Apa itu sekuensing bisulfite?

Sequencing bisulfit adalah metode di mana berbagai daerah DNA dianalisis menggunakan metilasi.Metilasi adalah proses penambahan molekul tertentu, yang disebut gugus metil, ke nukleotida, dalam hal ini biasanya sitosin.Nukleotida yang tidak aktif sering dimetilasi, sehingga metode ini dapat digunakan untuk berbagai tujuan, dari menentukan daerah aktif genom hingga mengidentifikasi daerah kaya gen.Dalam sekuensing bisulfit, sitosin yang dimetilasi tidak terpengaruh oleh proses sekuensing, sedangkan sitosin yang tidak dimetilasi dikonversi menjadi urasil, nukleotida yang biasanya tidak ditemukan dalam bahan genetik, asam deoksiribonukleat (DNA.)

Metode ini sangat sensitif terhadap perubahan dalam dalam perubahanMetilasi, sehingga perubahan kecil dalam pengikatan dapat memberikan informasi spesifik kepada para peneliti tentang nukleotida tertentu.Sodium bisulfite mengubah sitosin menjadi urasil, tetapi konversi terjadi di lingkungan di mana sitosin yang dimetilasi tidak akan mengalami perubahan ini.Ketika sekuensing bisulfit selesai, DNA asli telah dikonversi menjadi molekul yang sangat berbeda.Sitosin akan sangat terkuras atau berpotensi tidak ada.Jika sitosin masih ditemukan dalam molekul yang dikonversi ini, itu mewakili sitosin yang dimetilasi secara alami dalam genom yang sedang dipertimbangkan.

Seperti semua protokol eksperimental, sekuensing bisulfit memiliki kelemahan.Kelemahannya yang paling signifikan adalah bahwa ia membutuhkan konsentrasi garam yang sangat tinggi agar dapat bekerja dengan baik.Garam mendorong anil dari DNA untai tunggal ke dalam heliks ganda yang lebih alami, dan natrium bisulfit tidak dapat selalu mencapai sitosin ketika mereka bagian dari DNA untai ganda.Jika konsentrasi garam terlalu tinggi, sejumlah sitosin tidak boleh dikonversi menjadi urasil, menghasilkan identifikasi palsu sitosin teretilasi dalam genom.Agen denaturasi mungkin diperlukan untuk meminimalkan jumlah identifikasi positif palsu.

Sejumlah besar data genomik tidak diperlukan untuk sekuensing bisulfit, sehingga metode ini memiliki aplikasi yang berguna menganalisis sampel klinis.Sumber asam nukleat asli tidak penting, tetapi sumbernya harus DNA.Secara teori, asam ribonukleat (RNA) dapat diurutkan menggunakan metode ini, karena sebagian besar RNA terdampar tunggal dan tidak akan rentan terhadap positif palsu karena nukleotida yang diblokir.Namun, ketika dipraktikkan, sekuensing bisulfit tidak berguna untuk RNA, karena RNA secara alami memiliki urasil di dalamnya.Tanpa semacam tanda eksternal atau penambahan protokol, sitosin yang dikonversi akan tidak dapat dibedakan dari urasil alami.

Saat melakukan segala jenis metodologi pengurutan, akurasi, dan presisi sangat penting.Metode sensitif seperti sekuensing bisulfit menawarkan cara yang dapat diandalkan untuk analisis urutan, yang pada gilirannya memungkinkan untuk analisis gen dan identifikasi target untuk obat dan terapi.Meskipun metode ini tidak dapat digunakan pada orang yang masih hidup, itu masih bisa sangat membantu dengan hanya sampel jaringan terkecil untuk dikerjakan.