ショットガンシーケンスとは何ですか？

ショットガンシーケンスは、DNAシーケンスの方法であり、それにより、長いストレッチのDNAが物理的に物理的に分解され、コンピューター分析を使用してクローン化、シーケンス、および組み立てられた小さな（約2,000の塩基対）フラグメントに分割されます。Celera CorporationのCraig Venterによって開発され、有名になりました。Venterは、1996年にゲノム研究所で働いている間にこの技術を開発しました。benterは、1998年にセレラを設立し、3年以内にヒトゲノムをシーケンスするという使命を果たしました。この目標は、MAPベースまたはBAC-toBACシーケンスと呼ばれる古い戦略を使用して、ヒトゲノムをシーケンスするために協力して、大学のコンソーシアムであるすでに運営されているヒューマンゲノムプロジェクトと直接競争していました。この方法では、最初にゲノムをBACと呼ばれる150,000のベースペアピースに分割し、BACを順番に組み立て、次に各BACを詳細に配列決定しました。このプロセスは、関心のある生物から高分子量DNAのサンプルを取得し、狭いゲージシリンジを通過したり音量で音波を砕くことにより、物理的に小さな断片にそれを物理的に破壊することから始まります。せん断はランダムなプロセスであるため、フラグメントのシーケンスにはそれらの間にある程度の重複があります。せん断は、シーケンスに必要な2,000のベースペアフラグメントを特異的に作成しません。むしろ、目的のサイズのフラグメントを混合物から精製する必要があります。hend次のステップは、ベクターと呼ばれるキャリアDNAを使用してDNAフラグメントに結合することです。このプロセスはクローニングとして知られており、ゲノム全体のシーケンスが作成されるシーケンスライブラリを作成します。ライブラリ内の各クローンのシーケンスが決定され、コンピューター分析が使用されて、各フラグメントのオーバーラップまたは連続配列が見つかります。オーバーラップを組み立てると、「コンティグ」が作成されます。これは、長い連続したDNA配列です。shotgunクローニングは、通常、いくつかのシーケンスがライブラリから偶然欠落しているため、コンティグ間のギャップをもたらします。ギャップは、新しいライブラリを作成するか、既知のシーケンスを使用してContigから外側に伸びることで満たすことができます。ショットガンシーケンスシーケンスDNAフラグメントDNAフラグメントはランダムにあるため、多くのフラグメントは複数回シーケンスされ、各フラグメントが1回または2回しかシーケンスされていない場合よりもシーケンスが正しいという確実性が大きくなります。マップベースのシーケンスを使用し、ショットガンシーケンスを使用してセレラによる。ショットガンシーケンスは、他の種類のゲノムシーケンスに適した方法になりました。植物のシロイヌナズナ、米、牛、犬、鶏肉、チンパンジー、ネズミ、マウス、フック、および多くの微生物がこのように配列されているなど、多くの生物の完全なゲノムがあります。