กล้องจุลทรรศน์เปรียบเทียบประกอบด้วยกล้องจุลทรรศน์แยกสองตัวที่เชื่อมต่อกันและใช้สำหรับเปรียบเทียบวัตถุหรือตัวอย่างสองชิ้น ประเภทของอุปกรณ์ที่เรียกว่าสะพานแสงช่วยให้ผู้ใช้ดูตัวอย่างทั้งสองพร้อมกัน กล้องจุลทรรศน์ชนิดนี้มีความสำคัญในการบังคับใช้กฎหมาย - ในด้านการพิสูจน์หลักฐานทางนิติวิทยาศาสตร์และขีปนาวุธ อนุญาตให้กระสุนและชิ้นส่วนกระสุนรวมทั้งหลักฐานทางนิติวิทยาศาสตร์อื่น ๆ สามารถนำมาเปรียบเทียบกันได้ซึ่งสามารถนำมาใช้เพื่อพิสูจน์ความผิดหรือเพื่อปลดเปลื้องผู้ต้องสงสัยในอาชญากรรมบางประเภท
กล้องจุลทรรศน์เป็นหนึ่งในสิ่งประดิษฐ์ที่สำคัญที่สุดในประวัติศาสตร์ของมนุษยชาติ มันทำให้เกิดความก้าวหน้าของวิทยาศาสตร์จำนวนมากและปฏิวัติความคิดของเรามากมายเกี่ยวกับวิทยาศาสตร์กายภาพเกือบทุกชนิดและแม้แต่ทำให้เกิดการสร้างวิทยาศาสตร์ใหม่ขึ้นมา แนวคิดของการรวมสองกล้องจุลทรรศน์เพื่อให้การศึกษาสองตัวอย่างในครั้งเดียวเป็นเพียงส่วนขยายของเทคโนโลยีที่พัฒนาแล้วดีที่ใช้ในการสร้างกล้องจุลทรรศน์มาตรฐาน สะพานแสงของกล้องจุลทรรศน์เปรียบเทียบรุ่นก่อน ๆ นั้นไม่มีอะไรมากไปกว่ากระจกสองคู่หนึ่งอันสำหรับแต่ละกล้องจุลทรรศน์ที่นำภาพแต่ละภาพไปเป็นวิวเวอร์เดียวโดยสร้างภาพทั้งสองด้านในภาพเดียว
การประดิษฐ์กล้องจุลทรรศน์ชนิดใหม่นี้ส่งผลให้เกิดความก้าวหน้าของศาสตร์ทางวิทยาศาสตร์หลายประเภทโดยเฉพาะอย่างยิ่งขีปนาวุธและนิติวิทยาศาสตร์ ความสามารถในการตรวจสอบและเปรียบเทียบตัวอย่างสองแบบเคียงข้างกันทำให้สามารถตัดสินได้ว่ากระสุนสองนัดถูกยิงจากปืนหนึ่งกระบอกหรือจากปืนที่แตกต่างกัน โดยการใช้กระสุนทดสอบยิงเป็นตัวควบคุมมันทำให้มันเป็นไปได้ที่จะตรวจสอบว่ากระสุนถูกยิงจากปืนหนึ่งหรือไม่
การใช้งานอื่น ๆ อีกมากมายสำหรับกล้องจุลทรรศน์เปรียบเทียบในการพิสูจน์หลักฐานตามการประดิษฐ์ ตัวอย่างของวัสดุเกือบทุกชนิดสามารถนำมาเปรียบเทียบเพื่อสร้างหลักฐานการโอนหรือร่องรอย ตัวอย่างเส้นผมและลายนิ้วมือสามารถเปรียบเทียบได้ในวิธีนี้ ตัวอย่างลายมือและตัวอย่างทางชีวภาพเช่นแบคทีเรียและสาหร่ายสามารถเปรียบเทียบได้ สามารถเปรียบเทียบ Toolmarks เพื่อระบุเครื่องมือที่ใช้กับวัตถุหรือจับคู่เครื่องมืออ้างอิงกับเครื่องมือที่ใช้ในอาชญากรรม
เทคโนโลยีสมัยใหม่ทำให้การพัฒนากล้องจุลทรรศน์เปรียบเทียบขั้นพื้นฐานมากมาย คอมพิวเตอร์และไฟเบอร์ออปติกอนุญาตให้แสดงภาพบนจอภาพหรือจอฉายภาพและซ้อนทับทับอีกภาพหนึ่ง ตัวเลือกมากมายเช่นแสง, องศาการขยายและและความสามารถในการถ่ายภาพการเปรียบเทียบตัวอย่างอาจมีอยู่ในกล้องจุลทรรศน์เปรียบเทียบ
