Ano ang pagkakasunud -sunod ng bisulfite?

Ang pagkakasunud -sunod ng bisulfite ay isang pamamaraan kung saan ang iba't ibang mga rehiyon ng DNA ay nasuri gamit ang methylation.Ang Methylation ay ang proseso ng pagdaragdag ng isang tiyak na molekula, na tinatawag na isang pangkat na methyl, sa isang nucleotide, sa kasong ito karaniwang isang cytosine.Ang mga hindi aktibong nucleotides ay madalas na methylated, kaya ang pamamaraang ito ay maaaring magamit para sa iba't ibang mga layunin, mula sa pagtukoy ng mga aktibong rehiyon ng isang genome upang makilala ang mga rehiyon na mayaman sa gene.Sa pagkakasunud-sunod ng bisulfite, ang mga methylated cytosine ay hindi apektado ng proseso ng pagkakasunud-sunod, habang ang mga di-methylated cytosine ay na-convert sa uracil, isang nucleotide na hindi karaniwang matatagpuan sa genetic material, deoxyribonucleic acid (DNA.)

Ang pamamaraang ito ay napaka-sensitibo sa mga pagbabago saAng Methylation, kaya ang maliit na pagbabago sa pagbubuklod ay maaaring magbigay ng mga mananaliksik ng tiyak na impormasyon tungkol sa partikular na mga nucleotide.Ang sodium bisulfite ay nagko -convert ng cytosine sa uracil, ngunit ang conversion ay nangyayari sa isang kapaligiran kung saan ang methylated cytosine ay hindi sumasailalim sa pagbabagong ito.Kapag kumpleto ang pagkakasunud -sunod ng bisulfite, ang orihinal na DNA ay na -convert sa isang makabuluhang magkakaibang molekula.Ang mga cytosine ay lubos na maubos o potensyal na wala.Kung ang isang cytosine ay matatagpuan pa rin sa na -convert na molekula na ito, kumakatawan ito sa isang natural na methylated cytosine sa genome na isinasaalang -alang.Ang pinaka makabuluhang disbentaha ay nangangailangan ng isang napakataas na konsentrasyon ng asin upang gumana nang maayos.Hinihikayat ng asin ang pagsusubo ng solong-stranded na DNA sa mas natural na dobleng helix, at ang sodium bisulfite cant ay laging umabot sa mga cytosine kapag sila ay bahagi ng dobleng-stranded na DNA.Kung ang konsentrasyon ng asin ay masyadong mataas, ang isang bilang ng mga cytosine ay maaaring hindi ma -convert sa uracil, na nagreresulta sa maling pagkakakilanlan ng mga methylated cytosines sa loob ng isang genome.Ang mga ahente ng denaturing ay maaaring kailanganin upang mabawasan ang bilang ng mga maling positibong pagkilala.Ang orihinal na mapagkukunan ng nucleic acid ay hindi mahalaga, ngunit ang mapagkukunan ay dapat na DNA.Sa teorya, ang ribonucleic acid (RNA) ay maaaring sunud -sunod gamit ang pamamaraang ito, dahil ang karamihan sa RNA ay nag -iisang stranded at hindi magiging madaling kapitan ng mga maling positibo dahil sa mga naharang na nucleotides.Kapag isinasagawa, gayunpaman, ang pagkakasunud -sunod ng bisulfite ay hindi kapaki -pakinabang para sa RNA, dahil ang RNA ay natural na may uracil dito.Nang walang ilang uri ng panlabas na pagmamarka o karagdagan sa protocol, ang mga na -convert na mga cytosine ay hindi maiintindihan mula sa natural na uracil.

Kapag nagsasagawa ng anumang uri ng pamamaraan ng pagkakasunud -sunod, katumpakan at katumpakan ay mahalaga.Ang mga sensitibong pamamaraan tulad ng pag -uugnay ng bisulfite ay nag -aalok ng isang maaasahang paraan ng pagsusuri ng pagkakasunud -sunod, na kung saan ay nagbibigay -daan para sa pagsusuri ng gene at pagkilala ng mga target para sa mga gamot at therapy.Bagaman ang pamamaraang ito ay hindi maaaring magamit sa mga nabubuhay na tao, maaari pa rin itong malaking tulong sa pinakamadalas na mga sample ng tisyu upang gumana.