Qu'est-ce que le séquençage bisulfite?

Le séquençage du bisulfite est une méthode dans laquelle différentes régions d'ADN sont analysées en utilisant la méthylation.La méthylation est le processus d'ajout d'une molécule spécifique, appelée groupe méthyle, à un nucléotide, dans ce cas généralement une cytosine.Les nucléotides inactifs sont souvent méthylés, de sorte que cette méthode peut être utilisée à diverses fins, de la détermination des régions actives d'un génome pour identifier les régions riches en gènes.Dans le séquençage du bisulfite, les cytosines méthylées ne sont pas affectées par le processus de séquençage, tandis que les cytosines non méthylées sont converties en uracile, un nucléotide non généralement trouvé dans le matériau génétique, l'acide désoxyribonucléique (ADN.)

Cette méthode est très sensible aux changements dans les changements dansLa méthylation, si de petits changements dans la liaison, peuvent donner aux chercheurs des informations spécifiques sur des nucléotides particuliers.Le bisulfite de sodium convertit la cytosine en uracile, mais la conversion se produit dans un environnement où la cytosine méthylée ne subira pas ce changement.Lorsque le séquençage du bisulfite est terminé, l'ADN d'origine a été converti en une molécule significativement différente.Les cytosines seront grandement épuisées ou potentiellement absentes.Si une cytosine est toujours trouvée dans cette molécule convertie, elle représente une cytosine naturellement méthylée dans le génome considéré.

Comme tous les protocoles expérimentaux, le séquençage du bisulfite présente des inconvénients.Son inconvénient le plus important est qu'il nécessite une concentration de sel très élevée pour fonctionner correctement.Le sel encourage le recuit de l'ADN simple brin dans sa double hélice plus naturelle, et le bisulfite de sodium ne peut pas toujours atteindre les cytosines lorsqu'ils font partie de l'ADN double brin.Si la concentration en sel est trop élevée, un certain nombre de cytosines peuvent ne pas être converties en uracile, entraînant une fausse identification des cytosines méthylées dans un génome.Des agents dénaturants peuvent être nécessaires pour minimiser le nombre d'identifications fausses positives.

De grandes quantités de données génomiques ne sont pas nécessaires pour le séquençage du bisulfite, de sorte que la méthode a une application utile analysant des échantillons cliniques.La source d'acide nucléique d'origine n'a pas d'importance, mais la source doit être de l'ADN.En théorie, l'acide ribonucléique (ARN) pourrait être séquencé à l'aide de cette méthode, car la plupart des ARN sont simples et ne seraient pas aussi sensibles aux faux positifs en raison de nucléotides bloqués.Cependant, lorsqu'il est mis en pratique, le séquençage du bisulfite n'est pas utile pour l'ARN, car l'ARN a naturellement de l'uracile.Sans une sorte de marquage externe ou d'ajout au protocole, les cytosines converties seraient indiscernables de l'uracile naturel.

Lors de l'entreprise de tout type de méthodologie de séquençage, la précision et la précision sont essentielles.Des méthodes sensibles comme le séquençage du bisulfite offrent un moyen fiable d'analyse de séquence, ce qui permet à son tour l'analyse des gènes et l'identification des cibles pour les médicaments et les thérapies.Bien que cette méthode ne puisse pas être utilisée sur les personnes vivantes, elle peut toujours être d'une grande aide avec les plus petits échantillons de tissus avec lesquels travailler.