Τι είναι η αλληλουχία του δισουλφίτη;

Η αλληλούχιση του δισουλφίτη είναι μια μέθοδος στην οποία οι διάφορες περιοχές του DNA αναλύονται χρησιμοποιώντας μεθυλίωση.Η μεθυλίωση είναι η διαδικασία προσθήκης ενός συγκεκριμένου μορίου, που ονομάζεται ομάδα μεθυλίου, σε ένα νουκλεοτίδιο, στην περίπτωση αυτή συνήθως κυτοσίνη.Τα ανενεργά νουκλεοτίδια συχνά μεθυλιωμένα, έτσι ώστε αυτή η μέθοδος να μπορεί να χρησιμοποιηθεί για διάφορους σκοπούς, από τον προσδιορισμό των ενεργών περιοχών ενός γονιδιώματος για την ταυτοποίηση περιοχών πλούσιων σε γονιδιακά.Σε προσδιορισμό αλληλουχίας δισουλφίτη, οι μεθυλιωμένες κυτοσίνες δεν επηρεάζονται από τη διαδικασία προσδιορισμού αλληλουχίας, ενώ οι μη μεθυλιωμένες κυτοσίνες μετατρέπονται σε ουρακίλη, ένα νουκλεοτίδιο που δεν βρίσκεται συνήθως στο γενετικό υλικό, δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (DNA.)

Αυτή η μέθοδος είναι πολύ ευαίσθητη στις αλλαγές στιςΗ μεθυλίωση, τόσο μικρές αλλαγές στη δέσμευση μπορούν να δώσουν στους ερευνητές συγκεκριμένες πληροφορίες σχετικά με συγκεκριμένα νουκλεοτίδια.Το δισουλφίτη νατρίου μετατρέπει την κυτοσίνη στην ουρακίλη, αλλά η μετατροπή συμβαίνει σε ένα περιβάλλον όπου η μεθυλιωμένη κυτοσίνη δεν θα υποβληθεί σε αυτή την αλλαγή.Όταν ολοκληρωθεί η αλληλούχιση του δισουλφίτη, το αρχικό DNA έχει μετατραπεί σε ένα σημαντικά διαφορετικό μόριο.Οι κυτοσίνες θα εξαντληθούν σε μεγάλο βαθμό ή ενδεχομένως απουσιάζουν.Εάν μια κυτοσίνη εξακολουθεί να βρίσκεται σε αυτό το μετατρεπόμενο μόριο, αντιπροσωπεύει μια φυσικά μεθυλιωμένη κυτοσίνη στο υπό εξέταση γονιδιώματος.Το πιο σημαντικό μειονέκτημα είναι ότι απαιτεί πολύ υψηλή συγκέντρωση άλατος για να λειτουργήσει σωστά.Το αλάτι ενθαρρύνει την ανόπτηση του μονοκλωνικού ϋΝΑ στην πιο φυσική διπλή έλικα του και ο διθειίτης του νατρίου δεν μπορεί πάντα να φτάσει στις κυτοσίνες όταν αποτελούν μέρος του διπλού στρώματος DNA.Εάν η συγκέντρωση άλατος είναι πολύ υψηλή, ένας αριθμός κυτοσινών μπορεί να μην μετατραπεί σε ουρακίλη, με αποτέλεσμα την ψευδή ταυτοποίηση των μεθυλιωμένων κυτοσινών εντός ενός γονιδιώματος.Οι παράγοντες μετουσιώσεως ενδέχεται να είναι απαραίτητοι για την ελαχιστοποίηση του αριθμού των ψευδών θετικών ταυτοποιήσεων.

Οι μεγάλες ποσότητες γονιδιωματικών δεδομένων δεν είναι απαραίτητοι για την αλληλουχία διόλι, επομένως η μέθοδος έχει χρήσιμη εφαρμογή που αναλύει κλινικά δείγματα.Η αρχική πηγή νουκλεϊκού οξέος δεν έχει σημασία, αλλά η πηγή πρέπει να είναι DNA.Θεωρητικά, το ριβονουκλεϊκό οξύ (RNA) θα μπορούσε να προσβληθεί αλληλουχία χρησιμοποιώντας αυτή τη μέθοδο, καθώς το μεγαλύτερο μέρος του RNA είναι ενιαίο λανθάνον και δεν θα ήταν τόσο ευαίσθητο σε ψευδώς θετικά εξαιτίας των αποκλεισμένων νουκλεοτιδίων.Ωστόσο, όταν τίθεται σε εφαρμογή, η αλληλουχία του δισουλφίτη δεν είναι χρήσιμη για το RNA, επειδή το RNA έχει φυσικά ουρακίλη σε αυτό.Χωρίς κάποιο είδος εξωτερικής σήμανσης ή προσθήκης στο πρωτόκολλο, οι μετατρεπόμενες κυτοσίνες θα ήταν αδιάκριτες από τη φυσική ουρακίλη.Οι ευαίσθητες μέθοδοι όπως η αλληλουχία διόλι προσφέρουν ένα αξιόπιστο μέσο ανάλυσης αλληλουχίας, η οποία με τη σειρά του επιτρέπει την ανάλυση γονιδίων και την ταυτοποίηση στόχων για φάρμακα και θεραπείες.Παρόλο που αυτή η μέθοδος δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί στους ζωντανούς, μπορεί ακόμα να βοηθήσει πολύ με τα πιο ελάχιστα δείγματα ιστών για να εργαστείτε.