샷건 시퀀싱이란 무엇입니까?

shotgun Shotgun 시퀀싱은 DNA 시퀀싱의 방법으로, 긴 DNA가 컴퓨터 분석을 사용하여 클로닝, 시퀀싱 및 조립되는 작은 (약 2,000 개의베이스 페어) 단편으로 물리적으로 분해됩니다.Celera Corporation의 Craig Venter가 개발하고 유명하게 만들어졌습니다.Venter는 1996 년에 게놈 연구소에서 일하면서이 기술을 개발했습니다.Venter는 1998 년 Celera를 3 년 안에 인간 게놈 시퀀싱하는 임무로 설립했습니다.이 목표는 이미 운영하는 인간 게놈 프로젝트와 직접 경쟁하는 것이 었습니다.이 방법은 먼저 Genome을 BAC라는 150,000 개의 염기 쌍 조각으로 파괴하고, BAC를 순서대로 조립 한 다음 각 BAC를 세부적으로 시퀀싱하는 것을 포함했습니다. 전체 게놈 샷건 시퀀싱은 BAC의 생성 및 매핑을 우회하고 DNA 시퀀싱으로 바로 시작합니다.이 과정은 관심있는 유기체로부터 고 분자량 DNA 샘플을 획득하고 좁은 게이지 주사기를 통과하거나 음파를 사용하여 샘플을 깨는 방법으로 작은 조각으로 물리적으로 분해하는 것으로 시작합니다.전단은 임의의 과정이므로 단편의 시퀀스는 그들 사이에 약간의 겹치게됩니다.전단은 시퀀싱에 필요한 2,000 개의베이스 쌍 단편을 구체적으로 생성하지 않으며, 원하는 크기의 단편은 혼합물로부터 정제되어야한다.다음 단계는 벡터라고 불리는 캐리어 DNA와 DNA 단편을 결합하는 것입니다.이 과정은 클로닝으로 알려져 있으며 전체 게놈의 시퀀스가 생성되는 시퀀싱 라이브러리를 만듭니다.라이브러리에서 각 클론의 순서가 결정되며 컴퓨터 분석은 각 단편에서 중첩 또는 연속 서열을 찾는 데 사용됩니다.오버랩을 조립하면 DNA 서열의 긴 연속 스트레칭 인 "Contig"가 생성됩니다.shotgun 샷건 복제는 일반적으로 일부 시퀀스가 우연히 라이브러리에서 누락 되었기 때문에 일반적으로 Contig 사이의 간격을 초래합니다.새로운 라이브러리를 만들거나 알려진 시퀀스를 사용하여 Contig에서 바깥쪽으로 확장하여 간격을 채울 수 있습니다.샷건 시퀀싱 서열 DNA 단편은 무작위로 DNA 단편을 두 번 이상 시퀀싱하여 각 단편이 한두 번 또는 두 번만 서열화 된 경우보다 시퀀스가 정확하다는 확실성을 만듭니다.MAP 기반 시퀀싱 및 Shotgun 시퀀싱을 사용하여 Celera를 사용합니다.샷건 시퀀싱은 이제 다른 종류의 게놈 시퀀싱에 선호되는 방법입니다.식물

Arabidopsis thaliana

, 쌀, 소, 개, 닭고기, 침팬지, 쥐, 마우스, 복어 및 많은 미생물과 같은 많은 유기체의 전체 게놈이 이런 식으로 시퀀싱되었습니다.