Mikrofauna, sadece mikroskop altında görünen küçük hayvanlar ve tek hücreli organizmalardır. Genellikle, boyutları değişebilse de, bunlar 0.1 mm'den (100 mikron) daha küçük, mezofauna ile birlikte 0.1 mm ila 2 mm arası organizmalar olarak tanımlanırlar.
Toprakta, mikrofauna çok sayıda bulunur - genellikle gram başına birkaç bin. Herkes bir miktar ıslak toprak alabilir, mikroskop altına sokabilir ve bu organizmaları bulabilir. En yaygın ve önemli örneklerden bazıları protozoa (tek hücreli ökaryotlar), akarlar (bütün hayvanların en çeşitli ve en başarılıları arasında), bahar kuyrukları (böceklerle ilgili), nematodlar (şeffaf kurtçuk yaratıkları), rotiferler (tekerlek benzeri olarak adlandırılmışlardır). siliated ağız parçaları) ve aynı zamanda doğadaki en sert organizmalardan biri olan "su ayıları" olarak da bilinen tardigrades. Mikrofauna, ıslak toprak olan her yerde ve ayrıca başka yerlerde de bulunabilir. Springtails, Antarktika'daki McMurdo Kuru Vadileri'nde, dünyanın en soğuk ve en kurak yerlerinden biri olarak bulundu.
Mikrofauna, hemen hemen herhangi bir organik maddeyi ve TNT ve sentetik kauçuk gibi bazı inorganik maddeleri sindirebilen yosun, bakteri, mantar ve maya içeren mikrofloranın eşlik eder.
Toprakta bulunan daha büyük hayvanlara, solucanlar, eklembacaklılar ve büyük nematodlar gibi mesofauna ve mol ve tavşanlar gibi yutan memelileri içeren makrofauna da denir. Mikrofauna, küçük boyutları ve büyük çeşitlilikleri nedeniyle toprak ömrünün en az anlaşılanıdır. Birçoğu bilim tarafından tarif edilmeyen "cryptozoa" hayvanlarının üyeleridir. Dünyadaki tahmini 10-20 milyon hayvan türünden yalnızca 1.8 milyonuna bilimsel isimler verilmiştir ve kalan milyonlarca kişiye büyük olasılıkla çoğu tropik bölgelerde yer alan bu gruba aittir.
Mikrofauna toprak taneleri arasında küçük gözeneklerde yaşar ve birçoğu suda bulunur. Bazıları sapsızdır, yani yaşamları boyunca bir alt tabakaya bağlanırlar ve asla hareket etmezler. Bu hayvanlar, kireçli spermleri bırakarak eşlerini koyarken döllenir. İnsan vücudunda da bulunabilirler ve ortalama insan evinde ölü deri hücrelerini sindirerek geçimini sağlayan binlerce akar vardır.
