ชุดจีโนมคืออะไร?

as Assembly จีโนมหมายถึงกระบวนการของการเรียงลำดับทางพันธุกรรมชิ้นเล็ก ๆ จำนวนมากและรวมเข้าด้วยกันเข้าด้วยกันในทั้งหมดที่สอดคล้องกันซึ่งแสดงถึงสิ่งมีชีวิตทั้งหมดจีโนมนี่เป็นจุดสนใจที่สำคัญของสาขาชีวสารสนเทศศาสตร์และโครงการจีโนมที่หลากหลายมีอยู่เพื่อจุดประสงค์นี้การประกอบจีโนมถูกนำมาใช้เพื่อเริ่มวิเคราะห์จีโนมของหลายสปีชีส์รวมถึงมนุษย์พืชสัตว์และแบคทีเรีย

การวิเคราะห์ยีนสิ่งมีชีวิตเป็นกระบวนการที่ยาวนานและการประกอบจีโนมเป็นหนึ่งในขั้นตอนแรกวิธีการวิเคราะห์อื่น ๆ อีกมากมายถูกสร้างขึ้นบนแอสเซมบลีที่ประสบความสำเร็จและการระบุยีนไม่สามารถก้าวหน้าได้หากปราศจากมันแม้กระทั่งก่อนที่ยีนจะพบว่าการประกอบจีโนมที่ประสบความสำเร็จยังสามารถสร้างข้อมูลที่เป็นประโยชน์มากมายสำหรับการวิเคราะห์ในภายหลังรวมถึงขนาดของจีโนมโครงสร้างและองค์ประกอบทั่วไปของมัน

กระบวนการของการประกอบจีโนมก็เหมือนกับการใส่จิ๊กซอว์โดยไม่ต้องมีรูปภาพหรือรูปร่างที่เป็นประโยชน์เป็นแนวทางเมื่อเผชิญหน้ากับชิ้นส่วนจีโนมชิ้นแรกที่เรียกว่า Raw Reads ไม่มีข้อบ่งชี้ใด ๆ ที่ชิ้นส่วนใดชิ้นหนึ่งไปหรือแม้แต่วิธีการของมันทุกชิ้นมีรหัสคล้ายกับฐานดีเอ็นเอสี่ตัวตัวย่อ A, C, G และ T จีโนมสามารถอัดแน่นเป็นโครโมโซมขนาดใหญ่หนึ่งตัวหรือแยกออกเป็นจำนวนมากนอกจากนี้ยังไม่มีการรับประกันว่าการอ่านแบบดิบบางส่วนไม่ซ้ำกันในพื้นที่จีโนมเดียวกันซึ่งหมายความว่ามีข้อมูลที่ไม่ซ้ำกันน้อยกว่าที่ปรากฏในภาพรวมครั้งแรก

ความรู้ทั่วไปเกี่ยวกับโครงสร้างจีโนมนั้นมีค่าเมื่อเริ่มกระบวนการประกอบถึงแม้ว่าจีโนมระหว่างสปีชีส์จะแตกต่างกันอย่างชัดเจน แต่ก็มีกฎบางอย่างที่จีโนมเฉพาะตามมาและสิ่งเหล่านี้สามารถนำไปใช้เมื่อใส่จีโนมอื่นประเภทเดียวกันนั้นเข้าด้วยกันตัวอย่างเช่นหากสิ่งมีชีวิตบางชนิดมักจะมีรูปแบบเฉพาะใกล้ ๆ ที่พบยีนเราสามารถสันนิษฐานได้อย่างสมเหตุสมผลเมื่อประกอบสิ่งมีชีวิตอื่นคล้ายกับมันการค้นหารูปแบบดังกล่าวจะส่งสัญญาณยีนใกล้เคียงในระดับที่ใหญ่กว่าจีโนมแบคทีเรียจำนวนมากมีโครโมโซมแบบวงกลมหนึ่งตัวดังนั้นจึงมีเหตุผลที่จะคาดการณ์ว่าการอ่านดิบทั้งหมดของแบคทีเรียใหม่จะเข้ากันได้กับโครโมโซมเดียวการใช้ความรู้ทางพันธุกรรมทั่วไปด้วยวิธีนี้สามารถช่วยให้นักวิจัยเริ่มเข้าใจข้อมูลชิ้นส่วนหลายแสนชิ้น

มีวิธีอื่น ๆ อีกมากมายที่สามารถใช้ในการประกอบจีโนมรวมถึงการทำนายการคำนวณและการเปรียบเทียบด้วยตนเองไม่ว่าจะเป็นวิธีการใดการประกอบจีโนมเป็นงานขนาดใหญ่ซึ่งมักใช้เวลานานและยากเนื่องจากเป็นพื้นฐานสำหรับการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมในอนาคตมากมายเกี่ยวกับสิ่งมีชีวิตจึงมีห้องเล็ก ๆ สำหรับข้อผิดพลาด