İnsan sindirim sistemi ağızda başlar ve anusa uzanır. Gut florası, sindirim kanalında bulunan mikroorganizmaları belirtir. Bu mikroorganizmalar genellikle zararsızdır. Bunların dağılımı, bağırsağın yeri boyunca ve bireyler arasında değişir. Bağırsakların koruyucu, yapısal ve metabolik işlemlerinde önemli bir rol oynarlar.
Bakteriler bağırsakta baskın olan mikroorganizmalardır. Distal ince bağırsağın hem jejunum hem ileumu ile hem kalın bağırsağı domine ederler. Asidik, pankreas ve safra salgıları, mideleri ve proksimal ince bağırsakların duodenumlarını kolonize etmelerini önler. Aerobik laktobasil ve enterokoklar gibi aerobik bakteriler jejunumda baskın bağırsak florasıdır ve ileum ve kalın bağırsak, bifidobakteriler, Escherichia coli ve anaerobik laktobasiller gibi anaerobik bakteriler tarafından domine edilir. Yetişkin bir bağırsakta yaş, diyet, yaşam tarzı ve çevrede değişiklikler olduğunda bakteri popülasyonunda bazı değişiklikler olabilir.
Normal koşullar altında, insan konakçı ve bağırsak florası, her ikisinin de birbirlerine yararlı olduğu, simbiyotik bir ilişkiye sahiptir. İnsan sahibi, bağırsak florası için yiyecek ve kararlı bir ortam sağlar. Bu arada, bağırsak florası, bağırsaktaki zararlı bakterilerin kolonileşmesini önleyerek, bağırsak iltihabını önleyerek, bağışıklık sisteminin gelişimine katkıda bulunan, gıda ve su emilimini artırarak ve K ve B 12 vitaminlerini sentezleyerek insan konakçı için faydalar sağlar.
Zararlı bakterilerin büyümesi bariyer etkisiyle önlenir, bu da bağırsak florasının bağırsak zarına yapışmasının zararlı bakterilerin istila ile rekabet ettiği ve inhibe olduğu anlamına gelir. Bağırsak iltihabının önlenmesindeki ve bağışıklık sisteminin gelişmesine katkıda bulunmasındaki rolü, bağırsak florasının, bağırsaktaki lenfoid dokuları zararlı bakterilere karşı antikorlar üretmesi için uyarma kabiliyetine bağlanmaktadır. Lenfoid dokuların büyümesine bakteri tarafından karbonhidrat fermantasyonunun ürünü olan kısa zincirli yağ asitlerinin etkisinden de kaynaklanabilir. Ek olarak, kısa zincirli yağ asitleri bağırsak astarının hasar görmesini önlemeye yardımcı olan bağırsakta bulunan hücrelerin çoğalmasını ve farklılaşmasını kontrol eder.
Karbonhidrat fermantasyonunun yanı sıra, bağırsak florası tarafından üretilen enzimler de karbonhidratların emilimini arttırır. Bu enzimler karbonhidratları insanlar için faydalı bir enerji ve besin formunda sindirir. Ek olarak, su ve insan vücudunun metabolik fonksiyonlarında da gerekli olan demir, kalsiyum ve magnezyum gibi diyet minerallerinin emilimi de arttırılmıştır.
