Sindirim sistemi içerisinde, gıda moleküllerini parçalayan birçok farklı enzim vardır. Bu enzimlerin her birinin farklı bir rolü vardır ve bazıları sadece belirli koşullar altında belirli bir organda etki eder. Çoğu sindirim, ince bağırsakta çok sayıda farklı enzimler tarafından gerçekleştirilir. Proteinlerin sindirimi, farklı enzim grupları tarafından farklı organlarda gerçekleştirilen karmaşık bir işlemin bir örneğidir. Ekzopeptidazlar, proteinlerin tamamen sindirimine katılan bir enzim grubudur.
Bir protein molekülünün sindirimi çok spesifiktir, çünkü ilgili enzimler sadece peptid zinciri içinde bulunan belirli amino asitlerin yanındaki bağları kırarlar. Bir peptid bağı oluştuğunda, her zaman bir amino asidin amino ucu ile diğerinin karboksil ucu arasındadır. Amino asit sekansı belirli bir peptid zinciri veya proteini için verildiğinde, genellikle amino ucundan, N terminalinden, serbest bir karboksil veya C terminaline sahip olan son amino aside okunur. Başlangıçta, protein parçalanmış olmasına rağmen, çok az sayıda amino asit üretilir.
Proteinler büyük moleküllerdir ve sindirimlerinin, mideden başlayarak üç endopeptidazdan biri olan pepsin ile başlayan bir dizi adımı vardır. Kısmen sindirilen proteinler mideden ince bağırsağa doğru hareket ettikten sonra, diğer iki endopeptidaz, tripsin ve kimotripsin, proteinleri parçalamaya devam eder. Bu üç enzim, proteini oluşturan uzun peptid iplikçiklerini farklı uzunluklara böler. Endopeptidazlar, protein içerisinde bulunan peptid bağlarını parçaladıkları şekilde adlandırılır.
Bir protein zincirinden tekli amino asitler üretmek üzere sindirim işlemini tamamlamak için bir exopeptidase ihtiyaç vardır. Her bir ekzopeptidaz, amino asit sonuyla zincirin geri kalanı arasındaki bağı keser. Her biri oldukça spesifik bir etki tarzına sahip birkaç farklı ekzopeptidaz vardır. Amino asidin peptit zincirinin geri kalanına birleştirildiği ve hangi amino asitlerin bir araya geldiği, hangi ekopeptidazın bağı kıracağının belirlenmesinde rol oynar.
Karboksipeptidaz, C terminal ucunda sonuncu ikinci ve son amino asit arasındaki bağı kıran bir ekzopeptidazdır. Bir başka ekzopeptidaz, aminopeptidaz, aynı işlemi gerçekleştirir, ancak N terminal ucunda. Dipeptidazlar adı verilen diğer ekzopeptidazlar, belirli amino asit çiftlerini parçalamaktadır. Örneğin, bir dipeptidaz sadece bir lösine bağlı bir glisin arasındaki bağı koparacaktır. Başka bir dipeptidaz, sadece birbirine bağlanmış iki glisin amino asidi arasındaki bir peptid bağı üzerinde etki edecektir.
