เรือดำน้ำเป็นยานพาหนะดำน้ำที่มีช่วงที่ดีกว่าเรือดำน้ำและถูกกำหนดว่าค่อนข้างอิสระและเป็นอิสระ เรือดำน้ำที่หยาบได้ถูกสร้างขึ้นมาหลายศตวรรษ แต่การออกแบบเรือดำน้ำนั้นไม่ได้เกิดขึ้นจนกระทั่งศตวรรษที่ 19 เรือดำน้ำรุ่นแรกสุดบางลำถูกนำมาใช้ในการทำสงคราม แต่โดยทั่วไปแล้วยังคงเป็นโหมดการใช้งานหลัก แต่ในช่วง 60 ปีที่ผ่านมามีการสร้างเรือดำน้ำวิจัยจำนวนมากเพื่อวัตถุประสงค์ทางวิทยาศาสตร์และโบราณคดี เรือดำน้ำถูกนำมาใช้เพื่อลงสู่ร่องลึกบาดาลมาเรียนาซึ่งเป็นจุดที่ลึกที่สุดในมหาสมุทรซึ่งอยู่ใต้พื้นผิวประมาณเจ็ดไมล์
เรือดำน้ำหลักสามประเภทคือเรือดำน้ำเพื่อความสุขเรือดำน้ำวิทยาศาสตร์และเรือดำน้ำทหาร เรือดำน้ำที่มีความสุขมักจะมีขนาดค่อนข้างเล็กและมีราคาแพงใช้โดยคนรวยเพื่อชื่นชมชีวิตใต้ทะเล สิ่งเหล่านี้ไม่ได้รับความนิยมเช่นเดียวกับการดำน้ำสนอร์เกิลหรืออุปกรณ์ดำน้ำที่มีฟังก์ชั่นเหมือนกันโดยมีค่าใช้จ่ายเพียงเล็กน้อย เรือดำน้ำวิทยาศาสตร์ใช้สำหรับตรวจสอบพื้นมหาสมุทรหรือทะเลสาบและนำตัวอย่างชีวภาพหรือสิ่งประดิษฐ์กลับมา เรือดำน้ำทหารใช้สำหรับสงครามกองทัพเรือ, รีคอน, และเก็บขีปนาวุธนิวเคลียร์, สร้างโหนดสำคัญของกลุ่มนิวเคลียร์พร้อมกับขีปนาวุธและเครื่องบินทิ้งระเบิดหนัก
หนึ่งในเรือดำน้ำวิทยาศาสตร์ที่มีชื่อเสียงที่สุดคือ DSV Alvin ซึ่งเป็นเรือดำน้ำวิจัยขนาด 16 ตันที่เป็นเรือวิจัยทางทะเลลึก เรือเกิดขึ้นได้จากการพัฒนาของ syntactic foam ซึ่งเป็นวัสดุคอมโพสิตที่ประกอบด้วย microspheres กลวงขนาดเล็กที่ฝังอยู่ในโครงสร้างขนาดใหญ่ ไมโครสเฟียร์จะลดความหนาแน่นในขณะที่ยังคงความแข็งแกร่ง DSV Alvin เป็นหนึ่งในยานไม่กี่แห่งที่สามารถเดินทางได้ไกลประมาณครึ่งไมล์ภายใต้พื้นผิวมหาสมุทร ยานอื่น ๆ ส่วนใหญ่รวมถึงเรือดำน้ำทหารจะถูกบดขยี้โดยสิ้นเชิงที่ความลึกไม่เกินครึ่งไมล์
เรือดำน้ำที่ใหญ่ที่สุดและมีราคาแพงที่สุดที่รู้จักกันดีนั้นถูกใช้โดยกองทัพของโลกโดยเฉพาะอย่างยิ่งในสหรัฐอเมริกาสหราชอาณาจักรและกองทัพรัสเซีย ตัวอย่างหนึ่งก็คือ เรือ ดำน้ำระดับ American Seawolf ซึ่งมีการกำจัด 8,000 ตันความยาว 353 ฟุต (107 เมตร) ความกว้าง 40 ฟุต (12 เมตร) ประกอบ 140 และเนื่องจากโรงไฟฟ้าพลังงานนิวเคลียร์ ช่วง จำกัด โดยเสบียงอาหารและสติของลูกเรือ เรือดำน้ำเหล่านี้สามารถไปได้ทุกที่บนโลกที่มหาสมุทรโลกทอดยาวรวมถึงน้ำที่อยู่ใต้น้ำแข็งลอยตัวของขั้วโลกเหนือ
