Böbrek, bir iç renal medulla ve sert bir böbrek kapsülü içine alınmış bir dış renal korteks oluşur. Renal medulla, Henle'nin kanallarını ve halkalarını toplayan yapılar olarak bilinmesine rağmen, renal korteks, renal korpüsküler ve kıvrılmış tübüller içerir. Renal korpüsküler içerisinde, idrar oluşum sürecinin ilk bölümünde kan süzülür. Kıvrılmış tübül daha sonra medulladaki Henle halkasına geçmeden önce filtrelenmiş kandaki faydalı mineralleri ve besinleri yeniden emer.
Böbreğin içinde nefron adı verilen milyonlarca birim var. Her nefron, renal kortekse yerleştirilmiş, bazıları medullaya daldırılan bir dizi tübül ile birlikte bir korpuscle içerir. Renal bir corpuscle, Bowman'ın kapsülü olarak bilinen bir yapı içinde, küçük bir kan damarı düğümü olan glomerül denilen şeyden oluşur. Kan, kan damarlarının küçük deliklerle dolu olduğu glomerulus içerisine akar. Bunlar, kan hücrelerinin kaçmasına izin vermek için çok küçüktür, ancak su, mineraller, besinler ve diğer küçük moleküller, Bowman'ın alanı olarak bilinen şeye geçebilir.
Glomerulus kan damarları ve Bowman'ın alanı arasında, hücrelerin ve proteinlerin glomerulustan çıkmasını önlemeye yardımcı olan bir süzme membranı vardır. Renal korteks içinde meydana gelen işlem bazen ultrafiltrasyon olarak adlandırılır ve Bowman'ın uzayındaki su ve moleküller filtrat olarak bilinir. Filtrat, proksimal konvolüyon tübülün içine drenajı içeren idrar oluşumunun bir sonraki aşaması için renal korteksin içinde kalır.
Yakınsak kıvrılmış tübül içerisinde daha faydalı maddeler süzüntüden emilir ve kana geri döndürülür. Tübülü kaplayan hücreler, aktif olarak filtrattan molekülleri pompalayabilmeleri için özel olarak değiştirilir ve suyun bir kısmı takip eder. Daha sonra, idrar oluşum süreci böbrek korteksinden uzaklaşarak medulla içine hareket eder; burada suyun Henle halkası içindeki süzüntüden geri kazanılması sağlanır. Bu, bir kez daha kortekse yerleştirilen ve başka moleküllerin absorbe edildiği distal kıvrımlı tübüle yol açar.
Son olarak, distal kıvrımlı borudan gelen idrar toplama kanalına boşalır. Medullada geniş toplama kanalları bulunurken, renal kortekste küçük olanlar yer alabilir. Kanallar, üretere bağlanan böbrek pelvis adı verilen bir alana, idrarı böbreklerden ve mesaneye taşıyan boruya boşalır.
