สิ่งมีชีวิตมักจะถูกจัดหมวดหมู่ตามระบบสามโดเมนที่ได้รับการแนะนำโดย Carl Woese ในปี 1990 มันเข้ามาแทนที่ระบบการจำแนกสิ่งมีชีวิตแบบห้าอาณาจักรที่มีอายุมากกว่า ในการจำแนก Woese สามโดเมนของชีวิตคือ: แบคทีเรีย Archaea และ Eucaryota
ภายใต้การพิจารณาก็คือการเพิ่มโดเมนที่สี่คือ Acytota ซึ่งหมายถึง "ไม่มีเซลล์" เพื่อเป็นตัวแทนของไวรัสและสิ่งมีชีวิตเทียมอื่น ๆ เช่นเซลล์ prion ยิ่งไปกว่านั้นการเก็งกำไรคือสิ่งมีชีวิตในโดเมนที่ห้าคือ Nanobiota ซึ่งอาจเป็นตัวแทนโครงสร้างเล็ก ๆ ที่เหมือนสิ่งมีชีวิตที่พบในแร่ธาตุบางชนิด เมื่อไม่นานมานี้ในปี 2545 นักวิทยาศาสตร์บางคนมองว่า Archaea และ Eucaryota เป็นส่วนหนึ่งของ Neomura
การแบ่งที่สำคัญที่สุดในชีวิตนั้นโดยทั่วไปถือว่าเป็นสิ่งมีชีวิตระหว่าง prokaryotic (เซลล์ที่มีนิวเคลียส) และสิ่งมีชีวิตยูคาริโอต (กับนิวเคลียส) ความแตกต่างที่มีนัยสำคัญน้อยกว่าเล็กน้อย แต่ก็ยังสำคัญมากคือความแตกต่างระหว่างสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวและหลายเซลล์และระหว่างพืชและสัตว์
หากในที่สุดไวรัสได้รับการยอมรับว่าเป็นรูปแบบของชีวิตที่ถูกต้องการแบ่งที่สำคัญที่สุดจะกลายเป็นรูปแบบชีวิตหรือไม่ก็ตาม ความเป็นไปได้ที่ไวรัสจะเข้าสู่อาณาจักรแห่งชีวิตนั้นเริ่มต้นด้วยการค้นพบ Mimivirus ซึ่งเป็นไวรัสดีเอ็นเอที่มีขนาดใหญ่มากที่มีการเข้ารหัสของยีนเพื่อสร้างนิวคลีโอไทด์และการสังเคราะห์กรดอะมิโน
อีกข้อแตกต่างที่สำคัญอีกประการหนึ่งคือระหว่างออกซิเจน (การหายใจด้วยออกซิเจน) กับสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช้ออกซิเจน (ไม่จำเป็นต้องใช้ออกซิเจน) ครั้งหนึ่งเมื่อบรรยากาศของโลกส่วนใหญ่เป็นคาร์บอนไดออกไซด์โลกถูกปกคลุมด้วยสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช้ออกซิเจน แต่สิ่งเหล่านี้จำนวนมากเสียชีวิตในช่วงหายนะออกซิเจนเป็นเวลานานในระหว่างที่สิ่งมีชีวิตแบบใช้ออกซิเจนเพิ่มขึ้น สิ่งมีชีวิต ตอนนี้สิ่งมีชีวิตแบบไม่ใช้ออกซิเจนมักพบในกองปุ๋ยหมัก
หากมีการค้นพบชีวิตบนดาวเคราะห์ดวงอื่นมันจะเป็นตัวแทนของการแบ่งพื้นฐานที่สำคัญยิ่งกว่าในชีวิต คำที่ใช้เรียกสิ่งมีชีวิตของโลกรวมกันคือ Gaeabiota บางครั้งบรรพบุรุษร่วมที่เก่าแก่ที่สุดของชีวิตบนโลกเรียกว่า LUCA ซึ่งย่อมาจาก "บรรพบุรุษร่วมสากลที่ผ่านมา" LUCA คิดว่ามีชีวิตอยู่ระหว่าง 3.6 ถึง 4.1 พันล้านปีก่อน


