Bir kısıtlama fragman uzunluğu polimorfizmi veya RFLP, homolog DNA sekanslarındaki bir varyasyondur. Polimorfizmler, bireyler arasında meydana gelen homolog DNA'daki varyasyonlardır; kısıtlama terimi, DNA'nın küçük bölümlerinin, kısıtlama enzimleri kullanılarak büyük bir parçadan kesilebileceği gerçeğini belirtir. Bazı DNA bölümleri diğerlerinden daha fazla değişkenliğe sahiptir ve kısıtlama parçası uzunluk polimorfizm analizinde yüksek derecede değişkenliğe sahip bölümler yararlıdır.
Kısıtlama fragmanı uzunluğu polimorfizmi, kısıtlama endonükleazlarının aktivitesine dayanır. Bu enzim sınıfı birçok bakteri türünde bulunur. Bir bakteride, kısıtlama endonükleazlarının rolü, parçalara ayrılarak, erişim sağlayan yabancı DNA'ya karşı koruma sağlamaktır. Moleküler araştırmada, DNA'nın parçalanması için bilinen değişkenlik bölgelerinde kısıtlayıcı enzimler kullanılabilir, böylece elde edilen parçalar analiz edilebilir.
Her bir enzim tipi spesifik bir DNA baz çifti dizisini tanır ve DNA molekülünü diziyi tanıdığı herhangi bir noktada parçalara ayırır. Bakteriler, sınırlayıcı endonükleazların bağlanmasını önleyen kendine özgü bir DNA metilasyon paterni ile kendi DNA'larını kırmalarını önler. Birlikte 100'den fazla benzersiz nükleotid dizisini tanıyan 800'den fazla farklı kısıtlama endonükleaz keşfedilmiştir. Tanınan dizilerin çoğu, dört ila altı baz çifti uzunluğundadır.
Kısıtlama enzimleri, biyoteknolojide kısıtlama parçası uzunluk polimorfizmini çeşitli nedenlerle analiz etmek için kullanılır. Enzimler, DNA sekanslarını belirli sekanslarda kesmek için kullanılır, böylece bireyler arasındaki farklar incelenebilir. Bilinen belirli nükleotid dizilerinde kesilen parçalanmış DNA çözeltileri, önceden tanımlanmış DNA dizilerini tespit etmek için tasarlanan problarla hibritlenir. Numuneler daha sonra jel elektroforezi kullanılarak analiz edilir. Bu teknik, her biri farklı bir DNA fragmanını temsil eden çok sayıda koyu renk lekesi olan bir jel üretir. Boyama modelini inceleyerek, bilim adamları bir numunede bulunan RFLP'lerin modelini belirleyebilirler.
Polimorfizmler insan genomunda yaygın olarak görülür ve bunların analizi, farklı insan gruplarının ortak RFLP'leri paylaşma eğiliminde olduğunu kanıtlamıştır. Bazı RFLP türleri, örneğin farklı etnik gruplara veya coğrafi kökenlere sahip kişiler için ortaktır ve aile grupları içinde bağlantı da vardır. Bu varyasyon, hayvanlar aleminde var olur ve onu yalnızca insan soylarını izlemek için değil, aynı zamanda vahşi yaşam göçü ve evrimini incelemek için de faydalı bir araştırma aracı haline getirir.
Kısıtlama fragman uzunluğu polimorfizmlerinin analizi klinik ve tıbbi amaçlar için yararlı bilgiler sağlayabilir. Kısıtlama fragman uzunluğu polimorfizm probları babalık testlerinde, kalıtsal hastalıkların teşhisinde, adli tıpta ve genotiplemede kullanılır. RFLP'lerin bütün bir genom boyunca analiz edilmesi, bu farklı kullanımların temelini oluşturan DNA parmak izinin temelidir.
