Qu'est-ce que le séquençage du fusil de chasse?

Le séquençage du fusil de chasse est une méthode de séquençage d'ADN par lequel un long étirement d'ADN est physiquement brisé en petits (environ 2 000 paires de bases) qui sont clonées, séquencées et assemblées à l'aide de l'analyse informatique.Il a été développé et rendu célèbre par Craig Venter de Celera Corporation.Venter a développé la technique en 1996 tout en travaillant à l'Institut de recherche du génome.

Venter a fondé Celera en 1998 avec la mission de séquencer le génome humain dans les trois ans.Cet objectif était en concurrence directe avec le projet du génome humain déjà opérationnel, un consortium d'universités travaillant ensemble pour séquencer le génome humain en utilisant une stratégie plus ancienne appelée séquençage de carte basée sur la carte ou BAC-BAC.Cette méthode impliquait d'abord de briser le génome en 150 000 pièces de paires de bases appelées BAC, d'assemblant les BAC dans l'ordre, puis de séquencer chaque BAC en détail.

Le séquençage du fusil de chasse du génome entier contourne la création et la cartographie des BAC et commence tout de suite avec le séquençage de l'ADN.Le processus commence par acquérir un échantillon d'ADN de poids moléculaire élevé de l'organisme d'intérêt et le casser physiquement en petits morceaux en le faisant passer à travers une seringue à calibre étroite ou en soniquant, une façon de briser l'échantillon en utilisant des ondes sonores.Le cisaillement est un processus aléatoire, donc les séquences des fragments auront un certain chevauchement entre elles.Le cisaillement ne crée pas spécifiquement les 2 000 fragments de paire de bases nécessaires au séquençage, plutôt que des fragments de la taille souhaités doivent être purifiés à partir du mélange.

L'étape suivante consiste à rejoindre les fragments d'ADN avec l'ADN porteur appelé vecteur.Ce processus est connu sous le nom de clonage, et il crée une bibliothèque de séquençage à partir de laquelle la séquence d'un génome entier sera créée.La séquence de chaque clone dans la bibliothèque est déterminée et l'analyse informatique est utilisée pour trouver des séquences de chevauchement ou continues dans chaque fragment.L'assemblage des chevauchements crée un «contig», qui est un long étirement continu de séquence d'ADN.

Le clonage du fusil de chasse entraînera généralement certaines lacunes entre les contigs car certaines séquences sont manquantes dans la bibliothèque par hasard.Les lacunes peuvent être comblées en créant une nouvelle bibliothèque ou en utilisant des séquences connues pour s'étendre vers l'extérieur du contig.Parce que les séquences de séquences de fusil de chasse ADN fragments au hasard, de nombreux fragments sont séquencés plus d'une fois, créant une plus grande certitude que la séquence est correcte que si chaque fragment n'avait été séquencé qu'une ou deux fois.

Le génome humain a été séquencé à la fois par le projet du génome humainUtilisation du séquençage basé sur la carte et par Celera en utilisant le séquençage de fusil de chasse.Le séquençage du fusil de chasse est désormais la méthode préférée pour d'autres types de séquençage du génome.Les génomes complets de nombreux organismes, tels que la plante Arabidopsis thaliana , le riz, la vache, le chien, le poulet, le chimpanzé, le rat, la souris, les poissons-puants et de nombreux micro-organismes ont été séquencés de cette façon.

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