ซอฟต์แวร์การรู้จำเสียงมีความก้าวหน้าอย่างมากตั้งแต่ครั้งแรกที่คิดค้น แต่ก็ยังมีปัญหาใหญ่หลายประการที่ทำให้ไม่สามารถใช้วิธีการถอดความได้โดยเฉพาะ ปัญหาการรู้จำเสียงบางอย่างที่ยากต่อการแก้ไขรวมถึงความผันแปรในการออกเสียงคำเน้นเสียงส่วนบุคคลคำพ้องเสียงและเสียงรบกวนรอบข้างที่ไม่ต้องการ ปัญหาการรู้จำเสียงอีกชุดหนึ่งนั้นเกี่ยวข้องกับประเภทของฮาร์ดแวร์ที่ใช้ป้อนเสียงจริงเพราะผลลัพธ์อาจมีผลกระทบอย่างมากต่อวิธีที่ซอฟต์แวร์แปลความหมายเสียงพูด นอกจากนี้ยังมีปัญหาในการไม่รู้บริบทของคำที่พูดซึ่งอาจนำไปสู่ข้อความที่ไม่มีเครื่องหมายวรรคตอนหรือการสะกดที่ไม่ถูกต้อง
หนึ่งในปัญหาการรู้จำเสียงพื้นฐานที่สุดคือคุณภาพของอุปกรณ์อินพุตที่ใช้ หากไมโครโฟนไม่ไวพอ - หรือไวเกินไป - ไมโครโฟนสามารถสร้างข้อมูลเสียงที่ยากต่อการถอดรหัส นี่เป็นเรื่องจริงโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อไมโครโฟนไวต่อการพูดจนบิดเบี้ยวทำให้ซอฟท์แวร์จดจำเสียงไร้ประโยชน์เกือบ ปัญหาที่คล้ายกันเกิดจากเสียงรบกวนรอบข้างที่อาจเป็นปัญหาในการแยกออกจากคำพูดหลักและอาจทำให้เกิดการแปลที่ไม่ถูกต้องเมื่อรวมอยู่ในการประมวลผลเสียง
ความแตกต่างในการออกเสียงสำเนียงและจังหวะการพูดรวมกันเป็นหนึ่งในปัญหาการรู้จำเสียงที่แพร่หลายมากขึ้น เมื่อคำเดียวสามารถออกเสียงได้หลายวิธีซอฟต์แวร์จะสับสนและตีความผิดในสิ่งที่พูด สิ่งเดียวกันสามารถเกิดขึ้นได้เมื่อบุคคลนั้นพูดช้าหรือเร็วกว่าที่โปรแกรมคาดไว้ มีวิธีแก้ปัญหาบางส่วนเช่นการฝึกอบรมซอฟต์แวร์ในรูปแบบเสียงพูดของผู้ใช้รายเดียวและใช้อัลกอริทึมการแปรปรวนเวลาแบบไดนามิกเพื่อจับคู่คำพูดกับฐานข้อมูลตัวอย่าง แต่ไม่สามารถแก้ปัญหาทั้งหมดได้
ปัญหาการรู้จำเสียงที่ซับซ้อนที่สุดคือการระบุบริบทของคำที่พูด ซอฟต์แวร์คอมพิวเตอร์ไม่สามารถระบุความหมายที่ต้องการได้ของชุดคำซึ่งนำไปสู่ปัญหาจำนวนมากที่มีข้อความที่ถอดความ คำที่มีเสียงคล้ายกันเช่น "ของพวกเขา" และ "ที่นั่น" สามารถสะกดได้อย่างถูกต้องเฉพาะเมื่อรู้บริบทของการใช้งาน ด้วยเหตุผลเดียวกันนี้เครื่องหมายวรรคตอนที่แม่นยำแทบเป็นไปไม่ได้ที่ซอฟต์แวร์จะวางบนพื้นฐานของการรู้ลำดับของคำศัพท์เพียงอย่างเดียว มีซอฟต์แวร์การถอดความการทำงานที่ใช้ในด้านต่าง ๆ เช่นยา แต่ผลที่ได้มักเป็นบล็อกของคำที่ไม่มีการแยกประเภทใด ๆ ซึ่งหมายความว่ามันยังคงใช้ transcriptionist มนุษย์เพื่อแก้ไขเอกสารและสร้างสำเนาสุดท้ายที่อ่านได้
