การจำแนกประเภทของแบคทีเรียเป็นกระบวนการแยกประเภทของแบคทีเรียจากกันและจัดกลุ่มตามลักษณะที่ใช้ร่วมกัน การจำแนกประเภทนี้ทำภายใต้กรอบของระบบอนุกรมวิธานทางชีวภาพที่เป็นที่ยอมรับในระดับสากลหรือวิทยาศาสตร์ของการจำแนกสิ่งมีชีวิต จำนวนของสิ่งที่ถูกนำมาพิจารณาในระหว่างการจำแนกแบคทีเรียโดยเฉพาะอย่างยิ่งลำดับ RNA แต่รวมถึงรูปร่างชีวเคมีและลักษณะของเยื่อหุ้มเซลล์ภายนอกและอื่น ๆ
ในขณะที่มีมุมมองที่แตกต่างกันเกี่ยวกับวิธีการจำแนกสิ่งมีชีวิตระบบปัจจุบันแลกเปลี่ยนแบ่งชีวิตทั้งหมดออกเป็นสามโดเมน แบคทีเรียเป็นหนึ่งในโดเมนเหล่านี้ พวกมันแสดงให้เห็นถึงความหลากหลายในระดับสูงและโดยจำนวนนั้นเป็นเผ่าพันธุ์ที่รู้จักกันดีส่วนใหญ่และโดยมวลนั้นมีจำนวนมากกว่าสิ่งมีชีวิตหลายเซลล์บนโลก การจำแนกแบคทีเรียอาจทำได้ยากเนื่องจากปัจจัยหลายประการโดยเฉพาะอย่างยิ่งการไม่มีโครงสร้างที่ซับซ้อนที่พบในสิ่งมีชีวิตที่สูงขึ้นรวมถึงแนวโน้มของแบคทีเรียในการถ่ายโอนส่วนของ DNA
นักแบคทีเรียวิทยาใช้เทคนิคหลายอย่างในการจำแนกแบคทีเรีย รูปร่างเป็นวิธีที่ง่ายที่สุดในการแยกแยะแบคทีเรียและสิ่งมีชีวิตเหล่านี้สามารถแสดงรูปร่างที่หลากหลายรวมถึงแท่งเกลียวและทรงกลมรวมถึงสิ่งอื่น ๆ รูปร่างไม่จำเป็นต้องมีลักษณะพิเศษ แต่และแบคทีเรียที่จัดกลุ่มในการจำแนกประเภทที่แตกต่างกันอย่างกว้างขวางสามารถมีรูปร่างที่คล้ายกัน
คุณสมบัติทางสัณฐานวิทยาอื่น ๆ เช่นขนาดสามารถแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญจากสายพันธุ์ไปยังสายพันธุ์และการจัดกลุ่มทั่วไปยังสามารถช่วยในการจัดหมวดหมู่ หลายชนิดมีแนวโน้มที่จะสร้างกลุ่มของแต่ละเซลล์ซึ่งสามารถแตกต่างกันไปในจำนวน การมีอยู่ของสิ่งปลูกสร้างภายนอกเช่นสิ่งก่อสร้างที่มีลักษณะคล้ายหนวดเล็ก ๆ ที่เรียกว่า flagella สามารถช่วยแยกแยะสายพันธุ์แบคทีเรียได้
เครื่องมือสำคัญอีกอย่างหนึ่งในการจำแนกแบคทีเรียคือการทดสอบที่เรียกว่าการทดสอบรอยเปื้อนแกรมซึ่งตั้งชื่อตามนักจุลชีววิทยาในศตวรรษที่ 19 การทดสอบนี้ทำการหาปริมาณแบคทีเรียตามความหนาของเยื่อหุ้มภายนอก แบคทีเรียแกรมลบมีเยื่อบาง ๆ และแบคทีเรียบวกกรัมมีเยื่อหุ้มหนา
ปัจจัยต่างๆเช่นเมแทบอลิซึมและความแตกต่างทางชีวเคมีอื่น ๆ เป็นเครื่องมือสำหรับการจำแนกแบคทีเรียอีกชนิดหนึ่ง แบคทีเรียจะเผาผลาญสารต่าง ๆ ที่หลากหลายและสารประกอบหรือสารประกอบเฉพาะที่ใช้หรือดัดแปลงโดยแบคทีเรียที่เฉพาะเจาะจงสามารถช่วยในการจำแนกและจำแนก การวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวเคมีอื่น ๆ สามารถช่วยกระบวนการนี้ได้
ความก้าวหน้าในเทคนิคการวิเคราะห์ระดับโมเลกุลทำให้นักแบคทีเรียวิทยาสามารถจำแนกแบคทีเรียตามความแตกต่างของ RNA รวมถึงลำดับยีนที่เฉพาะเจาะจง การวิเคราะห์เพิ่มเติมของจำนวนทั้งหมดของ RNA และโปรตีน DNA และอัตราส่วนที่พวกมันมีอยู่นั้นเป็นอีกวิธีหนึ่งสำหรับการจำแนกประเภท การใช้เทคนิคเหล่านี้และคุณสมบัติที่สังเกตได้บางส่วนหรือทั้งหมดนักแบคทีเรียวิทยาสามารถจำแนกแบคทีเรียตามชนิดและรวมกลุ่มชนิดเดียวกันเข้าด้วยกัน
