İkincil bir karaciğer kanseri prognozu, birkaç faktöre bağlıdır. Bir hastanın teşhis edildiği primer kanser türü, karaciğerdeki sekonder kanserin tedaviye cevap verme şeklini büyük ölçüde etkiler. Birincil kanser belli bir tedaviye iyi cevap verirse, aynı tedavinin karaciğerdeki kanser hücrelerine karşı etkili olması ihtimali yüksektir. Karaciğerdeki tümörün boyutu ve etkilediği bölge ayrıca hastanın sekonder karaciğer kanseri prognozunu etkiler. Kanser vücudun diğer bölgelerine yayılmışsa, bunun hastanın kanser yapma şansını da etkileyecektir.
Doktorlar, hastanın ikincil karaciğer kanseri prognozunu belirlerken göz önüne aldıkları ilk şey, primer kanserin ortaya çıktığı yerdir. İkincil karaciğer kanseri vakalarının yaklaşık yüzde 50'sinde, kanser kolorektal kanser olarak başlamıştır. Böbrek, akciğer, göğüs veya mide kanseri ayrıca ikincil karaciğer kanserine de neden olabilir. Sekonder kanser için tedavi sıklıkla hastanın birincil kanserine karşı en başarılı olduğu gösterilen yöntemleri kullanacaktır, çünkü karaciğerdeki tümör genellikle tedaviye benzer bir şekilde cevap verecektir.
İkincil karaciğer kanseri prognozunu etkileyen diğer bir faktör, karaciğer kanserinin ne kadar agresif ve şiddetli olduğudur. Tümörler küçükse, kanserin çoğunun ameliyatla çıkarılması mümkün olabilir; bu da bir kişinin kansere hayatta kalma şansını etkileyebilir. Aynı şekilde, yavaş büyüyen kanser, doktorlara hastalığı tedavi etmek için daha fazla zaman verir. Kanser, organ için gerekli olan bir karaciğer parçasıysa veya karaciğere yayılmışsa, prognoz o kadar iyi olmaz.
Kanserin karaciğer dışına yayılıp yayılmadığı, hastanın sekonder karaciğer kanseri prognozunu da etkileyecektir. Kanser birincil sistem ve karaciğer ile sınırlıysa, yine de etkili bir şekilde kontrol edilebilmesi mümkündür. Öte yandan, diğer organlara yayılmış olan kanser tedavinin hasarlı sistemlere hedeflenmesini zorlaştırabilir. Genel olarak, kanserli hücrelerden etkilenen sistemler ne kadar çok olursa, tedavisi o kadar zor olur. Diğer sistemlere yayılmış sekonder karaciğer kanseri ile mücadele için daha agresif tedaviler gerekebilir.


