กล้องจุลทรรศน์เรืองแสงเป็นกล้องจุลทรรศน์ที่ใช้ในการตรวจสอบชิ้นงานที่มีคุณสมบัติเรืองแสงหรือชิ้นงานที่เตรียมด้วยสารที่สร้างคุณสมบัติเรืองแสง ในกล้องจุลทรรศน์ชนิดนี้ชิ้นงานเองจะเป็นแหล่งกำเนิดแสง ข้อมูลจำนวนมากสามารถถูกรวบรวมได้ด้วยการใช้กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์และกล้องจุลทรรศน์เหล่านี้ยังสามารถใช้ในการสร้างภาพที่สวยงามซึ่งมีโครงสร้างที่มองเห็นได้อย่างชัดเจน
กล้องจุลทรรศน์เหล่านี้ใช้ประโยชน์จากคุณสมบัติของสารเคมีบางชนิด เมื่อตื่นเต้นกับแสงความยาวคลื่นที่เหมาะสมแสงอัลตราไวโอเลตแบบคลาสสิคสารเคมีเหล่านี้จะสว่างขึ้น หากการเรืองแสงสั้น ๆ จะเรียกว่าการเรืองแสงในขณะที่ระยะเวลาการเรืองแสงที่ยาวนานขึ้นหลังจากการกระตุ้นถูกเรียกว่าฟอสฟอเรสเซนต์ ในทั้งสองกรณีสีของแสงจะแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับสารเคมีที่เกี่ยวข้องเช่นเดียวกับความยาวที่แน่นอนของช่วงเวลาของการเรืองแสง
ในกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์แสงของความยาวคลื่นเฉพาะจะถูกส่งผ่านคอนเดนเซอร์กล้องจุลทรรศน์แบบพิเศษซึ่งมุ่งเน้นแสงไปยังลำแสงแคบ ๆ เมื่อแสงกระทบกับชิ้นงานสารประกอบเรืองแสงจะตื่นเต้นและเริ่มเปล่งแสง ด้วยการใช้กระจกดิจิโรอิคซึ่งกรองลำแสงที่ใช้กระตุ้นชิ้นงานนักวิจัยสามารถมองเห็นแสงเรืองแสงได้อย่างชัดเจนและจดบันทึกคุณสมบัติของมันหรือถ่ายภาพตัวอย่างบนเวทีกล้องจุลทรรศน์เพื่อการอ้างอิงในอนาคต
เนื่องจากแสงที่ใช้ในกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์มักจะเป็นอันตรายต่อดวงตาจึงมักจำเป็นต้องใช้ฟิลเตอร์โพลาไรซ์บนแผ่นตาเพื่อที่ดวงตาของผู้ใช้จะไม่ได้รับความเสียหายจากกล้องจุลทรรศน์ ฟิลเตอร์โพลาไรซ์ยังสามารถใช้สำหรับการแก้ไขสีหรือเพิ่มความคมชัดเพื่อให้แสงเรืองแสงชัดเจนยิ่งขึ้น เช่นเดียวกับกล้องจุลทรรศน์อื่น ๆ ความคมชัดของภาพสามารถปรับได้โดยการโฟกัสส่วนประกอบของกล้องจุลทรรศน์และระดับการขยายสามารถเพิ่มหรือลดได้ตามต้องการ
ในบางกรณีตัวอย่างอาจมีการเรืองแสงตามธรรมชาติเช่นในกรณีของแร่ธาตุบางชนิดซึ่งจะเรืองแสงหรือฟอสโฟรีซีภายใต้แสงที่มีความยาวคลื่นเฉพาะ ตัวอย่างสามารถติดแท็กด้วยโมเลกุลที่เรียกว่าฟลูออโรฟอร์ส โมเลกุลเหล่านี้สามารถกำหนดเป้าหมายโครงสร้างเฉพาะภายในชิ้นงานสร้างภาพเรืองแสงของโครงสร้างของโน้ตเมื่อชิ้นงานตื่นเต้นโดยแสงในกล้องจุลทรรศน์
กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนซ์สามารถซื้อได้ในราคาแพงโดยเฉพาะในกรณีของกล้องจุลทรรศน์คุณภาพสูง ตามกฎทั่วไปแล้วกล้องจุลทรรศน์ชนิดนี้มีให้เฉพาะในห้องปฏิบัติการที่มีอุปกรณ์ครบครันเท่านั้น
