขณะนอนราบ กล้ามเนื้อกระชับและผ่อนคลายในกระบวนการคล้ายกับที่อาหารถูกผลักลงไปที่กระเพาะอาหารโดยปล่อยปัสสาวะจำนวนเล็กน้อยเข้าสู่กระเพาะปัสสาวะทุกสองสามวินาที หากการเคลื่อนไหวนี้หยุดชะงักโครงสร้างของระบบทางเดินปัสสาวะก็จะหยุดชะงักเช่นกันและอาจส่งผลให้เกิดการติดเชื้อในไตหรือนิ่วในไต
ปัสสาวะจะถูกเก็บไว้ในกระเพาะปัสสาวะจนกว่ามันจะต้องถูกปล่อยออกมาเพื่อหลีกทางให้มากขึ้น วงแหวนกล้ามเนื้อสองอันที่เรียกว่ากล้ามเนื้อหูรูดกระชับที่ช่องเปิดของกระเพาะปัสสาวะเพื่อปิดมันจนกว่าเนื้อหาจะถูกปล่อยออกทางท่อปัสสาวะ โครงสร้างของระบบทางเดินปัสสาวะถูกสร้างขึ้นเพื่อให้มีปัสสาวะมากที่สุดเท่าที่จะทำได้นานที่สุด เนื่องจากกระเพาะปัสสาวะสามารถยืดได้โครงสร้างของระบบทางเดินปัสสาวะจึงค่อนข้างยืดหยุ่น แต่มันถูกสร้างขึ้นเพื่อการจัดการขยะอย่างต่อเนื่องดังนั้นการป้องกันไม่ให้กระเพาะปัสสาวะไหลออกมาในที่สุดอาจทำให้เกิดปัญหากับการตรวจเลือด
