กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์เป็นอุปกรณ์ที่ใช้ในการตรวจสอบปริมาณและชนิดของการเรืองแสงที่ปล่อยออกมาจากตัวอย่าง แตกต่างจากกล้องจุลทรรศน์ทั่วไปกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์สร้างภาพที่อ่านได้โดยใช้การฉายรังสีและการกรองมากกว่าการสะท้อนแบบดั้งเดิม กล้องจุลทรรศน์ชนิดนี้เป็นเครื่องมือสำคัญในการวิจัยเซลล์และพันธุกรรมรวมถึงในการผลิตภาพสามมิติของจุลินทรีย์
การเรืองแสงเป็นปรากฏการณ์ที่เกิดขึ้นเมื่อวัสดุตื่นเต้นหรือมีการใช้งานมากขึ้นโดยการสัมผัสกับรังสี เมื่อวัสดุเริ่มสงบลงพลังงานที่สร้างขึ้นจากความตื่นเต้นจะถูกเปล่งออกมาเป็นแสง ในบางสารเรืองแสงเป็นคุณสมบัติที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติซึ่งหมายความว่าไม่จำเป็นต้องฉายรังสีจากภายนอกเพื่อทำให้เกิดการปล่อยแสง สารอื่นไม่ได้เป็นฟลูออเรสเซนต์ตามธรรมชาติ แต่สามารถเกิดขึ้นได้เมื่อตื่นเต้นกับความยาวคลื่นที่ถูกต้องของแสง กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์เป็นเครื่องมือหลักในการสร้างความตื่นเต้นและการสังเกตวัสดุดังกล่าว
ในกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ตัวอย่างจะถูกยิงด้วยแสงที่ถูกเลือกมาโดยเฉพาะเพื่อสร้างการเรืองแสง ด้วยการใช้ฟิลเตอร์กล้องจุลทรรศน์จะช่วยให้เฉพาะความยาวคลื่นที่เลือกถึงตัวอย่างเพื่อให้แน่ใจว่าปฏิกิริยาที่ดีที่สุด แหล่งกำเนิดแสงที่ใช้ในการสร้างการเรืองแสงอาจแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับชนิดของกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์และตัวอย่าง หนึ่งในแหล่งกำเนิดแสงที่พบมากที่สุดที่ใช้ในกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์คือหลอดไฟไอปรอทซึ่งสร้างแสงที่สว่างมาก ประเภทของแสงที่ใช้บ่อยคือหลอดไฟซีนอนอาร์คซึ่งผลิตแสงคล้ายกับกลางวัน ในบางสถานการณ์อาจใช้แสงเลเซอร์แทนแสงแบบดั้งเดิมแทน
เมื่อตัวอย่างได้รับการตื่นเต้นตัวกรองที่สองจำเป็นต้องปิดกั้นความยาวคลื่นเริ่มต้นของแสง ตัวกรองนี้จะสะท้อนแสงที่ความยาวคลื่นต่ำกว่าที่รู้จักกันในชื่อเครื่องแยกลำแสงซึ่งใช้ในการกระตุ้นตัวอย่าง ซึ่งหมายความว่าภาพที่สร้างในกล้องจุลทรรศน์จะไม่ถูกปนเปื้อนโดยแหล่งกำเนิดแสงเริ่มต้นเนื่องจากแสงความยาวคลื่นที่สูงขึ้นจะผ่านตัวแยกลำแสง ดังนั้นภาพสุดท้ายที่สร้างขึ้นจะสะท้อนแสงนีออนจากตัวอย่างเท่านั้น
กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์มีแอพพลิเคชั่นมากมายทั่วโลกวิทยาศาสตร์ ส่วนใหญ่มักจะใช้ในการศึกษาเซลล์และจุลินทรีย์เนื่องจากสามารถระบุรายละเอียดเฉพาะในตัวอย่างขนาดเล็กที่มีความแม่นยำและความคมชัดสูง นักวิจัยด้านการแพทย์และชีววิทยามักใช้กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์เพื่อศึกษา DNA และ RNA เรียนรู้เกี่ยวกับพฤติกรรมและรายละเอียดโครงสร้างของเซลล์และศึกษาแอนติบอดีเพื่อทำความเข้าใจโรค
