จุลชีววิทยาในช่องปากคือการศึกษาแบคทีเรียเชื้อราและไวรัสที่ทำให้เกิดปาก พืชมนุษย์ขนาดเล็กเหล่านี้มักอาศัยอยู่รวมกันอย่างหนาแน่นในมวลวุ้นที่รู้จักกันในชื่อแผ่นชีวะ แม้ว่าแบคทีเรียสายพันธุ์เฉพาะจะมีความรับผิดชอบในด้านพยาธิวิทยาในช่องปาก แต่ก่อให้เกิดโรคเหงือกและฟันผุ แต่จุลชีววิทยาในช่องปากก็มีความซับซ้อน การกระทำและผลกระทบของจุลินทรีย์หนึ่งสามารถมีอิทธิพลต่อสิ่งอื่นและอาณานิคมทั้งหมดจะสร้างระบบนิเวศขนาดเล็กของตัวเองภายในช่องปาก นักวิทยาศาสตร์ยังคงเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับความสำคัญของจุลินทรีย์ชนิดต่าง ๆ ที่พบในปากที่มีสุขภาพดีและไม่แข็งแรง
การศึกษาจุลชีววิทยาในช่องปากนั้นทำได้ยากขึ้นเนื่องจากจุลินทรีย์จำนวนมากที่ตั้งอาณานิคมในปากจะไม่เติบโตในสภาพห้องปฏิบัติการ ในช่วงไม่กี่ครั้งที่ผ่านมาความก้าวหน้าในการระบุเชื้อแบคทีเรียทำให้เชื้อจุลินทรีย์สามารถรวบรวมและจำแนกได้จาก DNA ของพวกเขา เทคนิคนี้ถูกใช้ในโครงการ microbiome ของมนุษย์ซึ่งมีจุดมุ่งหมายเพื่อทำแผนที่แบคทีเรียทั้งหมดตามปกติในร่างกาย มีการพิสูจน์แล้วว่าจำนวนจุลินทรีย์ต่าง ๆ ในปากมีปริมาณมากกว่า 700
ปฏิกิริยาระหว่างจุลินทรีย์ต่าง ๆ อาจหมายถึงจุลินทรีย์บางตัวผลิตปัจจัยที่ยับยั้งหรือส่งเสริมการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์อื่น แบคทีเรียที่รู้จักกันในชื่อ S. mutans ซึ่งเป็นที่รู้จักกันในการผลิตกรดที่ทำให้ฟันผุอาจเป็นอันตรายน้อยต่อสุขภาพหากอยู่ใกล้แบคทีเรียที่แตกต่างซึ่งผลิตสารอัลคาไลน์ แบคทีเรียเหล่านั้นที่มีแนวโน้มที่จะเป็นอาณานิคมต้นของปากมีความสามารถพิเศษที่ช่วยให้พวกเขาสามารถยึดติดกับฟันและเหงือกในขณะที่ผู้มาถึงในภายหลังต้องพึ่งพาตัวเองกับผู้ตั้งถิ่นฐานยุคแรก
ขณะที่นักวิจัยยังคงเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับจุลชีววิทยาในช่องปากดูเหมือนว่าการกำจัดคราบจุลินทรีย์ซึ่งเป็นสารที่มีจุลินทรีย์อาจไม่ใช่คำตอบที่ดีที่สุดสำหรับโรคเหงือกและฟัน การกำจัดจุลินทรีย์ทั้งหมดออกจากพื้นที่ซึ่งอาจถูกอาณานิคมโดยจุลินทรีย์ที่เป็นอันตรายมากขึ้น สิ่งนี้สามารถแทนที่แบคทีเรียผสมที่สมดุลซึ่งอาจไม่เป็นภัยคุกคามต่อสุขภาพเนื่องจากผลกระทบที่อาจเป็นอันตรายของจุลินทรีย์บางชนิดถูกทำให้เป็นกลางหรือถูกยับยั้งโดยผู้อื่นที่อยู่รอบตัวพวกเขา
นักวิจัยทางจุลชีววิทยาในช่องปากบางคนแนะนำว่าแบคทีเรียที่เป็นประโยชน์สามารถนำมาใช้เพื่อปรับสมดุลของจุลินทรีย์ในปาก หากแบคทีเรียที่มีชีวิตสามารถถูกนำเข้าไปในช่องปากซึ่งจะยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ที่ผลิตกรดและแทนที่พวกเขาโดยไม่เป็นอันตรายซึ่งจะช่วยลดการเสื่อมของฟัน วิธีการกำจัดแบคทีเรียที่เป็นอันตรายอีกวิธีหนึ่งก็คือการโจมตีพวกมันด้วยสารต่อต้านจุลินทรีย์ สิ่งเหล่านี้จะยึดติดกับโมเลกุลที่ผูกกับสายพันธุ์ที่เป็นอันตรายเท่านั้น
