ความแตกต่างระหว่างนาโนเทคโนโลยีและนาโนเทคโนโลยีระดับโมเลกุล (MNT) คือปัจจุบันใช้เพื่ออ้างถึงวิทยาศาสตร์ใด ๆ ที่เกี่ยวข้องกับอนุภาคระดับนาโนที่ 1 ถึง 100 นาโนเมตรในขณะที่ส่วนหลังอ้างถึงทฤษฎีของเครื่องนาโนระดับความสามารถในการสร้างผลิตภัณฑ์จากอะตอม ขึ้นหรือที่เรียกว่าการผลิตโมเลกุล (MM)
นาโนเมตรซึ่งมีความยาวหนึ่งล้านมิลลิเมตรหรือหนึ่งพันล้านเมตรนั้นเป็นความยาวขนาดเล็กอย่างไม่น่าเชื่อเพียงประมาณห้าถึงเจ็ดอะตอม คำว่า "นาโนเทคโนโลยี" ทั่วไปเกี่ยวกับโครงสร้างที่วัดเป็นนาโนเมตร แบคทีเรียโดยเปรียบเทียบนั้นมีขนาดใหญ่กว่ามาก อย่างไรก็ตาม Fullerenes หรือ carbon nanotubes ถูกค้นพบโดย Richard Smalley จากมหาวิทยาลัยไรซ์ภายใต้ขอบเขตของนาโนเทคโนโลยี
คำว่า "นาโนเทคโนโลยี" ไม่ได้ถูกใช้อย่างกว้างขวางเสมอไป มันถูกประกาศเกียรติคุณโดย K. Eric Drexler ในหนังสือ 1986 ของเขา Engines of Creation เพื่ออ้างถึงทฤษฎีของเขาสำหรับการผลิตโมเลกุลการติดตามความคิดเชิงจินตนาการที่นำเสนอเมื่อ 27 ปีก่อนโดย Richard Feynman นักฟิสิกส์ที่มีชื่อเสียง เมื่อความเป็นไปได้ของนาโนเทคโนโลยีโมเลกุลเพิ่มขึ้นและสร้างความตื่นเต้นในชุมชนวิทยาศาสตร์ (สถานการณ์ที่มักจะนำไปสู่ทุนที่เป็นไปได้และการระดมทุนในรูปแบบอื่น ๆ ) นักวิจัยหลายคนเริ่มใช้คำศัพท์สำหรับความพยายามของตนเองในระดับนาโน
การรวมความสับสนที่เป็นไปได้ในภาครัฐมีประโยชน์ที่อาจเกิดขึ้นและอันตรายที่อาจเกิดขึ้นที่เกี่ยวข้องกับทั้งนาโนเทคโนโลยีและการผลิตโมเลกุลแม้ว่าจะแตกต่างกัน ดังนั้นในที่สุดเดร็กซ์เลอร์จึงเลือกที่จะมีคุณสมบัติทางวิทยาศาสตร์ของเขาต่อไปเพื่อแยกมันออกจากกัน
ความแตกต่างระหว่างสองสาขาก็คือนาโนเทคโนโลยีนั้นเป็นที่ยอมรับในด้านวิทยาศาสตร์เนื่องจากอนุภาคนาโนกำลังทำการตลาดในผลิตภัณฑ์แล้ว แม้ว่านักวิจารณ์บางคนอ้างว่าการวิจัยเกี่ยวกับอันตรายที่เป็นไปได้ของอนุภาคนาโนไม่ได้ทันกับการตลาด
โมเลกุลนาโนเทคโนโลยี (MNT / MM) ตรงกันข้ามยังคงเป็นทฤษฎี เมื่อตระหนักแล้วจะพร้อมที่จะนำการปฏิวัติทางเทคโนโลยีใหม่มาพร้อมกับมัน Nanomedicine สาขาพิเศษของ MNT สามารถยืดอายุขัยของมนุษย์ด้วยการกำจัดโรค MNT ยังมีอันตรายที่อาจเกิดขึ้นและกำลังศึกษาข้อดีและข้อเสียอย่างกว้างขวาง
